Βασικός συνεργάτης της CIA και των ΗΠΑ αποδεικνύεται ότι ήταν η ελληνική κυβέρνηση στις μυστικές πτήσεις, που πραγματοποιήθηκαν επί ευρωπαϊκού χώρου για την απαγωγή και μεταφορά «υπόπτων» τρομοκρατίας. Η Ελλάδα είναι μία εκ των 11 χωρών που κατηγορούνται για συνέργεια και συγκάλυψη των ενεργειών των αμερικανικών μυστικών υπηρεσιών.

Συγκεκριμένα, βάσει της έκθεσης της ειδικής επιτροπής του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου, στην Ελλάδα πραγματοποιήθηκαν 64 προσγειώσεις αεροσκαφών της CIA, που - αποδεδειγμένα - χρησιμοποιήθηκαν για τη μεταφορά «υπόπτων», κάνοντας χρήση των αεροδρομίων της Αθήνας, του Ηρακλείου, της Κέρκυρας, της Θεσσαλονίκης, της Ρόδου, ακόμα και της Μυκόνου εν μέσω τουριστικής περιόδου.

Ανάμειξη στην υπόθεση έχει και η Λευκωσία, καθώς στην Κύπρο φαίνεται να έγιναν 54 προσγειώσεις στα αεροδρόμια της Πάφου και της Λάρνακας.

Η ελληνική κυβέρνηση είναι συνεργός των αμερικανικών μυστικών υπηρεσιών στη διεξαγωγή των πτήσεων βασανιστηρίων, καθώς διεξήχθησαν πτήσεις από ή προς χώρες που συνδέονταν «με κυκλώματα εκτάκτων παραδόσεων και μεταφοράς κρατουμένων, αλλά και για τις στάσεις των αεροπλάνων της CIA, που χρησιμοποιήθηκαν για τη μεταφορά των Αχμέντ Αγκίζα, Μοχάμεντ Ελ Ζάρι, Μπισέρ Αλ Ράουι, Τζαμίλ Αλ Μπάνα, Αμού Ελκασίμ Μπριτέλ, Χαλέντ Ελ Μασρί, Μπινιάμ Μοχάμεντ και Μασέρ Αράρ.