Το ζήτημα του επιχειρησιακού ελέγχου του Αιγαίου, ουσιαστικά του δικαιώματος άμυνας, στο πλαίσιο του ΝΑΤΟικού καταμερισμού έχει μετατραπεί σε εργαλείο του αποχρωματισμού του και έχει δύο διαστάσεις, σε αέρα και σε θάλασσα.

-- Οι διευθετήσεις που αφορούν στον έλεγχο του εναέριου χώρου έχουν δρομολογηθεί με την εφαρμογή της νέας δομής του ΝΑΤΟ, όπου δεν αναγνωρίζονται εθνικά σύνορα, παρά μόνο ένας ενιαίος συμμαχικός χώρος ευθύνης, που για το Αιγαίο την ευθύνη την έχει το αεροπορικό στρατηγείο του ΝΑΤΟ στη Σμύρνη του οποίου ο διοικητής είναι Αμερικανός και ο υποδιοικητής και επιτελάρχης Τούρκος, από εκεί και πέρα είναι τα Κέντρα Αεροπορικών Επιχειρήσεων σε Λάρισα (CAOC-7) και Εσκί Σεχίρ (CAOC-6) που βρίσκονται σε σχετική εκκρεμότητα οι επιμέρους ρυθμίσεις που αφορούν τη λειτουργία τους.

-- Η άλλη διάσταση του επιχειρησιακού ελέγχου αφορά στη θάλασσα και εδώ τα πράγματα είναι ακόμα πιο συγκεχυμένα. Οι ελληνικές κυβερνήσεις πέραν των χωρικών υδάτων, δηλαδή της στενής αυτής ζώνης των 6 ν. μιλίων δεν έχουν προχωρήσει στην κατοχύρωση, με βάση τους κανόνες του Διεθνούς Δικαίου, κανενός δικαιώματος και καμίας αρμοδιότητας. Δεν είναι μόνο τα δικαιώματα που αφορούν στην οικονομική εκμετάλλευση του βυθού (υφαλοκρηπίδα) και συνολικά του θαλάσσιου χώρου που εκτείνεται πέρα από τα εθνικά ύδατα (ορισμός Αποκλειστικής Οικονομικής Ζώνης) αλλά είναι και ζωτικής σημασίας ζητήματα που έχουν να κάνουν με την άμυνα της χώρας, όπως: