Ενώ η «Celera», όπως και το ΠΑΓ, είχε αρχίσει να δουλεύει με ένα κατά το δυνατόν αντιπροσωπευτικό δείγμα DNA από πολλούς ανθρώπους, στη μέση της διαδικασίας ο Βέντερ αποφάσισε να αντικαταστήσει τα δείγματα με το δικό του προσωπικό γενετικό υλικό... Μάλιστα, ο προσωπικός γενετικός κώδικας του Βέντερ δημοσιεύτηκε ως εργασία της ομάδας του Σαμ Λέβι, το 2007. Μετά την ολοκλήρωση της χαρτογράφησης του ανθρώπινου γονιδιώματος, ο Βέντερ απολύθηκε από την «Celera», από τον βασικό επενδυτή, Τόνι Γουάιτ.
Το 2005, ο Βέντερ έγινε συνιδρυτής της εταιρείας «Synthetic Genomics» (Συνθέτικ Τζενόμικς) μαζί με τους επενδυτές Χουάν Ενρίκεζ και Ντέιβιντ Κίρναν. Η νέα εταιρεία δραστηριοποιείται στη γενετική τροποποίηση μικροοργανισμών για την παραγωγή «πράσινων» καυσίμων και βιοχημικών υλικών, χρηματοδοτεί και ελέγχει το ΙΚΒ. Πέρσι η «ExxonMobil» (Εξον Μόμπιλ) ανακοίνωσε συνεργασία ύψους 600 εκατομμυρίων δολαρίων με τη «Synthetic Genomics» για την παραγωγή της επόμενης γενιάς βιοκαυσίμων.