Τα βλαστοκύτταρα έχουν τη δυνατότητα να μετατραπούν σε οποιοδήποτε είδος κυττάρου και γι' αυτό μπορεί στο μέλλον να έχουν εκτεταμένες θεραπευτικές εφαρμογές, όπως η ανάπλαση κατεστραμμένων ιστών και οργάνων. Οι ιστοί θα είναι απολύτως συμβατοί με τον ασθενή, καθώς θα προέρχονται από τα ίδια του τα κύτταρα και δε θα αποβάλλονται μετά τη μεταμόσχευση. Τα μόνα βλαστοκύτταρα που έχουν εγγυημένα και χωρίς παρενέργειες δυνατότητα να γίνουν οτιδήποτε είναι τα εμβρυικά, αλλά τα τελευταία χρόνια οι ερευνητές έχουν σημειώσει μεγάλη πρόοδο στον αναπρογραμματισμό εξειδικευμένων κυττάρων ενηλίκων, ώστε να επανέλθουν στην κατάσταση στην οποία βρίσκονταν τα εμβρυικά κύτταρα από τα οποία προήλθαν.

Οι αρχικές προσπάθειες κυτταρικού αναπρογραμματισμού σχετίζονταν με τα πειράματα κλωνοποίησης και απαιτούσαν τη χρήση ωαρίων. Πέρα από αυτή την απαίτηση, η τεχνική που αναπτύχθηκε δεν είχε επιτυχία στον αναπρογραμματισμό ανθρώπινων κυττάρων. Γι' αυτό, την τελευταία πενταετία, διερευνάται από τους επιστήμονες μια ριζικά διαφορετική τεχνική, που ξεκινά από οποιοδήποτε διαφοροποιημένο κύτταρο ενήλικου ατόμου και καταλήγει στην παραγωγή τεχνητά παντοδύναμων (ικανών να μετατραπούν σε κύτταρο οποιουδήποτε ιστού) βλαστοκυττάρων.

Αν και οι αποικίες αυτών των τεχνητών βλαστοκυττάρων μοιάζουν κάτω από το μικροσκόπιο με εμβρυονικά βλαστοκύτταρα και επιδεικνύουν όλους τους δείκτες που σχετίζονται με τα παντοδύναμα κύτταρα, η αδιαμφισβήτητη απόδειξη των «μαγικών» ιδιοτήτων τους μπορεί να προέλθει μόνο από τη συμπεριφορά τους στην πράξη, αν δηλαδή μπορούν να κάνουν οτιδήποτε μπορεί να κάνει και ένα εμβρυικό βλαστοκύτταρο. Ακόμα και οι αποικίες των εμβρυικών βλαστοκυττάρων μπορεί να περιέχουν κύτταρα που δεν επιδεικνύουν τα επιθυμητά χαρακτηριστικά και γι' αυτό οι ερευνητές έχουν αναπτύξει διάφορες δοκιμασίες για να ελέγχουν την παντοδυναμία των βλαστοκυττάρων.

Ενώ τα εμβρυονικά βλαστοκύτταρα γενικά περνάνε όλα τα τεστ, πολλά από τα τεχνητά βλαστοκύτταρα αποτυγχάνουν. Ο έλεγχος των αποτυχημένων κυττάρων έδειξε ότι οι ιοί που χρησιμοποιούνται για να μεταφερθούν σε αυτά τα τέσσερα γονίδια αναπρογραμματισμού, δεν είναι εντελώς αδρανείς κι ότι σημαντικά γονίδια στο αρχικό DNA των κυττάρων δεν έχουν ενεργοποιηθεί κατάλληλα. Ως αποτέλεσμα παράγονται κύτταρα που έχουν χάσει μεν την ταυτότητα π.χ. του δερματικού κυττάρου, αλλά δεν έχουν αποκτήσει την ιδιότητα του παντοδύναμου κυττάρου. Είναι, δηλαδή, εν μέρει αναπρογραμματισμένα.

Οι υπό εξέλιξη έρευνες για τεχνητά βλαστοκύτταρα που να περνάνε όλους τους ελέγχους, αποσκοπούν ακριβώς να εξαλείψουν όλους τους παράγοντες κινδύνου και να αυξήσουν την αποδοτικότητα των τεχνικών παραγωγής τους. Στην κατεύθυνση αυτή, οι επιστήμονες διερευνούν παραλλαγές της όλης διαδικασίας που δε θα χρησιμοποιούν καθόλου ρετροϊούς, ή έστω θα χρησιμοποιούν ιούς που είναι εξασφαλισμένο ότι δεν ενσωματώνουν το DNA τους στο γενετικό υλικό του ανθρώπου.