Στο κομμάτι του νομοσχεδίου που αναφέρεται στην έρευνα, γίνεται φανερή η πρόθεση της κυβέρνησης να αποσυνδέσει την έρευνα που πραγματοποιείται μέσα στα ιδρύματα από την εκπαιδευτική διαδικασία και να σπρώξει τα ιδρύματα να λειτουργήσουν ως επιχειρήσεις, να σχεδιάζουν, δηλαδή, τις ερευνητικές τους δραστηριότητες, όχι σύμφωνα με την ανάπτυξη της επιστήμης και τις λαϊκές ανάγκες, αλλά με γνώμονα το τι θέλουν οι επιχειρήσεις και τι θα κερδίσουν τα ιδρύματα, πουλώντας τα αποτελέσματα της έρευνάς τους.

Πλάι σε εργαστήρια και κλινικές που υπάρχουν στα ιδρύματα, το νομοσχέδιο προβλέπει την ίδρυση «Κέντρων», τα οποία θα είναι λειτουργικές μονάδες των πανεπιστημίων χωρίς «νομική προσωπικότητα». Στους πόρους των Κέντρων συγκαταλέγονται: «Εσοδα από εκτέλεση ερευνητικών προγραμμάτων, από παροχή υπηρεσιών προς τρίτους, από εμπορική εκμετάλλευση ευρεσιτεχνιών, τεχνογνωσίας και προϊόντων που προκύπτουν από έργα του Κέντρου», καθώς επίσης και «ειδικές εισφορές και χρηματοδοτήσεις από φορείς του δημοσίου ή του ιδιωτικού τομέα και από διεθνείς οργανισμούς». Η χρηματική διασύνδεση με τον ιδιωτικό τομέα είναι ολοφάνερη.

Ακόμα χειρότερες όμως, για τον τομέα της έρευνας, είναι οι διατάξεις που αναφέρονται στα Ερευνητικά Πανεπιστημιακά Ινστιτούτα (ΕΠΙ). Αυτά αποτελούν νομικά πρόσωπα ιδιωτικού δικαίου, κανονικές επιχειρήσεις δηλαδή, που λειτουργούν στα ΑΕΙ, ενισχύονται ιδιαίτερα μέσα από το νομοσχέδιο και φαίνεται ότι η κατεύθυνση είναι να αναλάβουν τον κύριο όγκο της έρευνας που πραγματοποιείται στα ΑΕΙ.

Για τη διοίκησή τους και την εκλογή της, τον τελευταίο λόγο έχει το υπουργείο, ενώ, από πλευράς ΔΕΠ, το δικαίωμα του εκλέγειν και γενικά του υποτυπώδους ελέγχου των ΕΠΙ, περιορίζεται στις δυο ανώτερες βαθμίδες. Παραπέρα, εφόσον τα ΕΠΙ συνεργάζονται με φορείς του δημοσίου ή ιδιωτικού τομέα, αυτοί οι φορείς μπορούν να συμμετέχουν απευθείας και στη διοίκηση των Ινστιτούτων.

Από όλη την περιγραφή τους, φαίνεται καθαρά ότι σκοπός τους είναι η παραγωγή έρευνας με γνώμονα το κέρδος, χρηματοδοτούνται απευθείας από τις επιχειρήσεις, ενώ οι σχέσεις τους με τα οικεία ιδρύματα (ΑΕΙ και δευτερευόντως ΤΕΙ), είναι επίσης οικονομικές: Υποχρεούνται να τους καταβάλουν ένα μέρος των κερδών τους από την πώληση της έρευνας, ως αντιστάθμισμα της χρήσης από τα ΕΠΙ της υποδομής των ΑΕΙ.