Οπως αποφασίστηκε στο ΔΣ της ΕΠΟ, το σύστημα διεξαγωγής του Κυπέλλου Ελλάδας αλλάζει και πλέον προβλέπονται περισσότεροι αγώνες. Οι τρεις πρώτες φάσεις θα παραμείνουν ως έχουν, αλλά από την τέταρτη φάση τα παιχνίδια θα είναι διπλά. Στη συγκεκριμένη φάση θα συμμετέχουν και ομάδες της Σούπερ Λίγκας. Η φετινή διοργάνωση θα ξεκινήσει στις 11 Σεπτέμβρη, ενώ ο τελικός ορίστηκε για τις 11 Μάη 2013 στο ΟΑΚΑ.