Οι συνθήκες κάτω από τις οποίες κοιμούνται οι διαμένοντες σε αυτούς τους χώρους είναι απαράδεκτες. Δεν υπάρχουν καν τουαλέτες και ντους. Σύμφωνα με πληροφορίες εργαζομένων μέσα στη δομή, τα πλυντήρια που υπάρχουν δεν λειτουργούν, ενώ στα τέλη Γενάρη υπήρχε διακοπή στη συνεχή παροχή τρεχούμενου νερού για σχεδόν 7 μέρες, με ό,τι αυτό συνεπάγεται για τις συνθήκες υγιεινής σε έναν πληθυσμό στον οποίο υπάρχουν κρούσματα ψώρας και άλλων δερματικών παθήσεων λόγω του συνωστισμού.

Πρόσφυγες, εργαζόμενοι και αλληλέγγυοι αναφέρουν ελλείψεις σε βασικά αγαθά (π.χ. σε είδη υγιεινής, όπως σαπούνι, σερβιέτες), αλλά και ελλείψεις σε ρουχισμό και παπούτσια. Ενα ακόμα σημαντικό πρόβλημα παραμένει η έλλειψη γιατρού μέσα στη δομή. Ενας μόνο στρατιωτικός γιατρός επισκέπτεται περιστασιακά τη δομή, ενώ το τοπικό νοσοκομείο είναι σοβαρά υποστελεχωμένο. Πρόσφυγες κάνουν αναφορά και για ελλιπή φαρμακευτική κάλυψη.

Επιπλέον, στην ΚΕΔ Σάμου παρατηρούνται σημαντικές καθυστερήσεις στις διαδικασίες ασύλου και έχουν καταγγελθεί επανειλημμένα φαινόμενα αστυνομικής βίας απέναντι στους πρόσφυγες. Τέλος, στο νησί έχει αρχίσει να παρατηρείται το φαινόμενο οικογένειες προσφύγων να μένουν άστεγες στον δρόμο περιμένοντας να λάβουν τα ταξιδιωτικά τους έγγραφα.