1941 Εκδηλώθηκε, ταυτοχρόνως, η γερμανική επίθεση κατά της Ελλάδας και της Γιουγκοσλαβίας. Η επίθεση στα μακεδονικά οχυρά άρχισε τα ξημερώματα, πριν το τέλος του τελεσιγράφου προς την ελληνική κυβέρνηση.

Η αντίσταση της Γιουγκοσλαβίας εξουδετερώθηκε ταχύτατα, όμως τα γερμανικά στρατεύματα συνάντησαν σθεναρή αντίσταση στα οχυρά Ρούπελ από τον ελληνικό στρατό. Οι Γερμανοί αναπροσάρμοσαν τα σχέδιά τους και προχώρησαν σε ελιγμό. Πέρασαν από τη Γιουγκοσλαβία στο ελληνικό έδαφος, διέσχισαν την κοιλάδα του Αξιού και της Δοϊράνης και κατέλαβαν τη Θεσσαλονίκη στις 9 του Απρίλη.

Μετά από διαταγή του Γενικού Επιτελείου, παραδόθηκε στους Γερμανούς το Τμήμα Στρατιάς Ανατολικής Μακεδονίας - Θράκης (ΤΣΑΜ). Επειτα από αυτήν την εξέλιξη, η Στρατιά της Ηπείρου περιήλθε σε δεινή θέση. Περικυκλωμένη από τους Ιταλούς και τους Γερμανούς, υποχρεώθηκε σε συνθηκολόγηση στις 23 του Απρίλη.