Οι στρατιωτικοί δικαστές εξομοιώνονται μισθολογικά με τους δικαστικούς λειτουργούς των τακτικών δικαστηρίων, σύμφωνα με απόφαση του Στ' Τμήματος του Συμβουλίου της Επικρατείας (ΣτΕ). Η εξομοίωση ήταν ένα πάγιο αίτημα των στρατιωτικών δικαστών, οι οποίοι προσέφυγαν στα διοικητικά δικαστήρια (Πρωτοδικείο και Εφετείο), όπου και δικαιώθηκαν. Η υπόθεση έφτασε στο ΣτΕ μετά από αίτηση αναίρεσης των υπουργών Εθνικής Αμυνας και Οικονομικών κατά της εφετειακής απόφασης. Πάντως, το Στ' Τμήμα του ΣτΕ, αν και δικαίωσε τους στρατιωτικούς δικαστές, λόγω μείζονος σημασίας παρέπεμψε κατά πλειοψηφία την υπόθεση στην Ολομέλεια του Ανώτατου Διοικητικού Δικαστηρίου για οριστική κρίση.

Στη Δικαιοσύνη προσέφυγε στρατιωτικός δικαστής με το βαθμό του αναθεωρητή Β', ο οποίος ζητούσε μισθολογική εξομοίωση με τους δικαστές της τακτικής Δικαιοσύνης (συγκεκριμένα με το βαθμό του αρεοπαγίτη), ζητώντας μισθολογικές διαφορές για ένα χρόνο 6,5 εκατ. δραχμές, σύμφωνα με το ειδικό μισθολόγιο των δικαστικών λειτουργών που ψηφίστηκε το 1997.

Στο σκεπτικό της απόφασης (368/2002) του Στ' Τμήματος του ΣτΕ αναφέρεται ότι οι δικαστές των Ενόπλων Δυνάμεων, όπως προκύπτει από το Σύνταγμα, απολαμβάνουν όλες τις εγγυήσεις της προσωπικής και λειτουργικής ανεξαρτησίας που ισχύουν για τους δικαστές των τακτικών δικαστηρίων. Συνεπώς προϋπόθεση της ανεξαρτησίας των στρατιωτικών δικαστών είναι η εφαρμογή και γι' αυτούς του ενιαίου μισθολογίου.

Τέλος, η απόφαση του ΣτΕ αναφέρει ότι ο νόμος 2304/1995 (βαθμολογική εξομοίωση) πρέπει να δώσει στους δικαστές των Ενόπλων Δυνάμεων πλήρη δικαστική ιδιότητα και τυχόν απόκλιση από αυτή την αρχή, τους αφαιρεί την ιδιότητα του δικαστικού λειτουργού που έχουν εκ του Συντάγματος.