Δύο αρχαία ναυάγια εντόπισαν στις θαλάσσιες περιοχές της Σάμου και της Χίου οι αρχαιολόγοι της Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων, που σε συνεργασία με το Ελληνικό Εθνικό Κέντρο Θαλασσίων Ερευνών πραγματοποίησαν έρευνα από τις 31 του Μάρτη μέχρι 6 του Απρίλη 2004.

Η έρευνα πραγματοποιήθηκε με το ωκεανογραφικό σκάφος «ΑΙΓΑΙΟ», εξοπλισμένο με σύγχρονη τεχνολογία (Ηχοβολιστικό Πλευρικής Σάρωσης, Τηλεχειριζόμενο Υποβρύχιο Οχημα και το βαθυσκάφος «ΘΕΤΙΣ») και οργανώθηκε στη βάση της αξιολόγησης πληροφοριών, καθώς και της συνεκτίμησης γεωμορφολογικών, ναυτικών και ιστορικο-αρχαιολογικών παραγόντων. Ερευνήθηκαν τρεις περιοχές στα νότια και ανατολικά της Σάμου, καθώς και τέσσερις περιοχές νότια των Οινουσών, στο στενό Οινουσών - Χίου και στα ανατολικά της Χίου.

Το πρώτο ναυάγιο εντοπίστηκε στην περιοχή της Σάμου σε βάθος από περίπου 30 έως 55 μέτρα. Βρίσκεται σε αμμώδη επικλινή πυθμένα, διασκορπισμένο γύρω από δύο κύριες συγκεντρώσεις. Το φορτίο αποτελείται από ροδιακούς και κώους αμφορείς, ενώ έχουν εντοπιστεί και πινάκια. Σε μια πρώτη αξιολόγηση το φορτίο μπορεί να χρονολογηθεί στους Ελληνιστικούς-Ρωμαϊκούς χρόνους.

Το δεύτερο ναυάγιο εντοπίστηκε στο στενό Χίου και Οινουσών σε βάθος 65μ. Πρόκειται για μια κύρια συγκέντρωση χιακών και σαμιακών αμφορέων. Ανάμεσα στο φορτίο εντοπίστηκαν επίσης αγγεία καθημερινής χρήσης. Το φορτίο μπορεί να χρονολογηθεί αρχικά στο τέλος της Κλασικής περιόδου. Από τα δύο ναυάγια ανελκύστηκαν δείγματα των διαφόρων τύπων των αμφορέων, με σκοπό την περαιτέρω αξιολόγηση και τεκμηρίωσή τους. Η έρευνα διεξήχθη από πλευράς ΕΕΑ από τους αρχαιολόγους Δ. Κουρκουμέλη, Θ. Θεοδούλου και την αρχιτέκτονα Κ. Ταγωνίδου.

Στο πλαίσιο προγράμματος συνεργασίας των δύο φορέων, το οποίο βρίσκεται σε εξέλιξη από το 2000, έχουν ερευνηθεί έως τώρα διάφορες θέσεις στις περιοχές Καλύμνου, Λέρου, Λειψών, Καστελόριζου, Αστυπάλαιας, Νισύρου και Χαλκιδικής, με ιδιαίτερα αξιόλογα αποτελέσματα, αφού εντοπίστηκαν πάνω από 20 αρχαία ναυάγια διαφόρων εποχών.