Γεννήθηκε στον Καύκασο από γονείς φτωχούς αγρότες. Ο πατέρας του πέθανε στην Καλαμαριά, μόλις έφτασαν πρόσφυγες. Μεταφέρθηκαν στ' Αμάραντα του Κιλκίς, όπου τέλειωσε το δημοτικό σχολείο κι άρχισε να συνειδητοποιεί την κοινωνική αδικία. Τέλειωσε το Γυμνάσιο και την Παιδαγωγική Ακαδημία, αλλά δε διορίστηκε, γιατί δεν είχε το «φρόνημα». Σπούδασε σε συνέχεια νομικά και δικηγόρησε.

Το 1941 στη Θεσσαλονίκη, μπήκε στον αγώνα κατά της γερμανικής κατοχής με την πρώτη τριάδα του ΕΑΜ των δικηγόρων και σε συνέχεια δούλεψε στον Τύπο της Αντίστασης. Γι' αυτό διώχτηκε απ' την Γκεστάπο, που πήγε σπίτι του να τον συλλάβει, αλλά της ξέφυγε. Με την απελευθέρωση εργάστηκε στη «Λαϊκή Φωνή» της Θεσσαλονίκης. Διώχτηκε, βασανίστηκε, εξορίστηκε, φυλακίστηκε. Με την αποφυλάκισή του, έγινε αρχισυντάκτης των «Φρουρών της Ειρήνης», νομικός σύμβουλος της «Αυγής» και συνεργάτης της, με το ψευδώνυμο Γιάννης Αμάραντος. Μέχρι το θάνατό του ήταν συνεργάτης του «Ριζοσπάστη». Εχει κυκλοφορήσει δύο συλλογές διηγημάτων: Το «Βάσανα και θυμοί» και «Το ασανσέρ».

Ο Γιάννης Χαρατσίδης πέθανε στην Αθήνα στις 25 Φλεβάρη του 1991.