Υπό αμφισβήτηση τίθεται η σκοπιμότητα της δημιουργίας του λεγόμενου «Εθνικού Πάρκου» Σχοινιά - Μαραθώνα, καθώς το Ε' Τμήμα του Συμβουλίου της Επικρατείας (ΣτΕ) θεωρεί ότι ο χαρακτηρισμός της περιοχής ως Εθνικό Πάρκο δεν είναι νόμιμος, γιατί επιτρέπονται χρήσεις και δραστηριότητες που δεν είναι συμβατές με το περιβάλλον. Παράλληλα, το Ανώτατο Διοικητικό Δικαστήριο ακυρώνει την ίδρυση και λειτουργία αναψυκτηρίων, ταβερνών και εστιατορίων σε ορισμένες ζώνες εντός του πάρκου.

Ουσιαστικά, οι αποφάσεις του Ε' Τμήματος του ΣτΕ (1318 και 1319/2001) ακυρώνουν εν μέρει το Προεδρικό Διάταγμα για το «Εθνικό Πάρκο» που είχε εγκριθεί από την Ολομέλεια του ΣτΕ. Να υπενθυμίσουμε ότι ο υπουργός ΠΕΧΩΔΕ Κ. Λαλιώτης βάφτισε «Εθνικό Πάρκο» την ευρείας κλίμακας περιβαλλοντική καταστροφή που θα επιφέρει στον υγροβιότοπο του Σχοινιά η κατασκευή του Ολυμπιακού Κωπηλατοδρομίου και Κανό - Καγιάκ για τις ανάγκες των Ολυμπιακών Αγώνων του 2004. Το προεδρικό διάταγμα (3/7/2000) είχε εγκριθεί από την Ολομέλεια του Ανωτάτου Διοικητικού Δικαστηρίου και όχι του Ε' Τμήματος του ΣτΕ, όπως γίνεται συνήθως. Το αίτημα είχε υποβάλλει το ΥΠΕΧΩΔΕ, προκειμένου να αποφύγει το Ε' Τμήμα, το οποίο θεωρείται «σκληρό και άκαμπτο» σε θέματα δασικής και περιβαλλοντικής πολιτικής.

Στο ΣτΕ είχε προσφύγει ο «Εξωραϊστικός Σύλλογος Σχοινιά - Μαραθώνα» και κάτοικοι της περιοχής, ζητώντας να ακυρωθεί το προεδρικό διάταγμα (3/7/2000) με το οποίο χαρακτηρίζονταν οι χερσαίες και θαλάσσιες περιοχές Σχοινιά ως εθνικό πάρκο. Ειδικότερα, με την προσφυγή ζητούνταν να ακυρωθεί η δόμηση σε ορισμένες ζώνες (Β2 και Β3) κτιρίων αναψυκτηρίων κλπ, τα οποία σύμφωνα με το προεδρικό διάταγμα προβλέπονταν να είναι μόνιμες κατοικίες, μέχρι 120 τετραγωνικών το καθένα και μέχρι 4 μέτρα ύψος.

Η απόφαση του ΣτΕ -εισηγητής ο Σ. Ρίζος- αναφέρει ότι οι χρήσεις των ταβερνών και αναψυκτηρίων διασπούν την ενότητα του οικοσυστήματος Σχοινιά - Μαραθώνα και δημιουργούν κινδύνους για επιπλέον ανθρώπινες παρεμβάσεις και καταστροφή του περιβάλλοντος. Και αυτό γιατί σύμφωνα με την ελληνική νομοθεσία και την ξένη νομολογία, το εθνικό πάρκο απαιτεί εκτάσεις που είναι ανεπηρέαστες ή έχουν επηρεαστεί ελάχιστα από ανθρώπινες δραστηριότητες.

Στο μεταξύ, στο ΣτΕ είχαν προσφύγει και ιδιοκτήτες που έχουν κατοικίες και βίλες μέσα στο παράλιο πευκοδάσος του Σχοινιά και σε μικρή απόσταση από τη θάλασσα, ζητώντας να αρθούν οι περιορισμοί που τους επιβάλλονται, όπως απαγόρευση της κυκλοφορίας οχημάτων εντός του πευκοδάσους, την περίφραξη αυτών των εκτάσεων, καθώς και απαγόρευση γεωτρήσεων.

Το Ανώτατο Διοικητικό Δικαστήριο με την υπ' αριθμό 1321/2001 απόφασή του απέρριψε την προσφυγή των ιδιοκτητών, κρίνοντας ότι οι περιορισμοί και οι απαγορεύσεις είναι αναγκαίοι για την εκπλήρωση των σκοπών του εθνικού πάρκου.

Η περιοχή είναι ιστορική και αρχαιολογική (μάχη Μαραθώνα) και δε λαμβάνεται καμιά προστατευτική μέριμνα. Ακόμη και στη σύνταξη της περιβαλλοντικής μελέτης δε συμμετείχε εκπρόσωπος της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας, όπως θα έπρεπε.

Η κατασκευή εστιατορίων και ταβερνών στην περιοχή, «είναι απολύτως μη συμβατές με το προστατευτικό καθεστώς» του υδροβιότοπου Σχοινιά.