Με την αποχώρηση των κατακτητών, τα μέλη και τα στελέχη της ΕΠΟΝ αρχίζουν με ενθουσιασμό τη "μάχη" της ανοικοδόμησης της Πατρίδας και παράλληλα αναπτύσσουν δραστηριότητα στον πολιτιστικό τομέα. Ομως, αυτή η οργανωμένη πάλη ανησυχεί το κράτος της Δεξιάς, που βάζει σε εφαρμογή τα σχέδια εξόντωσης της ΕΠΟΝ.

Ετσι το 1946 πάνω από 1.500 ΕΠΟΝίτες δολοφονούνται. Χιλιάδες σέρνονται στα Στρατοδικεία, στις φυλακές και τις εξορίες.

Απώτερος σκοπός η οπωσδήποτε διάλυση της ΕΠΟΝ, που είχε εισηγηθεί απ' τον Δεκέμβρη του 1946 με αίτησή του προς την Εισαγγελία της Αθήνας ο Νομάρχης Αττικοβοιωτίας Σχοινάς.

Μετά από 15 μέρες, στις 17 Γενάρη 1947, γίνεται στην Αθήνα η δίκη της ΕΠΟΝ. Οι εφημερίδες της Δεξιάς προτρέπουν με πύρινη αρθρογραφία τον απηνή διωγμό των ΕΠΟΝιτών και τη διάλυση της θρυλικής μας οργάνωσης. Η "Βραδυνή", η "Εστία", η "Καθημερινή" του ΓΑΒ, και το "Ελληνικό Αίμα" του Κουλουμβάκη πρωτοστατούν σε χυδαιότητα, σε βάρος των μελών και στελεχών της ΕΠΟΝ, καλύπτοντας τη σκευωρία που εξυφαίνεται.

Τα επιχειρήματα που χρησιμοποιούν είναι γελοία. Φτάνουν ακόμη να κατηγορήσουν την ΕΠΟΝ ότι δήθεν "αποσκοπεί στην υποκλοπή του μυστικού της ατομικής βόμβας απ' τις Αμερικάνικες υπηρεσίες... ". Ο Κώστας Καραγιώργης διευθυντής του "Ριζοσπάστη" σε άρθρο του στις 11 Δεκέμβρη 1946, θα γράψει ανάμεσα στα άλλα και τα εξής:

"... Και αν ακόμα η ελληνική δικαιοσύνη γλιστρήσει σ' αυτό το τελευταίο σκαλοπάτι, για να διαλύσει την ένδοξη οργάνωση της νέας γενιάς, επειδή έτσι την πρόσταξαν να κάνει, η ΕΠΟΝ δε σβήνει.

Γιατί δεν μπορεί να σβήσει η ίδια η ψυχή της ελληνικής νεολαίας. Και οι δικαστές που θα 'βαζαν την υπογραφή τους κάτω από μια επαίσχυντη απόφαση που θα "διέλυε" την ΕΠΟΝ θα 'πρεπε να ξέρουν ότι θα ήταν ακριβώς το ίδιο σαν να"διέλυαν" έπειτα από το '21 μια Φιλική Εταιρεία της νέας γενιάς. Η ΕΠΟΝ είναι το πρόσφατο τρισένδοξο παρελθόν της νεολαίας μας. Είναι το σκληρό, αλλά εθνικά υπερήφανο και μαχητικό Παρόν της. Θα είναι οπωσδήποτε και το ελπιδοφόρο μέλλον της".

Στο δικαστήριο, εκτός απ' τους χωροφύλακες μάρτυρες κατηγορίας, παρουσιάστηκαν και έγγραφα. Μεταφέρουμε εδώ αποσπάσματα των εγγράφων αυτών, που έχουν αποστολέα πολλά Αστυνομικά Τμήματα απ' ολόκληρη την επικράτεια:

"...... Σε συγκεντρώσεις τους (σ. σ. οι ΕΠΟΝίτες) ασχολούνται με την κλοπή του μυστηρίου της ατομικής βόμβας, ίνα ανατινάξουν το κοινωνικό οικοδόμημα εις τον αέραν... "

".... εξέφυγον των ελληνικών παραδόσεων και ενεργούν (σ. σ. οι ΕΠΟΝίτες) εντός διεθνιστικών θεωριών άκρως επικίνδυνων διά το κράτος..... "

"..... οι ΕΠΟΝίτες ομιλούν την κομμουνιστικήν διάλεκτον επί ζημία της καθαρευούσης γλώσσης ήτις εδόξασεν τον πολιτισμόν ημών..... "

"... Κατά την Μ. Παρασκευήν ομάς ΕΠΟΝιτισσών εστόλισεν δι' ανθέων τον επιτάφιον προκαλώντας το εκκλησίασμα... ".

Κι άλλο έγγραφο δημοσιευμένο στο Ριζοσπάστη:

"Ο υποφαινόμενος Βιριράκης Ιωάννης ήμουν εις τα Τάγματα Ασφαλείας και γνωρίζω ότι η ΕΠΟΝ είναι κομμουνιστική, προδοτική, αντεθνική κλπ. και διαφθείρει τους νέους".

Και τώρα ένα στιγμιότυπο απ' την ακροαματική διαδικασία:

Καταθέτει ο Πρόεδρος της ΕΠΟΝ Καθηγητής Γεωλογίας του Πανεπιστημίου της Αθήνας Γ. Γεωργαλάς. Ο εισαγγελέας Πλαστήρας τον ρωτάει:

Εισαγγελέας: Η ΕΠΟΝ είναι οργάνωση κομμουνιστική;

Γεωργαλάς: Η ΕΠΟΝ είναι οργάνωση ενιαία ακομμάτιστη!

Εισαγγελέας: Είναι! Είναι! Είναι!

Γεωργαλάς: Και για μένα λένε ότι είμαι Βούλγαρος κι όμως είμαι Ελληνας. Η δίκη άρχισε στις 12 το μεσημέρι και τελείωσε στις 4 το απόγευμα με καταδίκη της ΕΠΟΝ, αφήνοντας ευχαριστημένους εισαγγελείς, νομάρχες και όλο το παρακράτος ότι υπακούοντας στα κελεύσματα των ντόπιων και ξένων αφεντικών τους να διαλύσουν την ΕΠΟΝ,... έπραξαν το "Εθνικόν" τους καθήκον.