Σχετικά με τις εξελίξεις στο Κυπριακό, η Αλέκα Παπαρήγα εξέφρασε γενικότερες ανησυχίες για τις πρωτοβουλίες που δρομολογούν λύση διχοτόμησης με γενικότερες αρνητικές συνέπειες για τους λαούς της περιοχής. Πιο συγκεκριμένα είπε τα εξής:

"Είμαστε πάρα πολύ ανήσυχοι για το πώς προωθούνται οι ενταξιακές διαδικασίες της Κύπρου.Γιατί βλέπουμε ότι αυτή τη στιγμή η διαδικασία ένταξης της Κύπρου στην ΕΕ, περιέχει τη μεγάλη απειλή της νομιμοποίησης της διχοτόμησης. Η Κύπρος στη σφαίρα της Γης είναι μια μικρή κουκίδα. Υπάρχουν τόσες εστίες πολέμου και τέτοια προβλήματα που, ίσως, για ευρύτερα για τους λαούς, για τα κόμματα, για τα κινήματα, να μην είναι κάτι το σημαντικό ή το πρωτόγνωρο. Το πρόβλημα είναι πολύ μεγάλο, γιατί η Κύπρος έχει στρατηγική σημασία και παίζει ρόλο - είναι πριν απ' όλα μια βρετανική βάση - και παίζει σημαντικό ρόλο στη στρατηγική απέναντι στον αραβικό κόσμο. Εμάς μας απασχολεί, όχι για λόγους συναισθηματικούς και εθνικούς, είναι ένα διεθνές πρόβλημα, αλλά πολύ φοβόμαστε μήπως στην πορεία, η διχοτόμηση της Κύπρου γενικεύσει ένα μέτωπο αντιπαράθεσης ανάμεσα στην Ελλάδα και στην Τουρκία και μεταφέρει τη γραμμή της αντιπαράθεσης απ' το Αιγαίο σε μια ευρύτερη γραμμή ως την Κύπρο".