Με απαράδεκτες διαδικασίες, όπως συστατικές επιστολές μητροπολιτών και προφορική συνέντευξη, θα γίνεται η εισαγωγή των σπουδαστών στις τέσσερις εκκλησιαστικές Ακαδημίες, που ιδρύονται με νομοσχέδιο της κυβέρνησης και καθιστούν «επιστήμη» το θρησκευτικό δογματισμό! Οπως τόνισε και ο εισηγητής του ΚΚΕ Γ. Χουρμουζιάδης πρόκειται για διαδικασίες που απαιτούν «χαρτί χριστιανικών φρονημάτων» και είναι μακριά από τις πραγματικές ανάγκες της δημόσιας εκπαίδευσης. Ιδρύονται, είπε, εκκλησιαστικά πανεπιστήμια την ίδια στιγμή που λειτουργούν ήδη οι θεολογικές σχολές των Πανεπιστημίων, ενώ διατηρείται ολόκληρο το σύστημα εκκλησιαστικών σχολών στη Δευτεροβάθμια Εκπαίδευση.

Η υπουργός Παιδείας Μ. Γιαννάκου ισχυρίστηκε ότι οι εν λόγω σχολές δεν είναι πανεπιστήμια, αλλά είναι παρόμοιες με τις παραγωγικές σχολές των ενόπλων δυνάμεων και ως εκ τούτου δεν εμπίπτουν στα σχετικά άρθρα του Συντάγματος για την Παιδεία! Αντίθετοι με το νομοσχέδιο δήλωσαν οι εκπρόσωποι του ΠΑΣΟΚ και του ΣΥΝ.

Επιφυλάξεις για διατάξεις του νομοσχεδίου εκφράζει με έκθεσή της η Επιστημονική Υπηρεσία της Βουλής. Συγκεκριμένα αναφέρει ότι δημιουργεί «προβληματισμό» η πρόβλεψη ότι δικαίωμα πρόσβασης στις «Ανώτατες Εκκλησιαστικές Ακαδημίες» έχουν οι κάτοχοι απολυτηρίου Λυκείου «εφόσον είναι χριστιανοί ορθόδοξοι». Επίσης επιφυλάξεις διατυπώνει για την προφορική συνέντευξη που δίνουν οι υποψήφιοι για την εισαγωγή.

Η Επιστημονική Υπηρεσία εκτιμά ότι ο ορισμός της διοίκησης των «Εκκλησιαστικών Ακαδημιών» αποκλίνει από το καθεστώς πλήρους αυτοδιοίκησης που ισχύει για τα Πανεπιστήμια, ενώ αμφιβάλλει εάν τα μέλη του Διδακτικού Προσωπικού μπορούν να λογίζονται ως δημόσιοι λειτουργοί κατά το πρότυπο των πανεπιστημιακών, αφού η αποστολή τους «να καταστήσουν τους φοιτητές τους κοινωνούς των αξιών της Ορθόδοξης Πίστης και του Χριστιανισμού σχετικοποιεί την αρχή της ακαδημαϊκής ελευθερίας».

Η κυβέρνηση διά του υφυπουργού Παιδείας Σ. Ταλιαδούρου στην αρχή της συνεδρίασης προχώρησε σε ορισμένες αλλαγές - που δεν αλλάζουν την ουσία των παρατηρήσεων της Επιστημονικής Υπηρεσίας - όπως το ότι η εισαγωγή των σπουδαστών στις «Εκκλησιαστικές Ακαδημίες» θα γίνει από το ακαδημαϊκό έτος 2007-8 και όχι από το 2006-7 που προβλεπόταν αρχικά. Από την αντιπολίτευση τέθηκε θέμα αντισυνταγματικότητας άρθρων του νομοσχεδίου που όμως απορρίφθηκε από την κυβερνητική πλειοψηφία.