Διαφωνίες εκφράζουν διάφορες διοικήσεις ιδρυμάτων και σχολών. Η πρυτανεία του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθήνας (ΑΣΟΕΕ) διαφωνεί με την υπαγωγή του ιδρύματος (μαζί με την Γεωπονική, το Πάντειο, το Χαροκόπειο και το Πανεπιστήμιο Πειραιά) στο «ομόσπονδο» πανεπιστήμιο «Αδαμάντιος Κοραής» και εκφράζει φόβους ότι αυτό θα οδηγήσει στη σταδιακή απώλεια της αυτοτέλειας των ιδρυμάτων και τη μετατροπή τους σε σχολές. Αντίστοιχα διαφωνεί με την υπαγωγή του Ιονίου Πανεπιστημίου στο «ομόσπονδο» πανεπιστήμιο «Διονύσιος Σολωμός» η Γενική Συνέλευση του Συλλόγου ΔΕΠ του Ιονίου, ενώ διαφωνεί και με την ονομασία που προτείνει το σχέδιο για τις σχολές του ιδρύματος.

Η Σύγκλητος του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης διαφωνεί με τη διάρθρωση που προτείνει το σχέδιο «Αθηνά» για το ίδρυμα σε 12 Σχολές και 39 Τμήματα και επίσης αντιδρά στη συγχώνευση των τεσσάρων ξενόγλωσσων Τμημάτων σε ένα Τμήμα. Η Σύγκλητος θεωρεί ότι το ίδρυμα πρέπει να έχει 10 Σχολές και 42 Τμήματα.

Η Κοσμητεία της Σχολής Θετικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, σε ψήφισμά της, εκφράζει την αντίθεσή της στην ένταξη του Τμήματος Μηχανικών Επιστήμης Υλικών στη Σχολή Θετικών Επιστημών. Αναφέρει «ότι αυτή η πρόταση είναι αντίθεση με τον στρατηγικό σχεδιασμό του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων», σημειώνοντας ότι το τμήμα είναι πενταετές, ενώ τα τμήματα της σχολής είναι τετραετή.

Αντιδρώντας στα όσα προβλέπονται για το ΤΕΙ Λάρισας από το σχέδιο «Αθηνά», παραιτήθηκαν από τις θέσεις τους ο πρόεδρος και ο αντιπρόεδρος του ιδρύματος , Θοδ. Τσιρίκογλου και Παν. Υψηλάντης, αντίστοιχα. Το ίδρυμα παρέμεινε κλειστό τις προηγούμενες μέρες και γίνονταν κινητοποιήσεις στην πόλη.

Προχτές, εκπρόσωποι της Γραμματείας Λάρισας του ΜΑΣ, έδωσαν συνέντευξη Τύπου, σημειώνοντας ότι οι αγώνες μέχρι τώρα άσκησαν πίεση και μόνο μέσα από τους αγώνες μπορούν να υπάρχουν αποτελέσματα. Τόνισαν ότι ο χαρακτήρας του σχεδίου ως προς το στόχο μεγαλύτερης σύνδεσης των ιδρυμάτων με τις επιχειρήσεις δεν έχει αλλάξει, ενώ άσκησαν κριτική στους δημάρχους της περιοχής και τον περιφερειάρχη Θεσσαλίας ότι βλέπουν τους σπουδαστές ως πελάτες.