Η κυβέρνηση παραιτήθηκε και ανατέθηκε από το Παλάτι στον Κ. Καραμανλή να σχηματίσει νέα. Λίγες μέρες αργότερα ο Καραμανλής ίδρυσε την ΕΡΕ (Εθνική Ριζοσπαστική Ενωση). Στις 19 Φλεβάρη του 1956 έγιναν βουλευτικές εκλογές, στις οποίες πρώτευσε η ΕΡΕ, αν και ήρθε δεύτερη με ποσοστό 47,38%. Χάρη στο καλπονοθευτικό σύστημα, το λεγόμενο «τριφασικό», εξέλεξε 165 βουλευτές! Πρώτη δύναμη είχε αναδειχτεί η «Δημοκρατική Ενωση», που ήταν εκλογική συνεργασία του «κεντρώου» χώρου με την ΕΔΑ, με ποσοστό 48,15% και εξέλεξε 132 βουλευτές...

Η διακυβέρνηση της ΕΡΕ διάρκεσε μέχρι τον Ιούνη 1963, οπότε ο Κ. Καραμανλής, μετά από σύγκρουση που είχε με το Παλάτι, αναχώρησε για το εξωτερικό. Σχηματίστηκε μεταβατική κυβέρνηση με πρωθυπουργό τον Π. Πιπινέλη και αργότερα υπηρεσιακή, που διενέργησε τις εκλογές της 3 Νοέμβρη 1963, με πρωθυπουργό τον πρόεδρο του Αρείου Πάγου Στ. Μαυρομιχάλη.

Ο Καραμανλής ευνοήθηκε από το Παλάτι (και τις ΗΠΑ) και ανέλαβε αρχηγός του «Ελληνικού Συναγερμού», αντί των Στ. Στεφανόπουλου και Π. Κανελλόπουλου, που θεωρούνταν επικρατέστεροι (ο Στεφανόπουλος είχε γίνει και αναπληρωτής του πρωθυπουργού κατά τη διάρκεια της αρρώστιας του Παπάγου). Οι πάντες αιφνιδιάστηκαν από την επιλογή, από το γεγονός ότι ο Στεφανόπουλος κυριολεκτικά «αδειάστηκε» από το Παλάτι.

Ως προς αυτό έγραψε η τότε βασίλισσα Φρειδερίκη στον Αμερικανό στρατηγό Μάρσαλ: «Κανείς δεν ήξερε, ούτε καν ο σύζυγός μου, από τι πράγματι έπασχε (ο Παπάγος). Βαδίζαμε προς πλήρες χάος. Κι έπειτα ο Παπάγος πέθανε. Μέσα σε μερικές ώρες ο σύζυγός μου διόρισε Πρωθυπουργό της Ελλάδος έναν νέον άνδρα, αυτοδημιούργητον, από τη Μακεδονία. Η χώρα αισθάνθηκε σαν να είχε πιει σαμπάνια» (Σόλωνα Γρηγοριάδη, «ΤΑ ΦΟΒΕΡΑ ΝΤΟΚΟΥΜΕΝΤΑ - Η ΑΝΟΔΟΣ ΤΟΥ ΠΑΠΑΓΟΥ ΣΤΗΝ ΕΞΟΥΣΙΑ», σελ. 203-204, εκδόσεις «ΦΥΤΡΑΚΗΣ»).

Πρέπει να σημειωθεί ότι η κυβέρνηση Καραμανλή είχε παραιτηθεί και το 1958, μετά την «αποστασία» 15 βουλευτών της ΕΡΕ, μεταξύ των οποίων ήτανε και οι υπουργοί της Π. Παπαληγούρας και Γ. Ράλλης. Την κίνηση αυτή ο Καραμανλής την είχε χαρακτηρίσει συνωμοσία. Να σημειωθεί ακόμη, ότι το ίδιο διάστημα γίνονταν επαφές Ανακτόρων - Σοφ. Βενιζέλου - Π. Κανελλόπουλου με στόχο την απομάκρυνση του Καραμανλή από την ηγεσία της ΕΡΕ και το σχηματισμό κυβέρνησης ΕΡΕ - «Φιλελευθέρων», υπό τον Π. Κανελλόπουλο.

Στην πραγματικότητα η ουσία της σύγκρουσης μεταξύ κυβέρνησης της ΕΡΕ και Ανακτόρων ήταν βαθύτερη και πολύπλοκη. Το Παλάτι - για ευνόητους λόγους - αντιδρούσε στην ενίσχυση των αστικών θεσμών εξουσίας, που θα εκφράζονταν με τις συνταγματικές αλλαγές που σχεδίαζε ο Καραμανλής, ενώ υπήρχαν διαφωνίες και ως προς την τακτική στο Κυπριακό και ως προς την προπαγάνδα κατά των σοσιαλιστικών χωρών, την οποία ο Καραμανλής ήθελε να είναι πιο ήπια. Ηρθε κι η δολοφονία στη Θεσσαλονίκη του Γρ. Λαμπράκη, που στο σχεδιασμό της τα Ανάκτορα ήτανε χωμένα μέχρι το λαιμό, και τα πράγματα στις σχέσεις Καραμανλή - Ανακτόρων έφθασαν στα άκρα. Είκοσι μέρες μετά τη δολοφονία ο Καραμανλής έφυγε αιφνιδιαστικά για την Ελβετία. Επέστρεψε, για να ηγηθεί της προεκλογικής εκστρατείας της ΕΡΕ, νικήθηκε και αναχώρησε για το Παρίσι, από όπου επανήλθε το 1974.