Με το νόμο 2889/2001 - με τον οποίο θεσμοθετήθηκε η ψευδεπίγραφη μεταρρύθμιση στο ΕΣΥ - καταργήθηκε η νομική υπόσταση των νοσοκομείων ως Νομικά Πρόσωπα Δημοσίου Δικαίου (ΝΠΔΔ) και τα νοσοκομεία λειτούργησαν ως αποκεντρωμένες μονάδες των αντίστοιχων Περιφερειακών Συστημάτων Υγείας (ΠεΣΥ).

Απ' τη ρύθμιση αυτή εξαιρέθηκαν ως κληροδοτήματα 12 νοσοκομεία και το Ινστιτούτο Νοσημάτων Θώρακα, Υγιεινής και Ασφάλειας της Εργασίας (ΙΕΝΘΥΑΕ). Κι έτσι αυτά τα νοσοκομεία βρέθηκαν και με Διοικητικό Συμβούλιο (ΔΣ) - σύμφωνα με το παλιό σύστημα - και με διοικητή - σύμφωνα με το καινούριο - που είναι και πρόεδρος του ΔΣ. Επιπλέον, όσα απ' αυτά έχουν πάνω από 400 κλίνες απόκτησαν και αναπληρωτή διοικητή. Και τώρα που ήρθε η ώρα να εφαρμοστεί ο νέος τρόπος διοίκησης στην πράξη, προκύπτει πρόβλημα με τους ρόλους του ΔΣ, του διοικητή και του αναπληρωτή διοικητή.

Η διατήρηση των κληροδοτημάτων σύρθηκε ως τις μέρες μας απ' την εποχή της δημοσιοποίησης των νοσοκομείων. Και σ' αυτή την κατάσταση ήρθε να προστεθεί ο νέος τρόπος διοίκησης με περισσότερα περιοριστικά χαρακτηριστικά, με αποτέλεσμα να προστίθενται νέα προβλήματα στα ήδη κακοδιοικούμενα νοσοκομεία και να παρουσιάζονται πιο έντονα τα στοιχεία της παραλυσίας.