Οσοι ήθελαν να προσφύγουν στο μαντείο του Τροφωνίου για να ζητήσουν χρησμό, ήταν αναγκασμένοι να εκτελέσουν ορισμένες τελετουργίες. Αρχικά έμεναν λίγες μέρες στο ιερό του αγαθού δαίμονος και της αγαθής τύχης, όπου και υπέβαλλαν στον εαυτό τους μία συγκεκριμένη δίαιτα και σε καθαρμό. Επίσης πρόσφεραν θυσίες στον Τροφώνιο, στα παιδιά του, στον Απόλλωνα, στον Κρόνο, στο Δία βασιλιά, στην Ηρα Ηνιόχη και στη Δήμητρα Ευρώπη η οποία ήταν τροφός του Τροφωνίου. Κάθε φορά που οι επισκέπτες του μαντείου έκαναν θυσίες, ένας μάντης εξέταζε τα σπλάχνα του ζώου και αμέσως τους ενημέρωνε εάν ήταν ευνοϊκή ή όχι η προσφυγή τους στο Τροφώνιο. Οταν έφτανε η νύχτα όπου θα γινόταν η κατάβαση στο άδυτο, θυσίαζαν έναν κριό στο βάθρο του Αγαμήδη.

Μετά τη θυσία ο επισκέπτης του μαντείου που ζητούσε τη συμβουλή, με οδηγούς δύο παιδιά που τα ονόμαζαν Ερμείς και ήσαν δεκατριών χρόνων, πήγαινε στον ποταμό Ερκυνα όπου λουζόταν και αλειφόταν με λάδι. Κατόπιν τον οδηγούσαν στις πηγές της λήθης και της μνημοσύνης όπου έπινε νερό από την καθεμιά, για να ξεχάσει όσα πράγματα και γεγονότα τον είχαν απασχολήσει προηγούμενα και να θυμάται όσα θα έβλεπε κατά την κατάβασή του στο μαντείο. Οι ιερείς του αποκάλυπταν και το άγαλμα του Τροφωνίου που ήταν έργο του Δαίδαλου και εκεί μπροστά στο ιερό αυτό άγαλμα έκανε τις ευχές του. Αμέσως μετά φορούσε ένα λινό χιτώνα και οι ιερείς τον οδηγούσαν στο μαντείο.

Ο χώρος μπροστά από το μαντείο του Τροφωνίου ήταν διαμορφωμένος από λευκό μάρμαρο και το κιγκλίδωμά του ήταν χάλκινο. Μέσα στον περίβολο υπήρχε ένα τεχνητό σπήλαιο, που έμοιαζε με κλίβανο και η κατάβασή του γινόταν με φορητή κλίμακα που ήταν στενή και ελαφριά. Ο επισκέπτης κατέβαινε την κλίμακα κρατώντας σε κάθε χέρι πλακούντες από μέλι και έφθανε σε μια τρύπα που ήταν στο τοίχωμα του οικοδομήματος, όπου κατέληγε μια στοά πλάτους δύο σπιθαμών και οδηγούσε στο άντρο του Τροφωνίου. Μόλις ο επισκέπτης έβαζε το πόδι του μέσα στην τρύπα, μία ισχυρή δίνη τον παρέσυρε στο βάθος. Οσοι έφταναν εκεί, αφού έβλεπαν και άκουγαν τους χρησμούς του μαντείου, ρίχνονταν έξω από το άνοιγμα με τα πόδια μπροστά και αναίσθητοι. Κανένας από τους επισκέπτες του μαντείου κατά τη διάρκεια της τελετής αυτής δεν πέθανε. Κάποιος Δημήτριος πέθανε, αλλά το πτώμα του βρέθηκε σε ένα άλλο μέρος του άλσους χωρίς να έχει βγει από το στόμιο. Οταν ο επισκέπτης περνούσε όλες αυτές τις διαδικασίες και έβγαινε από το μαντείο, τον έβαζαν να καθίσει στο θρόνο της μνημοσύνης, κοντά στο άδυτο, και οι ιερείς του Τροφωνίου τον ρωτούσαν να τους έλεγε όσα είχε δει και είχε ακούσει. Τελειώνοντας τις ερωτοαπαντήσεις τον παρέδιδαν στους συγγενείς του, οι οποίοι τον πήγαιναν στο ναό της αγαθής τύχης και του αγαθού δαίμονος. Ο ίδιος, μετά από όσα είχε τραβήξει, δεν αναγνώριζε ούτε τους συγγενείς του και ήταν ακόμη φοβισμένος. Οταν αργότερα συνερχόταν του είχε μείνει μία μελαγχολία από το νευρικό κλονισμό που είχε υποστεί μέσα στο Τροφώνιο. Από το γεγονός αυτό προήλθε η παροιμιώδης φράση για όσους ήταν μελαγχολικοί ότι «εκ Τροφωνίου μεμάντευται» (από το βιβλίο του Γιάννη Λ. Λάμπρου).