Οι υπουργικές αποφάσεις, με τις οποίες εγκρίθηκαν οι περιβαλλοντικοί όροι για το έργο του προαστιακού σιδηροδρόμου Αθηνών, ελήφθησαν κατά παράβαση του νόμου 1650/86 για την προστασία του περιβάλλοντος. Αυτά υποστηρίζει ο Δήμος Αθηναίων, ο οποίος, μετά από ομόφωνη απόφαση του Δημοτικού Συμβουλίου, κατέθεσε προσφυγή στο Συμβούλιο της Επικρατείας, ζητώντας την ακύρωση των κοινών αποφάσεων των υπουργών ΠΕΧΩΔΕ, Μεταφορών και Πολιτισμού. Και αυτό γιατί το προτεινόμενο σχέδιο για τον προαστιακό θα έχει επιπτώσεις στο πολεοδομικό περιβάλλον της Αθήνας και στην ποιότητα ζωής των πολιτών σε ολόκληρη την αστική περιοχή που βρίσκεται εντός των ορίων του Δήμου Αθηναίων.

Ειδικότερα, ο Δήμος Αθηναίων υποστηρίζει ότι:

• Στις σχετικές περιβαλλοντικές μελέτες δεν εντοπίζονται τα κυκλοφοριακά προβλήματα στο οδικό δίκτυο, ούτε το κυκλοφοριακό πρόβλημα που θα δημιουργηθεί στη μόνη ισόπεδη κυκλοφοριακή διάβαση της Ιεράς Οδού, η οποία, μάλιστα, έχει χαρακτηριστεί ως άξονας με ιστορική σημασία.
• Καταργείται η οδός Κωνσταντινουπόλεως, καθώς θα κατασκευαστούν τέσσερις παράλληλες σιδηροδρομικές γραμμές, με αποτέλεσμα να διευρυνθεί το πλάτος του σιδηροδρομικού διαδρόμου κατά 20-24 μέτρα.
• Δεν εξετάζονται εναλλακτικές λύσεις, όπως υπογείωση του προαστιακού ή τμημάτων του και δεν υποδεικνύονται οι κύριοι λόγοι επιλογής της προτεινόμενης λύσης.