Στο Συμβούλιο της Επικρατείας προσέφυγε το υπουργείο Παιδείας υποστηρίζοντας ότι η απόφαση της Αρχής Προστασίας Προσωπικών Δεδομένων, σχετικά με την τήρηση αρχείου με τα ατομικά δελτία υγείας των μαθητών, δηλαδή προσωπικά δεδομένα, είναι παράνομη. Σύμφωνα με την Αρχή τα αρχεία πρέπει να τηρεί άτομο που δεσμεύεται από το ιατρικό απόρρητο, όπως είναι ο σχολίατρος. Ενώ στις περιπτώσεις που σε κάποιο σχολείο δεν υπάρχει σχολίατρος, τότε η τήρηση του αρχείου προτείνεται να γίνεται σε άλλη υπηρεσία που υπάρχει σχολίατρος.

Το υπουργείο Παιδείας ισχυρίζεται ότι σύμφωνα με τη νομοθεσία η τήρηση των δελτίων υγείας γίνεται από το διευθυντή του σχολείου που δεσμεύεται με την τήρηση του απορρήτου. Βέβαια, πρέπει να συμπληρώσουμε ότι και οι σχολίατροι είναι λιγοστοί, και οι διευθυντές στα πλαίσια των κατευθύνσεων του υπουργείου, αναλαμβάνουν καθήκοντα επόπτευσης των μαθητών. Δηλαδή η αντίδραση του υπουργείου δεν είναι από ό,τι φαίνεται τυχαία.