Πρέπει να πούμε ότι ισχυρό άλλοθι για τη δημιουργία αυτού του Ιδιωτικού Δικαίου φορέα ήταν η δυσχέρεια του Δημοσίου στην εκταμίευση και διαχείριση κονδυλίων. Αντί λοιπόν οι ίδιοι οι διαχειριστές του Δημοσίου, οι κυβερνήσεις, να διευκολύνουν το Δημόσιο, δημιουργούν παρα-υπηρεσίες στις οποίες δίνουν όλα τα περιθώρια ώστε στο μέλλον να εξελιχθούν σε σχεδόν αυτόνομους φορείς, που διαχειρίζονται δημόσιο χρήμα, παρακάμπτουν την υπηρεσία, έχουν την ευχέρεια απ' ευθείας συναλλαγών με ιδιώτες μελετητές ή εργολάβους, δουλεύουν όμως με τους ανθρώπους της Υπηρεσίας. Σε αυτή την καμπή βρίσκεται το ΤΔΠΑΕ, που τον τελευταίο καιρό έχει διογκωθεί τόσο πολύ, ώστε αν έχει την ευθύνη 20 έργων δυσκολεύεται να λειτουργήσει. Χαρακτηριστικό είναι ότι στην ίδια συνεδρίαση απεντάχθηκε το μικρότερο έργο του Ταμείου, η αποκατάσταση της Πύλης του Αδριανού. Την ίδια στιγμή σε μια σειρά άλλα έργα δεν υπάρχει σαφής οριοθέτηση ούτε των προτεραιοτήτων, ούτε του τρόπου που γίνονται τα έργα και βέβαια του ρόλου των Ομάδων Εργασίας.Ετσι σε κάποιες περιπτώσεις η Αρχαιολογική Υπηρεσία γίνεται είτε «αστυνόμος» είτε «διεκπεραιωτής», ενώ παράλληλα οφείλει να ασχοληθεί με όσα έργα βρίσκονται εκτός Ταμείου.
Φαίνεται πως η τροποποίηση του Κανονισμού Λειτουργίας που έγινε στο νόμο 2557/98 δε διευκόλυνε την κατάσταση, αφού δεν έβαλε τα όρια ανάμεσα στις Ομάδες Εργασίας και την Υπηρεσία. Εκανε όμως κάτι άλλο. Θωράκισε το Ταμείο με κάποιες άλλες ελευθερίες, ώστε να μπορεί στο μέλλον να βγει «θωρακισμένο» στην αγορά: απευθείας αναθέσεις μελετών σε ιδιώτες και απευθείας αναθέσεις έργων.
Σημειώνουμε ότι ο Σύλλογος Διπλωματούχων Μηχανικών Υπουργείου Πολιτισμού σε πολυσέλιδο υπόμνημα που έφτασε ως το γραφείο του Πρωθυπουργού αναφέρεται και στη λειτουργία του ΤΔΠΑΕ και κάνει λόγο για «κακοδιοίκηση, αυθαίρετες επιλογές και αδιαφάνεια». Και συνεχίζει: «Το Ταμείο έρχεται να δράσει ανταγωνιστικά έναντι των Υπηρεσιών του ΥΠΠΟ, οι οποίες αντί να ενισχυθούν σε προσωπικό και να βοηθηθούν στα έργα τους, παραγκωνίζονται και παραμένουν απλοί θεατές μέχρις ότου αποψιλωθούν και καταστούν πλέον ανίκανες να προστατεύσουν την πολιτιστική κληρονομιά της χώρας».
Αυτή τη στιγμή το Ταμείο ετοιμάζεται να επανεξετάσει τα έργα που διαχειρίζεται στη βάση των νέων κριτηρίων ένταξης που αποφάσισε προχτές το ΚΑΣ. Αυτά είναι: να πρόκειται για μεγάλα έργα συντήρησης και ανάδειξης διεπιστημονικού χαρακτήρα, για μνημεία - ιστορικά σύμβολα και με επιστημονική αντιπροσωπευτική αξία, να έχουν σύγχρονη πολιτισμική σημασία, η κατάσταση διατήρησης του μνημείου να δικαιολογεί τη συντήρηση - ανάδειξη και να γίνεται ανασκαφή μόνο όταν είναι απαραίτητη για τη διάσωση και ανάδειξη. Οροι που θα μπορούσαν να βάλουν τάξη, οι ίδιοι όμως «χωράνε» πολλές ερμηνείες, αν δε διευκρινιστεί η σχέση του Ταμείου με την Αρχαιολογική Υπηρεσία.