Μεγάλες είναι οι ζημιές που έχει υποστεί το Αρχαιολογικό Μουσείο Καρδίτσας μετά τις πρόσφατες πλημμύρες.

Σε αναφορά της προς το υπουργείο Πολιτισμού η αρμόδια Εφορεία Αρχαιοτήτων σημειώνει ότι ολόκληρος ο χώρος της αποθήκης είναι καλυμμένος με στρώμα λάσπης πάχους περίπου 15 εκατοστών, το σύνολο των κιβωτίων με τα αρχαία αντικείμενα που ήταν τακτοποιημένα στα ειδικά ερμάρια γέμισαν με νερό και λάσπη. Μεγάλος είναι ακόμα ο αριθμός κιβωτίων που παρασύρθηκαν από το νερό με αποτέλεσμα να διασκορπιστεί το περιεχόμενό τους σε ολόκληρη την έκταση της αποθήκης. Επίσης, όλος ο μηχανολογικός εξοπλισμός του μουσείου είναι καλυμμένος με λάσπη και φερτά υλικά. Σημαντικό μέρος του εξοπλισμού ενδέχεται να έχει καταστραφεί ολοσχερώς. Σε κάποια σημεία αποκολλήθηκαν και έσπασαν οι αεραγωγοί του συστήματος κλιματισμού του μουσείου. Το μουσείο εξακολουθεί να παραμένει χωρίς ρεύμα. Προς το παρόν λειτουργεί με γεννήτριες.