Στο «πολυσχιδές» των δραστηριοτήτων του Απ. Βαβύλη αναφέρονται κυριακάτικες εφημερίδες.

Η «Απογευματινή της Κυριακής» παρουσιάζει επιστολή του Απόστολου Βαβύλη προς την ισραηλινή εφημερίδα «Γεντιότ Αχρονότ» το 2003. Σε αυτήν αναφέρεται πως πήγε στο Ισραήλ με απόστρατο στρατηγό της ΕΛ.ΑΣ. για να «παρακολουθήσουμε τον μητροπολίτη Ιεράπολης Ειρηναίο στην προεκλογική του εκστρατεία. Απεστάλημεν να λειτουργήσουμε έτσι, με την προσωπική παρέμβαση της αυτού μακαριότητας του αρχιεπισκόπου Αθηνών και πάσης Ελλάδος κ.κ. Χριστόδουλου».

Ενάμιση χρόνο πριν από αυτό είχε συνάντηση με τον Ειρηναίο «μέσω κοινού φίλου που εργαζόταν ως προσωπικός γραμματέας στο ιδιαίτερο γραφείο του υπουργού Εξωτερικών Γ. Παπανδρέου». Μετά το θάνατο του τότε πατριάρχη Ιεροσολύμων, Διόδωρου, συναντήθηκε με τον αρχιεπίσκοπο Χριστόδουλο, ο οποίος του είπε ότι ο Παλαιστίνιος επιχειρηματίας Τζορτζ Χάλακ, είχε δώσει στον μητροπολίτη Ειρηναίο βιντεοκασέτα με τις «δραστηριότητες» του μητροπολίτη Βόστρων Τιμοθέου. Ο επιχειρηματίας υπήρξε φίλος των Γιάσερ Αραφάτ και Ανδρέα Παπανδρέου.

Ισχυρίζεται πως σε συνάντησή τους ο μητροπολίτης Ειρηναίος του είχε πει ότι είναι στόχος συνωμοσίας των μητροπολιτών, Τιμοθέου, Κορνήλιου και της ελληνικής κυβέρνησης μέσω του προξένου της Ελλάδας στην Ιερουσαλήμ, προσθέτοντας ότι θα προμήθευαν τις ισραηλινές αρχές με ψεύτικα στοιχεία τα οποία θα συνηγορούσαν ότι ο Ειρηναίος είναι φιλοπαλαιστίνιος. Παρουσία του Χριστόδουλου ο Ειρηναίος του έδωσε το «μέμορι στικ» ενός DVD με «όλα τα σκληρά αποδεικτικά στοιχεία για τη σεξουαλική ανηθικότητα του Τιμοθέου». Αναφέρει πως ο αρχιμανδρίτης Νικόδημος είχε πάει στο Ισραήλ κατέχοντας ελληνικό διπλωματικό διαβατήριο (σσ κάτι που έχει διαψευστεί από το ΥΠΕΞ), συνοδευόμενος από Ελληνα δημοσιογράφο και τον αξιωματικό της ΕΛ.ΑΣ., Ηλία Γιαννουλά. Παράλληλα κάνει λόγο για τον επιχειρηματία Αντι Μπογιαντζίου από τη Ρουμανία, ο οποίος κανόνισε συνάντηση του Ειρηναίου με Ισραηλινούς υπουργούς. Ο Απ. Βαβύλης ζητούσε από την εφημερίδα να κρατηθεί μυστική η ταυτότητά του.

Η εφημερίδα «Το Παρόν» αναφέρει ότι οι συνεργασίες του Απ. Βαβύλη με το υπουργείο Δημόσιας Τάξης άρχισαν επί υπουργίας Σ. Βαλυράκη και συνεχίστηκαν όταν ήταν υπουργοί οι Γ. Ρωμαίος, Φ. Πετσάλνικος και Μ. Χρυσοχοΐδης. Συγκεκριμένα το Νοέμβρη και το Δεκέμβρη 1999 πραγματοποιήθηκε η προμήθεια δυο ειδικών μηχανημάτων εντοπισμού παγιδευμένων ανθρώπων. Η συνεργασία του Απ. Βαβύλη με το Ισραήλ του εξασφάλιζε μεγάλη χαλαρότητα στους ελέγχους που έπρεπε να γίνονται από τους μηχανισμούς ασφαλείας. Συνεργαζόμενες μαζί του η ΕΛ.ΑΣ., η ΕΥΠ και το ΥΔΤ τον νομιμοποιούσαν. Ο Απ. Βαβύλης είχε εφοδιάσει την ΕΚΑΜ με ρόπαλα, όπλα, δακρυγόνα, αλεξίσφαιρα γιλέκα.

Παράλληλα αναφέρεται στον πρώην σύμβουλο του Γ. Παπανδρέου, Α. Ρόντο, για τον οποίο επισημαίνει πως πρέπει να δώσει στη δημοσιότητα τις καταστάσεις των ΜΚΟ που χρηματοδοτούσε το ΥΠΕΞ, ενώ ως προς το διπλωματικό διαβατήριο του Απ. Βαβύλη επισημαίνει πως «δεν είμαστε τόσο αφελείς, ώστε να πιστεύουμε ότι η έκδοσή του έχει καταχωρηθεί στα... επίσημα αρχεία του ΥΠΕΞ».