Οι πολυσυζητημένες αυξήσεις στους μισθούς των στρατιωτικών φαίνεται πως αποτελούν ένα ακόμα σημείο έντασης ανάμεσα στον υπουργό Αμυνας, Γερ. Αρσένη,και τον αρχηγό ΓΕΕΘΑ, ναύαρχο Χρ. Λυμπέρη.Ο εκπρόσωπος του υπουργού μετά τα όσα γράφτηκαν χτες για τη χορήγηση επιδόματος 10.000 - 45.000 το μήνα, δήλωσε ότι δεν έχει αποφασιστεί τίποτα και παρέπεμψε σε παλαιότερες δηλώσεις του Γερ. Αρσένη και του πρωθυπουργού. Η υποβόσκουσα κρίση στις σχέσεις υπουργού και αρχηγού ΓΕΕΘΑ έχει εκφραστεί και σε άλλους τομείς της πολιτικής του υπουργείου Αμυνας, όπως ο χειρισμός του θέματος της επέκτασης των χωρικών υδάτων και οι σχέσεις με τους Αμερικανούς και το ΝΑΤΟ.