Ανάμεσα στο περιβάλλον και την ίδρυση λυκείου κλήθηκε να επιλέξει το Συμβούλιο της Επικρατείας (ΣτΕ) και αποφάσισε να αναστείλει προσωρινά την ανέγερση σχολικού κτιρίου για τη στέγαση του Λυκείου Νάξου μέσα σε δασική έκταση. Η κύρια δικάσιμος προσδιορίστηκε για τις 27 Μάρτη 2001, οπότε και θα κριθεί η τύχη του υπό ανέγερση λυκείου.

Η υπόθεση έφτασε στο Ανώτατο Διοικητικό Δικαστήριο μετά από προσφυγή της Περιβαλλοντικής Κίνησης Νάξου (ΠΕΚΙΝ), η οποία ζητούσε την αναστολή και ακύρωση της οικοδομικής άδειας για την ανέγερση διώροφου κτιρίου συνολικού εμβαδού 1.796 τετραγωνικών μέτρων.

Η πλευρά της πολιτείας επικαλείται λόγους δημοσίου συμφέροντος και ισχυρίζεται ότι υπάρχει οξυμένο πρόβλημα με τη στέγαση του λυκείου και οι άλλοι χώροι είναι ακατάλληλοι γι' αυτό το σκοπό. Επίσης, οι εκπρόσωποι της πολιτείας αναφέρουν ότι τα σχετικά κονδύλια για την κατασκευή του κτιρίου θα μεταφερθούν στο πρόγραμμα της επόμενης εξαετίας, ενώ έχει ήδη σημειωθεί μεγάλη καθυστέρηση, καθώς προβλεπόταν να κατασκευαστεί την περασμένη εξαετία (1994-1999).

Ωστόσο, οι εκπρόσωποι των οικολόγων υποστηρίζουν ότι η έκταση που θα κτιστεί το λύκειο καλύπτεται από 280 περίπου δέντρα (πεύκα, κυπαρίσσια κλπ.), ενώ κατέθεσαν και έγγραφο του Δασονομείου Νάξου, όπου χαρακτηρίζει την έκταση αλσύλλιο.

Να σημειωθεί ότι η ανέγερση του κτιρίου προβλέπεται σε χώρο δασικής έκτασης 3.873 τετραγωνικών μέτρων του Κέντρου Γεωργικής Εκπαίδευσης, που παραχωρήθηκε το 1997 στο Δήμο Νάξου για την ανέγερση του λυκείου.

Το ΣτΕ με την υπ' αριθμόν 597/2000 απόφασή του έκρινε ότι υπερτερεί η δυσεπανόρθωτη βλάβη που θα επέλθει για το φυσικό περιβάλλον του νησιού από τους λόγους δημοσίου συμφέροντος που προβάλλει η πολιτεία.