Παράνομες έκρινε αρκετές από τις διατάξεις του Προεδρικού Διατάγματος για την Αγροφυλακή το Συμβούλιο της Επικρατείας (ΣτΕ). Συγκεκριμένα, το ΣτΕ έκρινε παράνομη την εξουσιοδότηση που έδινε το δικαίωμα στον υπουργό Δημόσιας Τάξης να καθορίζει τα κριτήρια πρόσληψης των αγροφυλάκων.

Ειδικότερα το ΣτΕ έκρινε παράνομες:

• Τις διατάξεις που εξουσιοδοτούσαν τους υπουργούς Δημόσιας Τάξης και Εσωτερικών να εκδίδουν αποφάσεις με τις οποίες καθόριζαν τα κριτήρια, τα προσόντα επιλογής και τη μοριοδότηση όσων θέλουν να μπουν στην Αγροφυλακή. Το ΣτΕ έκρινε ότι τα κριτήρια για τις προσλήψεις πρέπει να καθορίζονται με ΠΔ και όχι με υπουργικές αποφάσεις.
• Την απαγόρευση στους αγροφύλακες να κάνουν διαλέξεις σε σχολεία και στο κοινό «επί υπηρεσιακών θεμάτων» χωρίς την άδεια του διευθυντή τους, καθώς αντίκειται στην Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου.
• Επίσης, έκρινε παράνομη τη φράση που προέβλεπε ότι οι αγροφύλακες πρέπει να τηρούν εχεμύθεια όχι μόνο για τα απόρρητα υπηρεσιακά θέματα, αλλά και «σε κάθε άλλη περίπτωση». Αντίθετα, το ΣτΕ έκρινε ότι οι αγροφύλακες, όπως και οι αστυνομικοί, υποχρεούνται να τηρούν εχεμύθεια μόνο για «πληροφορίες ή γεγονότα των οποίων το αγρονομικό προσωπικό λαμβάνει γνώση κατά την εκτέλεση των καθηκόντων του».
• Είναι αντίθετη με το νόμο για την προστασία προσωπικών δεδομένων η διάταξη που υποχρεώνει τους αγροφύλακες να δηλώνουν κάθε μεταβολή της οικογενειακής τους κατάστασης (γάμος, γέννηση παιδιών, διαζύγιο κλπ).
• Τέλος, το δικαστήριο απαγόρευσε ρητά τη δυνατότητα των αγροφυλάκων να συμμετέχουν στη διοίκηση ανώνυμης εταιρείας ή Γεωργικού Συνεταιρισμού της περιφέρειας που υπηρετούν.