Η τραγική πτήση διήρκεσε 3 ώρες. Σ' αυτές τις ώρες αγωνίας για τους επιβάτες στο έδαφος και τον αέρα εκτυλίχτηκαν μια σειρά από γεγονότα, που συνέθεσαν το χρονικό της φρίκης.

Η παρουσίαση των γεγονότων και οι χειρισμοί που ακολούθησε η ελληνική κυβέρνηση καθ' όλη τη διάρκεια της 3ωρης πτήσης του τραγικού αεροπλάνου, δόθηκε στη δημοσιότητα από τον κυβερνητικό εκπρόσωπο Θ. Ρουσόπουλο. Σύμφωνα πάντα με την επίσημη εκδοχή των γεγονότων από την ελληνική κυβέρνηση, το κυπριακό αεροσκάφος Boeing 737-300 με κωδικό πτήσης HCY 522 απογειώθηκε στις 09:00 από τη Λάρνακα με κατεύθυνση προς Αθήνα και τελικό προορισμό την Πράγα.

Στις 09:37 εισήλθε στο FIR Αθηνών, όπου έγινε αυτομάτως η ταυτοποίηση του αεροσκάφους στο ραντάρ της ΥΠΑ.

Στις 10:07 ο Πύργος Ελέγχου του αεροδρομίου «Ελ. Βενιζέλος» επιχείρησε να επικοινωνήσει με το αεροσκάφος για να αρχίσει η διαδικασία καθόδου, αλλά δεν υπήρξε ανταπόκριση. Ο Πύργος Ελέγχου συνέχισε τις επανειλημμένες κλήσεις και στη συχνότητα κινδύνου.

Στις 10:20 και αφού δεν κατέστη δυνατή η επικοινωνία, ο ελεγκτής της εναερίου κυκλοφορίας της Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας (ΥΠΑ) τηλεφώνησε σε ομόλογό του στο αεροδρόμιο Λάρνακας και ο αυτός τον ενημέρωσε ότι είχε αναφερθεί πρόβλημα στο σύστημα κλιματισμού του αεροσκάφους.

Στις 10:25 η ΥΠΑ ενημερώνει το Εθνικό Κέντρο Συντονισμού Ερευνας και Διάσωσης, το οποίο υπάγεται στο Υπουργείο Εθνικής Αμυνας και Εμπορικής Ναυτιλίας, ενώ την ίδια ώρα το κέντρο ελέγχου περιοχής Αθηνών ενημέρωσε το Εθνικό Κέντρο Επιχειρήσεων ότι το αεροσκάφος αντί να αναφέρει μέσω ασυρμάτου τη θέση του άρχισε να κάνει δεξιόστροφους κύκλους γύρω από την περιοχή Κέας, Κύθνου.

Στις 10:30 αεροσκάφη της πολεμικής αεροπορίας τίθενται σε ετοιμότητα και ο υπουργός Εθνικής Αμυνας δίνει εντολή να ακολουθεί η διαδικασία για «ύποπτο renegate». Η συγκεκριμένη διαδικασία που υπάγεται στις διατάξεις του νόμου περί «αντιτρομοκρατικής ομπρέλας» και ενεργοποιήθηκε στη χώρα μας παραμονές των Ολυμπιακών Αγώνων, από τη στιγμή που ένα αεροπλάνο στην προκείμενη περίπτωση το αεροσκάφος της «Helios Airways» δεν επικοινωνεί με τον Πύργο Ελέγχου, οπλισμένα πολεμικά αεροσκάφη σηκώνονται και το προσεγγίζουν.

Ετσι, στις 10:55 απογειώνονται από την Αγχίαλο δυο F - 16.

Στις 11:20 τα πολεμικά αεροσκάφη αποκτούν την πρώτη οπτική επαφή από απόσταση με το επιβατηγό στην περιοχή της Κέας.

Στις 11:25 οι πιλότοι των F-16 πλησιάζουν σε κοντινή απόσταση. Το πρώτο F-16 πλησίασε δίπλα στο αεροπλάνο, ενώ το δεύτερο έμεινε πίσω του και σε θέση βολής, όπως προβλέπει ο συναγερμός «ύποπτο renegade».

Οι χειριστής του πρώτου F-16 διαπίστωσε ότι ο συγκυβερνήτης ήταν πεσμένος στο πιλοτήριο, ίσως λιπόθυμος, ενώ ο κυβερνήτης δε βρισκόταν στη θέση του. Στην οπτική επαφή τους οι χειριστές των πολεμικών αεροσκαφών διαπίστωσαν ότι οι μάσκες οξυγόνου στην καμπίνα του αεροσκάφους ήταν ενεργοποιημένες, ενώ διέκριναν δύο άτομα στο πιλοτήριο, τα οποία φάνηκε να επιχειρούν να ανακτήσουν τον έλεγχο του αεροσκάφους. Σύμφωνα πάντα με τις επίσημες εκδοχές, παραμένει άγνωστο εάν ήταν μέλη του πληρώματος ή επιβάτες. Το αεροπλάνο, πάντως, κάνει στροφή 30 μοιρών με καθοδική πορεία και ενώ κινείται προς την Εύβοια, μπαίνει σε πορεία από βορρά προς νότο για την Αθήνα.

Οι πιλότοι των F-16 παίρνουν εντολή και η κατάσταση από «ύποπτο renegade» μετατράπηκε σε «renegade», το οποίο σημαίνει ότι το αεροσκάφος είναι ανεξέλεγκτο και ίσως θέσει σε κίνδυνο κατοικημένες περιοχές και έως εκ τούτο μπορεί και να καταρριφθεί.

Στις 12:04 το αεροσκάφος συνετρίβη 2,5 χιλιόμετρα έξω από το Γραμματικό, σε ορεινή, μη κατοικημένη περιοχή.

Από την πτώση του αεροσκάφους ξεσπά πυρκαγιά που παίρνει διαστάσεις και καίει τη γύρω δασική περιοχή.

Στις 12:51 κατέφθασαν στον τόπο του δυστυχήματος τα πρώτα ασθενοφόρα και λίγο αργότερα πυροσβεστικά οχήματα.

Οταν η φωτιά τίθεται υπό έλεγχο αρχίζει η περισυλλογή των νεκρών.