Η συγκεκριμένη οδηγία, που αποτελεί τη μελλοντική θαλάσσια πολιτική για όλα τα κράτη μέλη της ΕΕ για την προστασία των θαλασσών (νερών, υπεδάφους κλπ.), αφήνει έωλο τον προσδιορισμό της ΑΟΖ. Η κυβερνητική απόφαση για επικύρωση από τη Βουλή της εν λόγω οδηγίας, χωρίς στο συγκεκριμένο νομοσχέδιο να γίνεται σαφής προσδιορισμός της ΑΟΖ και με δεδομένο ότι η ελληνική κυβέρνηση, λόγω τουρκικών διεκδικήσεων, δεν ασκεί τα δικαιώματα που απορρέουν από τις διατάξεις της Σύμβασης του ΟΗΕ του 1982 για το Δίκαιο της Θάλασσας, τόσο όσον αφορά το πλάτος των χωρικών υδάτων στα 12 ναυτικά μίλια, όσο και στην κήρυξη της ΑΟΖ, δημιουργεί ένα καθεστώς «ρευστότητας» για τη θαλάσσια περιοχή του Αιγαίου και τα ελληνικά κυριαρχικά δικαιώματα.

Το ίδιο ισχύει και στα θαλάσσια σύνορα της χώρας με τη Λιβύη, την Αλβανία και την Αίγυπτο. Πολλά ερωτήματα επίσης προκαλεί το γεγονός ότι από το Παράρτημα ΙΙ του νομοσχεδίου που κατατέθηκε τελικά στη Βουλή, αφαιρέθηκε χάρτης ο οποίος υπήρχε όταν αυτό τέθηκε σε διαβούλευση και περιείχε οριοθετημένες κάποιες θαλάσσιες υποπεριοχές της χώρας, ενώ τώρα αυτός αντικαταστάθηκε με ένα χάρτη όπου δε διευκρινίζεται απολύτως τίποτε...

Κατά τα άλλα, τίθενται για την επίτευξη του στόχου της διατήρησης ή επίτευξης της καλής περιβαλλοντικής κατάστασης του θαλάσσιου περιβάλλοντος έως το έτος 2020, τα εξής χρονοδιαγράμματα:

Εως το 2012, θα πρέπει να έχουν ολοκληρωθεί α) η αρχική αξιολόγηση της περιβαλλοντικής κατάστασης των θαλάσσιων υδάτων, β) ο προσδιορισμός της καλής περιβαλλοντικής κατάστασης των θαλάσσιων υδάτων και γ) ο καθορισμός των περιβαλλοντικών στόχων και δεικτών.

Εως το 2013, θα πρέπει να έχουν οριοθετηθεί οι προστατευόμενες περιοχές για κάθε θαλάσσια περιοχή ή υποπεριοχή, με στόχο τη δημιουργία ενός συνεκτικού και αντιπροσωπευτικού δικτύου θαλάσσιων προστατευόμενων περιοχών.

Εως το 2014, θα πρέπει να έχουν θεσπιστεί τα προγράμματα παρακολούθησης της περιβαλλοντικής κατάστασης των υδάτων τους.

Τέλος,το 2015, θα πρέπει να έχουν διαμορφωθεί τα προγράμματα μέτρων για την εξασφάλιση καλής περιβαλλοντικής κατάστασης των υδάτων μέχρι το έτος 2020. Η θέση των μέτρων σε λειτουργία προβλέπεται το αργότερο έως το έτος 2016.

Για την εφαρμογή του νόμου προβλέπεται η σύσταση Εθνικής Επιτροπής Θαλάσσιας Στρατηγικής με συμμετοχή όλων των συναρμόδιων υπουργών, ενώ ως Αρμόδια Αρχή ορίζεται η Ειδική Γραμματεία Υδάτων του ΥΠΕΚΑ.