Αγνωστο ιερό του Απόλλωνα αποκάλυψαν οι αρχαιολόγοι στη συστηματική ανασκαφή στην ακατοίκητη νησίδα του Δεσποτικού, δυτικά της Αντιπάρου. Το Δεσποτικό ταυτίζεται με την αρχαία Πρεπέσινθο και οι πρώτες έρευνες εκεί έγιναν το 19ο αιώνα από τον Χρήστο Τσούντα.

Από το 1997 η ανασκαφική έρευνα συνεχίζεται από τον αρχαιολόγο της ΚΑ΄ ΕΠΚΑ, Γιάννο Κουράγιο, στη θέση «Μάντρα», όπου υπήρχαν ενδείξεις για την ύπαρξη αρχαϊκού ναού, φέρνοντας στο φως ένα μεγάλο μέρος των βοηθητικών χώρων ενός ιερού. Συγκεκριμένα, αποκαλύφθηκε ένα κτιριακό συγκρότημα μήκους 35 μ. αποτελούμενο από πέντε συνεχόμενα παράλληλα δωμάτια. Η διατήρηση των προσόψεων του κτιρίου είναι εξαιρετική.

Αποκαλύφθηκαν επίσης 520 νέα αρχιτεκτονικά μέλη και πληθώρα μεταγενέστερων κτιρίων, ενώ βρέθηκαν σημαντικότατα ευρήματα αρχαϊκών χρόνων ανατολικοϊωνικής, ροδιακής, κυπριακής και αιγυπτιακής προέλευσης. Σημαντικό εύρημα αποτελεί το ειδώλιο μεγάλων διαστάσεων γυναικείας θεότητας Δαιδαλικής τεχνοτροπίας, το οποίο χρονολογείται γύρω στο 680-660 π.Χ.

Φέτος αποκαλύφθηκαν άλλα πέντε κτίρια τα οποία συνδέονται μεταξύ τους με τοίχους, σχηματίζοντας έναν περίβολο με μια στοά. Ο προστατευόμενος αυτός χώρος, που δημιουργείται μεταξύ αυτών των κτιρίων ήταν, σύμφωνα με όλες τις ενδείξεις, ο καταλληλότερος για την ανέγερση του ναού του Δεσποτικού. Ωστόσο, οι προβλέψεις για τον εντοπισμό του ναού δεν επαληθεύτηκαν. Πάντως, η έρευνα στο εσωτερικό του περιβόλου έφερε στο φως μια ημικυκλική κατασκευή μεγάλων διαστάσεων, πιθανότατα εξέδρα ή βάση αναθημάτων. Η αποκάλυψη και άλλων ενεπίγραφων οστράκων, που χρονολογούνται από τον 6ο έως τον 3ου αι. π.Χ. με την επιγραφή «ΑΠΟΛΛ», βεβαιώνει ότι το ιερό ήταν αφιερωμένο στον Απόλλωνα. Η κάτοψη του ναού που από τα αρχιτεκτονικά μέλη χρονολογείται γύρω στο 500 π.Χ., δεν είναι δυνατόν να προσδιοριστεί, εφόσον δεν έχουν αποκαλυφθεί ως τώρα τα θεμέλια. Το ιερό λειτουργούσε από τον 7ο αι. π.Χ. έως και τα Ρωμαϊκά χρόνια.

Κατά τη διάρκεια της επτάχρονης συστηματικής ανασκαφής στην περιοχή, διαπιστώθηκε ότι η θέση «Μάντρα» αποτελεί τον κεντρικό χώρο ενός ιερού του Απόλλωνα με πολλά κτίσματα και βοηθητικούς χώρους για το ίδιο το ιερό. Τα προαναφερθέντα κτίσματα και οι βοηθητικοί χώροι καλύπτουν μια μεγάλη έκταση στη χερσόνησο, η οποία δημιουργείται μεταξύ του στενού της Αντιπάρου και του ίδιου του Δεσποτικού.