Αντισυνταγματική κρίνει το Ε' Τμήμα του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους (ΝΣΚ), τη διάταξη του νόμου - πλαισίου που επιτρέπει τον απευθείας διορισμό ή μονιμοποίηση των μελών ΔΕΠ από τον πρύτανη, χωρίς να προηγηθεί έλεγχος νομιμότητας από το υπουργείο Παιδείας. Σύμφωνα με ασφαλείς πληροφορίες, το ΝΣΚ, με την υπ' αριθ. 251/08 γνωμοδότησή του, εκτιμά ότι η παραπάνω ρύθμιση του νόμου (άρθρο 25 παρ. 1 του νόμου 3549/07) αντίκειται στο άρθρο 16 του Συντάγματος, γιατί όπως έχει επανειλημμένα γνωμοδοτήσει και το ΣτΕ, καταργεί την από το Σύνταγμα προβλεπόμενη κρατική εποπτεία επί των πράξεων των οργάνων των ΑΕΙ.

Χρειάζεται να σημειώσουμε ότι τη συγκεκριμένη ρύθμιση την έχει διαφημίσει υπέρ το δέον ο υπουργός Παιδείας, προκειμένου να υποστηρίξει ότι ενισχύεται η διοικητική αυτοτέλεια των ΑΕΙ με το νόμο - πλαίσιο. Ωστόσο, τα προβλήματα από την εφαρμογή της έχουν γίνει φανερά σε ιδρύματα όπου οι διοικήσεις τους οπλίζονται με τη συγκεκριμένη διάταξη, προκειμένου να «αποκλείουν» μέλη ΔΕΠ μη αρεστά σε αυτές. Από μια τέτοια περίπτωση, μέλη ΔΕΠ προσέφυγαν στα νομικά όργανα και προέκυψε πρόσφατα η παραπάνω γνωμοδότηση, για την οποία, οι αντιδράσεις του υπουργείου Παιδείας... αναμένονται.