Η Διάσκεψη της Βάρκιζας άρχισε στις 2/2/1945, ημέρα Παρασκευή και τελείωσε στις 12 του μηνός, ημέρα Δευτέρα με την υπογραφή της πιο πολυσυζητημένης και πιο ακριβοπληρωμένης από το λαό συμφωνίας στη σύγχρονη ελληνική ιστορία. Τις δύο πλευρές εκπροσώπησαν τριμελείς αντιπροσωπείες. Επικεφαλής της αντιπροσωπείας του ΕΑΜ ήταν ο Γ. Σιάντος και συμμετείχαν σ' αυτήν - όπως έχουμε με άλλη ευκαιρία αναφέρει - ο Μ. Παρτσαλίδης και ο Ηλ. Τσιριμώκος.Στρατιωτικός σύμβουλος της αντιπροσωπείας ήταν ο στρατηγός και αρχηγός του ΕΛΑΣ, Στ. Σαράφης.Στην αντιπροσωπεία της κυβέρνησης των Αθηνών επικεφαλής ήταν ο υπουργός Εξωτερικών Ι. Σοφιανόπουλος - που ορίστηκε και πρόεδρος της Διάσκεψης - ενώ συμμετείχαν, επίσης, ο υπουργός Εσωτερικών Περικλής Ράλλης (ανήκε στο δεξιό Λαϊκό Κόμμα) και ο υπουργός Γεωργίας Ι. Μακρόπουλος.Στρατιωτικός σύμβουλος της κυβερνητικής αντιπροσωπείας ήταν ο στρατηγός Παυσανίας Κατσώτας.Τέλος, παρατηρητής εκ μέρους του Αρχιεπισκόπου - αντιβασιλιά Δαμασκηνού ήταν ο διευθυντής του Πολιτικού του Γραφείου Ι. Γεωργάκης,μετέπειτα καθηγητής της Παντείου και στενός συνεργάτης του Ωνάση.

Η ΕΑΜική αντιπροσωπεία πήγε στη Βάρκιζα με σαφείς και συγκεκριμένες θέσεις, τις οποίες ανέλυσε ο Γ. Σιάντος, στις 3/2, κατά τη δεύτερη μέρα των εργασιών της διάσκεψης. Οι θέσει αυτές είχαν καθοριστεί σε συνεδρίαση της ΚΕ του ΚΚΕ, προς το τέλος του Γενάρη και επιβεβαιώθηκαν σε σύσκεψη που ακολούθησε, παρουσία ηγετικών στελεχών του Κόμματος και του Ηλ. Τσιριμώκου. Οπως μαρτυρεί ο Β. Μπαρτζιώτας στο βιβλίο του "Εθνική Αντίσταση και Δεκέμβρης 1944" (σελ. 427) τόσο στη συνεδρίαση της ΚΕ του ΚΚΕ, όσο και στη σύσκεψη που ακολούθησε, συμφωνήθηκε να μην υπογραφεί, σε καμιά περίπτωση, συμφωνία στην οποία δε θα συμπεριλαμβανόταν ο όρος της χορήγησης Γενικής Αμνηστίας. Μάλιστα, αποφασίστηκε να αποχωρήσει η αντιπροσωπεία του ΕΑΜ από τη Διάσκεψη, αν η αντίπαλη πλευρά δε δεχόταν αυτόν τον όρο.

Οι θέσεις του ΕΑΜ για την υπογραφή συμφωνίας, όπως αναλύθηκαν από το Γ. Σιάντο στη Διάσκεψη έχουν ως εξής:

- Σε ό,τι αφορά το στρατιωτικό ζήτημα γινόταν αποδεχτή η διάλυση του ΕΛΑΣ, υπό την προϋπόθεση ότι θα συγκροτούνταν εθνικός στρατός μέσα από τακτική στρατολογία, με κριτήριο την ηλικία και χωρίς τη συμμετοχή δοσίλογων, φασιστικών στοιχείων ή δήθεν εθελοντών. Ο στρατός αυτός θα ήταν πλαισιωμένος από στελέχη που δεν ήταν ένοχα δοσιλογισμού ή φασιστικών αντιλήψεων και με τη συμμετοχή, βεβαίως, των στρατιωτικών στελεχών του ΕΛΑΣ, αλλά και των απλών μαχητών του που πληρούσαν τους ηλικιακούς όρους στράτευσης.

- Αυστηρότατη εκκαθάριση των Σωμάτων Ασφαλείας από τα δοσίλογα και φασιστικά στοιχεία, σύμφωνα με τη δέσμευση του Γ. Παπανδρέου στο λόγο του στο Σύνταγμα στις 18/10/1944.

- Εκκαθάριση του κρατικού μηχανισμού από τους δοσίλογους και σταμάτημα των διώξεων, που άρχισαν με αφορμή τα Δεκεμβριανά, σε βάρος δημοκρατικών - αριστερών δημοσίων υπαλλήλων, με την κατηγορία ότι "ηυνόησαν το κίνημα".

- Χορήγηση Γενικής Αμνηστίας.

- Συγκρότηση αντιπροσωπευτικής κυβέρνησης με τη συμμετοχή εκπροσώπων όλων των παρατάξεων.

- Ταχύτατη διενέργεια εκλογών και δημοψηφίσματος. "Κατά τη γνώμη μας - είπε γι' αυτό το θέμα ο Γ. Σιάντος - η καλύτερη λύση θα ήταν να ορίζονταν από τώρα οι σχετικές ημερομηνίες". (Η ομιλία του Γ. Σιάντου στη Διάσκεψη της Βάρκιζας είναι δημοσιευμένη στο "Ριζοσπάστη" 6/2/1945).

Οπως έχουμε ήδη αναφέρει στο μόνο ζήτημα που δε θα δεχόταν την παραμικρή συζήτηση η ΕΑΜική αντιπροσωπεία ήταν η Γενική Αμνηστία. Κι όμως δέχτηκε.

Μετά την ομιλία του Γ. Σιάντου οι εργασίες της Διάσκεψης διακόπηκαν για δύο μέρες στο διάστημα των οποίων λειτούργησε, όπως δείχνουν τα πράγματα ένα οργιώδες παρασκήνιο, με στόχο να συρθεί η αντιπροσωπεία του ΕΑΜ στη συνθηκολόγηση. Το θέμα που φαίνεται ότι δέσποσε αφορούσε τη Γενική Αμνηστία. Οι Εγγλέζοι και η αντίδραση γνώριζαν από τον Ηλ. Τσιριμώκο, που φρόντισε να τους ξεφουρνίσει τα πάντα, ότι το ζήτημα αυτό μπορούσε να οδηγήσει σε ρήξη. Δεν είχαν, όμως, καμιά διάθεση να υποχωρήσουν και να δεχτούν τη δίκαιη απαίτηση του λαϊκού κινήματος, γιατί επιδίωκαν μια κουτσουρεμένη αμνηστία, που θα τους έλυνε τα χέρια, ώστε, μετά την υπογραφή της συμφωνίας, να βάλουν, με δήθεν νόμιμα μέσα, το ΕΑΜικό κίνημα στο στόχο και να διευκολύνουν τη συντριβή του. Ετσι διάλεξαν το μόνο δρόμο που είχαν πέραν της ρήξης. Κι αυτός ο δρόμος περνούσε μέσα από την αλλαγή της θέσης που εξέφρασε διά στόματος Σιάντου η αντιπροσωπεία του ΕΑΜ.

Στις 4/2 η κυβερνητική αντιπροσωπεία, με επιστολή της προς την αντιπροσωπεία του ΕΑΜ, γνωστοποιούσε στα μέλη της τελευταίας πως η θέση τους για Γενική Αμνηστία "κατόπιν συμφώνου γνώμης της κυβερνήσεως... είναι απολύτως απαράδεκτος".Και το επιθυμητό για την αντίδραση αποτέλεσμα επήλθε. Την επομένη οι ΕΑΜίτες αντιπρόσωποι, με απαντητική επιστολή τους, γνωστοποιούσαν στους συνομιλητές τους ότι "εφόσον η κυβέρνησις εμμένει εις την άποψη της, η αντίστοιχη επιμονή στην ορθή γνώμη μας θα οδηγούσε σε ρήξη που, ανεξάρτητα από την ευθύνη, θα οδηγήσει τον τόπο σε συμφορά. Για τον λόγον αυτόν δεχόμαστε να λυθή το ζήτημα των διώξεων, με βάση την αρχή που έθεσεν η Κυβερνητική Αντιπροσωπεία και με τη θέσπιση εγγυήσεων, ικανών να περιορίσουν τους κινδύνους που σας έχομεν εκθέσει".(Για τις επιστολές αυτές Βλέπε: Εφημερίδα "Ελεύθερη Ελλάδα", 7/2/1945 και Π. Βενάρδου: "Η Συμφωνία της Βάρκιζας", σελίδες 45 - 46). Για το πώς έγινε αυτή η μεταστροφή μια μικρή, ελάχιστη, γεύση έδωσε πολύ αργότερα ο Μ. Παρτσαλίδης: "Είναι αλήθεια - μαρτυρεί ο Παρτσαλίδης - ότι ο Τσιριμώκος ήταν αυτός που περισσότερο ήθελε να υποχωρήσουμε. Και να ζητήσουμε εγγυήσεις, για να περιοριστεί όσο ήταν δυνατόν ο κίνδυνος να επεκταθούν οι διώξεις. Προσωπικά είχα προτείνει στον Σιάντο όχι να διακοπούν οι διαπραγματεύσεις, αλλά να δηλώσουμε ότι πάνω στο θέμα αυτό, επειδή έχουμε δέσμευση από το ΕΑΜ και την ΚΕ του Κόμματος που αντιπροσωπεύαμε, πρέπει να μας δοθεί η δυνατότητα να συζητήσουμε την άρνηση της κυβέρνησης υπεύθυνα και στην ΚΕ του ΕΑΜ και στην ΚΕ του ΚΚΕ στα Τρίκαλα... Τελικά, όμως, ο Σιάντος κατέληξε στο ότι μια καθυστέρηση της υπογραφής της συμφωνίας δεν επρόκειτο να μας ωφελήσει... και συμφωνήσαμε ότι θα έπρεπε να κάνουμε την υποχώρηση, για να μην τρεναριστεί άλλο η υπόθεση. Κακώς βέβαια... ". (Π. Βενάρδου, στο ίδιο, σελίδα 98).

Η αρχή της συνθηκολόγησης είχε γίνει κι αφού οι ΕΑΜίτες αντιπρόσωποι υποχώρησαν σ' αυτό που είχαν θέσει ως αδιαπραγμάτευτη αρχή δεν είχαν πλέον κανένα πρόβλημα να πάρουν την κάτω βόλτα, υπαναχωρώντας και στις υπόλοιπες διεκδικήσεις τους. Ετσι φτάσαμε στην υπογραφή της Συμφωνίας της Βάρκιζας.

Για το ζήτημα της αμνηστίας η συμφωνία προέβλεπε στο άρθρο 3 ότι αμνηστεύονται μόνο "τα πολιτικά αδικήματα τα τελεσθέντα από τις 3 Δεκεμβρίου 1944 μέχρι της υπογραφής του παρόντος. Εξαιρούνται της αμνηστίας τα συναφή κοινά αδικήματα, κατά της ζωής και της περιουσίας, τα οποία δεν ήσαν απαραιτήτως αναγκαία διά την επιτυχία του πολιτικού αδικήματος". Το άρθρο αυτό, με τη διατύπωση που είχε, έδωσε τη δυνατότητα στην αντίδραση να εξαπολύσει άγριο διωγμό εναντίον των αγωνιστών της εθνικής αντίστασης, χαλκεύοντας κατηγορίες για διάπραξη δήθεν κοινών αδικημάτων στην περίοδο της κατοχής.

Για τα άλλα, κύρια, ζητήματα η συμφωνία προέβλεπε:

Αποστράτευση του ΕΛΑΣ και συγκρότηση εθνικού στρατού μέσα από κανονική στρατολογία. Εκκαθάριση του κρατικού μηχανισμού από δοσίλογους και φασιστικά στοιχεία. Διενέργεια δημοψηφίσματος και στη συνέχεια εκλογών μέσα στο 1945. Τέλος, η συμφωνία δεν προέβλεπε συγκρότηση αντιπροσωπευτικής κυβέρνηση, αλλά ούτε και έθιγε το θέμα της παρουσίας των βρετανικών στρατευμάτων στην Ελλάδα (Βλέπε ολόκληρη τη Συμφωνία στα "Επίσημα κείμενα ΚΚΕ", τόμος Ε σελίδες 411 - 416).