Τριγμούς προκαλεί στο χώρο της Δικαιοσύνης η υπόθεση με τα «μαύρα ταμεία» της «Ζήμενς», καθώς εκτοξεύονται βαρύτατες κατηγορίες «για σκληρό, αδίστακτο και πολυπρόσωπο μηχανισμό προστασίας του ανακριτή Ν. Ζαγοριανού». Οι κατηγορίες αυτές εκπορεύονται από τον αντιπρόεδρο του Αρείου Πάγου Ι. Παπανικολάου κατά της τωρινής ηγεσίας του Ανωτάτου Δικαστηρίου, ενώ έμμεσα στρέφονται και κατά στελεχών της προηγούμενης κυβέρνησης.

Ο προϊστάμενος της Επιθεώρησης των Δικαστηρίων Ι. Παπανικολάου, ο οποίος διενήργησε την πειθαρχική έρευνα σε βάρος του ανακριτή Ν. Ζαγοριανού, με έγγραφό του προς τον πρόεδρο του Αρείου Πάγου Γ. Καλαμίδα, αναφέρει ότι «η όλη υπόθεση όζει, αποπνεύουσα οσμές διαφθοράς, αδιαφάνειας και ανομίας σε βάρος του δημοσίου συμφέροντος». «Κατά τον πειθαρχικό έλεγχο του ανακριτή, συνεχίζει ο προϊστάμενος της Επιθεώρησης, προσέκρουσα σε σκληρό και αδίστακτο πολυπρόσωπο μηχανισμό προστασίας του ελεγχόμενου και του ανακριτικού του έργου στην υπόθεση Siemens, το οποίο, ως προς τα πρόσωπα και τους λόγους της προστασίας είναι απαραίτητο να αποκαλύψουν τα αρμόδια δικαστικά όργανα».

Ο Ι. Παπανικολάου αναφέρει για τον πρόεδρο του Αρείου Πάγου ότι δεν του κοινοποίησε την αίτηση εξαίρεσης του Ν. Ζαγοριανού, πράγμα που δημιουργεί υπόνοιες πως στην αίτηση του ανακριτή υπάρχουν «αμετροεπείς ή υβριστικές εκφράσεις». Πάντως, δικαστικοί κύκλοι εξέφρασαν τον προβληματισμό τους για το χρόνο που επελέγη να παραπεμφθεί ο ανακριτής στο Πειθαρχικό, ενώ εκκρεμεί η σε βάρος του ποινική δίωξη, υπονοώντας ότι έγινε για να «πέσει στα μαλακά» ο Ν. Ζαγοριανός.