Μια τέτοια περίπτωση κλήθηκε για άλλη μια φορά να επιλύσει το Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο, το οποίο, επίσης για άλλη μια φορά, βρέθηκε στη δυσάρεστη θέση να μαθαίνει τελευταίο ό,τι θα έπρεπε να ξέρει πρώτο. Το ΚΑΣ κλήθηκε (για δεύτερη φορά) να γνωμοδοτήσει στην έγκριση ή μη εγκατάστασης βιολογικού καθαρισμού στα Κατάπολα της Αμοργού, σε μια περιοχή που αποτελεί κηρυγμένο αρχαιολογικό χώρο, ο οποίος ταυτίζεται με την αρχαία Μινώα, μία από τις τρεις αρχαίες πόλεις του νησιού, μεγάλης αρχαιολογικής σπουδαιότητας.

Το Συμβούλιο βρέθηκε προ εκπλήξεως, όταν από τα στοιχεία προέκυψε, ότι το έργο συζητείται εδώ και μια 15ετία, ενώ η Αρχαιολογική Υπηρεσία έμαθε γι' αυτό μόλις το 1998, όταν ο δήμος Αμοργού ζήτησε άδεια για την εγκατάσταση από την τοπική Εφορεία. Επειδή το έργο περιλάμβανε και αιγιαλό, το θέμα παραπέμφθηκε στην Εφορεία Εναλίων, η οποία επιφυλάχτηκε να απαντήσει διότι δεν είχε πλήρη στοιχεία. Ο δήμος επανήλθε μετά από περίπου 1,5 χρόνο, ζητώντας αυτή τη φορά άδεια για κατασκευή αποχέτευσης στα Κατάπολα, έργο το οποίο όμως έχει άμεση σχέση με τη χωροθέτηση του βιολογικού στη θέση για την οποία αντιδρά η Εφορεία. Κι αυτό διότι η οδός πρόσβασης στον βιολογικό περνάει μέσα από τον αρχαιολογικό χώρο, ενώ στο ΚΑΣ εκφράστηκαν και φόβοι, μήπως αυτός ο δρόμος καταλήξει τελικά στην οικοπεδοποίηση της περιοχής.

Από την άλλη πλευρά, το έργο θεωρείται άμεσης προτεραιότητας για το νησί, έχει ενταχθεί σε μια σειρά χρηματοδοτικά προγράμματα χωρίς να υλοποιηθεί, τελευταία φορά εντάχθηκε στο Β' Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης και όλα δείχνουν πως θα περάσει και στο Γ' ΚΠΣ. Ο δε δήμαρχος Αμοργού που μίλησε στο Συμβούλιο είπε ότι το έργο έχει ήδη δημοπρατηθεί από τα τέλη του '99, χωρίς βέβαια να έχει την έγκριση της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας. Η πρόταση της Εφορείας είναι να βρεθεί νέα χωροθέτηση του έργου και το ΚΑΣ τελικά αποφάσισε να κάνει αυτοψία μέσα στο Μάη.