Η αποχώρηση έγινε αφού είχαν προηγηθεί τα επεισόδια σε βάρος τους από τους δήθεν «αγανακτισμένους πολίτες», που είχαν συγκεντρωθεί από τις 7 το απόγευμα στο δρόμο της αποβάθρας και ζητούσαν επιτακτικά την απομάκρυνση των προσφύγων και των μεταναστών. Εγιναν ξυλοδαρμοί, προπηλακισμοί και φραστικές επιθέσεις σε βάρος οποιουδήποτε πολίτη ή εκπροσώπων σωματείων ήταν εκεί για συμπαράσταση. Με την ισχυρή παρουσία των ΜΑΤ, καθώς και δυνάμεων του Λιμενικού, δόθηκε κάποια στιγμή περίπου στις 2 μετά τα μεσάνυχτα το «σήμα» της αποχώρησης. Μια κροτίδα που έπεσε από το δρόμο μέσα στο χώρο όπου ήταν πρόσφυγες και μετανάστες προκάλεσε σοβαρή αναστάτωση και από το σημείο αυτό ο δήμαρχος Χίου, Μανώλης Βουρνούς, τους παρότρυνε να φύγουν. Ηταν το τελικό σύνθημα. Αμέσως, άνδρες του Λιμενικού εφάρμοσαν το τελευταίο στάδιο της επιχείρησης. Μέσα σε ένα πανδαιμόνιο, με κραυγές και διαταγές, οι πρόσφυγες και οι μετανάστες σηκώθηκαν και άρχισαν να κατευθύνονται προς την έξοδο, όπου τους περίμεναν λεωφορεία για να τους μεταφέρουν στον καταυλισμό της Σούδας και στο κτίριο του ΔΗΠΕΘΕ. Νωρίτερα, αλλά και κατά τη διάρκεια της επιχείρησης, άνδρες του Λιμενικού προέβησαν σε προσαγωγές και απομάκρυνση δέκα προσφύγων.

Μετ' εμποδίων αποβιβάστηκαν, εξάλλου, το βράδυ της Πέμπτης, στο λιμάνι της Λέρου, 240 περίπου πρόσφυγες και μετανάστες που μεταφέρθηκαν με πλοίο, από τη Χίο. Ομάδα κατοίκων του νησιού, ύστερα και από σχετική απόφαση του Δημοτικού Συμβουλίου, έσπευσε στο λιμάνι για να εμποδίσει την αποβίβαση. Ετσι, το πλοίο χρειάστηκε να προσεγγίσει σε άλλη πλευρά του λιμανιού. Ο δήμαρχος απαίτησε από τους λιμενικούς να ανοίξουν περίφραξη ασφάλειας που είχαν κάνει για τους πρόσφυγες, το αίτημα δεν έγινε δεκτό με αποτέλεσμα κάτοικοι και δημοτικοί σύμβουλοι να σπάσουν τις αλυσίδες της πύλης και να εισβάλουν στο χώρο του λιμένα όπου κρατούνταν οι πρόσφυγες.