Ο Βασίλης Τσιτσάνης, φίλος και κουμπάρος του, έγραψε τότε, κλαίγοντας:
«Τον Γιάννη μας τον ζήλεψε και του 'στησε καρτέρι,
ένα πρωί στο Πέραμα του Χάρου το μαχαίρι,
Τώρα σε κλαιν' οι Τζιτζιφιές,
που έριχνες τις γλυκές πενιές».
Ηταν μόλις 58 ετών, και εκείνη τη μέρα λέγεται πως πριν είχε περάσει από κάποιους φίλους του για να τους χαιρετήσει. Υστερα οδήγησε στον δρόμο του Περάματος, με προορισμό το σπίτι του... Φαίνεται πως τον πήρε ο ύπνος, έτσι κουρασμένος όπως ήταν από το ξενύχτι της δουλειάς. Ακολούθησε μια απίστευτη ταλαιπωρία του από το Κρατικό στο Τζάνειο και πάλι στο Κρατικό. Βίωσε όλο αυτό το μαρτύριο περιμένοντας σε διάδρομο να ασχοληθούν μαζί του, ενώ η εσωτερική αιμορραγία του επιδεινωνόταν.
Οι δικοί του πιστεύουν μέχρι σήμερα πως χάθηκε άδικα, ξεκάθαρα από ιατρικό λάθος.
Στην πολύχρονη καριέρα του ο Παπαϊωάννου πέρασε μέσα από φωτιά και σίδερο. Είδε εποχές δύσκολες, όχι μόνο για τους μουσικούς αλλά και για την Ελλάδα ολόκληρη. Εζησε τη Μικρασιατική Καταστροφή, την πείνα, τη φτώχεια, δύο Παγκόσμιους Πολέμους, την Κατοχή, τον εμφύλιο, τις δύο δικτατορίες και την ξενιτιά. «Τα τραγούδια μου» - έλεγε - «είναι τα παθήματά μου, οι αγώνες μου, το μεροκάματο για τη φασολάδα, τα όνειρά μου, οι καντάδες μου, η ζωή μου ολόκληρη και η ζωή του φτωχού κοσμάκη...».
Υπήρξε ένας αυθεντικός και πηγαίος λαϊκός δημιουργός, ένας μεγάλος και επιδραστικός σολίστας, ένας ευαίσθητος καλλιτέχνης, με φλογερό ταμπεραμέντο, που μίλησε με τον δικό του τρόπο για τη ζωή του εργάτη, για το μεροκάματο, για την αγάπη, για τα βάσανα, για τη ζωή του φτωχού λαού. Δημιούργησε αθάνατα τραγούδια, τη «Φαληριώτισσα», τον «Ανδρέα Ζέπο», το «Πριν το χάραμα», το «Ανοιξε γιατί δεν αντέχω», το «Βαδίζω και παραμιλώ», το «Χθες το βράδυ σε μια βάρκα», το «Σβήσε το φως» και τόσα ακόμη.
Οπως καταθέτει ο ίδιος στην αυτοβιογραφία του, στο ιστορικής αξίας βιβλίο «Ντόμπρα και Σταράτα»:
«Μας έφεραν στον Πειραιά, στον Αη Γιώργη, στο Κερατσίνι, εκεί που είχαν τους τρελούς. Μας έβαλαν σε κάτι αποθήκες που ήτανε γεμάτες σκουλήκια. Αλλα μαρτύρια. Ποτέ δεν ξεχνιούνται. Μας έκαναν καραντίνα και μας έβαλαν τα ρούχα στον κλίβανο. Οι ντόπιοι μας έκλεβαν τα ρούχα, ό,τι είχαμε, ακόμη και τα παπούτσια. Ποιος μπορεί να ξεχάσει; Πείνα, δυστυχία, περιφρόνια... Πώς να σου φύγουνε αυτά από το μυαλό;».
Για να τα βγάλει πέρα εργάζεται ως ψαράς, μαραγκός, σε συνεργείο αυτοκινήτων και σε οικοδομές. Σταματάει το σχολείο νωρίς. Προπολεμικά διαπρέπει και ως ποδοσφαιριστής, τερματοφύλακας στην ομάδα του Φαληρικού Συνδέσμου.
Ο Μανώλης Χιώτης έχει πει για τον Γιάννη Παπαϊωάννου:
«Ο Γιάννης Παπαϊωάννου είναι μια μεγάλη μορφή της λαϊκής μουσικής. Ενα βουνό. Αλλά και το καλύτερο παιδί που υπάρχει πάνω στη Γη».
Δεν είναι τυχαίο που ο κόσμος τον αγαπούσε τόσο πολύ και τον ακολουθούσε όπου εμφανιζόταν. Ο Παπαϊωάννου εκτός από κεφάλαιο για τη λαϊκή μας μουσική, εκτός από ντόμπρος, καλόκαρδος και γενναιόδωρος, ήταν και ένας δίκαιος άνθρωπος. Ολοι όσοι συνεργάστηκαν μαζί του τον θυμούνται να λύνει - πάντα με τον καλύτερο τρόπο - τα προβλήματα των φίλων και των συναδέλφων του, να κατευνάζει εντάσεις, να εξομαλύνει διαφορές, να αγαπάει και να κατανοεί τους ανθρώπους. Δεν ήταν λίγες οι φορές που έφευγε χωρίς μεροκάματο από τα μαγαζιά, γιατί κερνούσε όλο τον κόσμο. Κουβαρντάς, γλεντζές, τρυφερός, με μια τεράστια καρδιά.
Υπήρξε μεγάλη μορφή του ελληνικού πολιτισμού και ένας γνήσιος μάγκας.
Απεχθανόταν τα πολλά φρου - φρου στα τραγούδια, γιατί ήταν της λιτής «σχολής» του Μάρκου. Ελεγε:
«Ο κόσμος ήθελε λαϊκά τραγούδια, να τα καταλαβαίνει, να του μιλάνε στην καρδιά. Και στην καρδιά του λαού μιλάνε μόνο τα δικά μας τραγούδια. τα άλλα είναι να τ' ακούς το πρωί πριν πας να χέσεις! Χώρια βέβαια τα δημοτικά, που είναι διαμάντια, χρυσάφι λέμε».
Δεν ανεχόταν να αντιμετωπίζεται η μουσική παραγωγή μόνο ως εμπορικό προϊόν και από πολύ νωρίς, από τα χρόνια του '60, διαισθανόταν και προειδοποιούσε πως το λαϊκό τραγούδι όδευε προς την παρακμή, με τα νυχτερινά μαγαζιά να έχουν γίνει, από χώρους αυθεντικής διασκέδασης, χώροι επίδειξης των νεόπλουτων, με τα εξευτελιστικά συμβόλαια στους λαϊκούς δημιουργούς, που υποχρεώνονταν να συμμετέχουν σε ένα τσίρκο, με τους αχόρταγους επιχειρηματίες που κουμαντάριζαν τις φωνογραφήσεις, με τους ψωνισμένους ερμηνευτές και με «το ραδιόφωνο να κάνει φόνους» όπως έλεγε χαρακτηριστικά, συμπληρώνοντας: «Ξέρανε τι φαΐ τρώει ο κόσμος και τι του αρέσει, και βαλθήκανε να το μαγειρέψουνε μόνοι τους. Το φαΐ του κοσμάκη είναι το τραγούδι. Εμάς, να πούμε, τους καλλιτέχνες, μας θέλανε σερβιτόρους. Τέτοια δηλαδή που γίνονται και τώρα, τα ίδια. Μόνο οι μάγειροι αλλάζουνε, τα καζάνια και οι σερβιτόροι».