«Απεφασίσαμεν και διατάσσομεν τα ακόλουθα, ισχύοντα δια ολόκληρον την επικράτειαν: Απαγορεύεται: α) η ανατύπωσις ή η εκτέλεσις της μουσικής και των ασμάτων του κομμουνιστού συνθέτου Μίκη Θεοδωράκη, τέως αρχηγού της νυν διαλυθείσης κομμουνιστικής οργανώσεως "Νεολαία Λαμπράκη", δεδομένου ότι η εν λόγω μουσική εξυπηρετεί τον κομμουνισμόν, β) το άδειν άπαντα τα άσματα τα χρησιμοποιούμενα υπό της κινήσεως της κομμουνιστικής νεολαίας, διαλυθείσης δυνάμει της παραγράφου 8 του διατάγματος της 6ης Μαΐου 1967, δοθέντος ότι τα εν λόγω άσματα υποκινούν πάθη και διενέξεις εις τους κόλπους του πληθυσμού. Οι παραβαίνοντες την ως άνω διαταγήν πολίται θα πρέπει να παραπέμπονται αμέσως ενώπιον στρατοδικείων και θα δικάζωνται συμφώνως προς τας διατάξεις της εκτάκτου νομοθεσίας».

Δύο μήνες μετά την επιβολή της στρατιωτικής δικτατορίας, με ειδική διαταγή του αρχηγού του Γενικού Επιτελείου απαγορεύονται όλες οι ραδιοφωνικές μεταδόσεις των τραγουδιών του Θεοδωράκη, η κυκλοφορία των δίσκων του, κάθε είδους εκτέλεση, ακόμα και ακρόαση.

Με την επιβολή της δικτατορίας ο Μίκης βγαίνει στην παρανομία. Από τα σπίτια όπου κρύβεται, από τις πρώτες ώρες, τις πρώτες μέρες, κάνει αλλεπάλληλες εκκλήσεις στον λαό για αντίσταση: «Λαέ της Αθήνας! Εβγα στους δρόμους»... «Ο ελληνικός λαός τούς έχει καταδικάσει. Το τέλος τους, που δεν θ' αργήσει, θα είναι το τέλος που επιφυλάσσουν οι ελεύθεροι λαοί στους τυράννους τους»... Μαζί δε με άλλους «Λαμπράκηδες» που διέφυγαν τη σύλληψη συγκροτεί το Πατριωτικό Αντιδικτατορικό Μέτωπο (ΠΑΜ).

Τελικά συλλαμβάνεται στις 21 Αυγούστου 1967. Πρώτος σταθμός, το γνωστό από το τραγούδι του, «Σφαγείο», κτίριο της Ασφάλειας στην οδό Μπουμπουλίνας.«Στις 21 Αυγούστου πιάστηκα, στο Χαϊδάρι. Στο τέταρτο πάτωμα στην οδό Μπουμπουλίνας, στο κελί αριθμός 4, περίμενα το μαρτύριο και τον θάνατο. Στις 4 Σεπτέμβρη μου έφεραν χαρτί και μολύβι. Τότε έγραψα τριάντα δύο ποιήματα». Μέρος αυτών των ποιημάτων μελοποιήθηκαν την ίδια περίοδο και ηχογραφήθηκαν στο έργο «Ο Ηλιος και ο Χρόνος».«Δεν είμαι ποιητής, όμως όταν οι στίχοι άρχισαν να σφυροκοπούν το μυαλό μου, ένιωσα πόσο οι λέξεις μπορεί να ντυθούν στο αίμα. Πόσο μπορεί να με λυτρώσουν. Είμαι δημιουργός. Νικώ τον χρόνο και τον θάνατο...».

Μετά από απεργία πείνας που έκανε πιέζοντας για καλύτερες συνθήκες κράτησης, μεταφέρθηκε στις φυλακές Αβέρωφ. Εκεί γράφει «Το Μυθιστόρημα» και τα «Επιφάνεια - Αβέρωφ» σε ποίηση του Γιώργου Σεφέρη. Αναφερόμενος στη δύναμη που δίνει η Τέχνη και στις πιο δύσκολες συνθήκες, σημειώνει για εκείνη την περίοδο: «Γράφουνε τους στίχους. Ερχονται κατά γκρουπ να μάθουν τη μουσική. Διψούν. Γιατί, όπως και γω, γίνονται λεύτεροι! Η Τέχνη, η δική μας η Τέχνη, είναι η υπεροχή μας! Εχουν τα σίδερα. Εχουμε τα τραγούδια! Εχουμε τους στίχους».

Την άνοιξη του 1968 τίθεται σε κατ' οίκον περιορισμό στο σπίτι του στο Βραχάτι. Την περίοδο αυτή συνθέτει τα «Τραγούδια του Ανδρέα», τη «Νύχτα Θανάτου» και τα «Λαϊκά» σε στίχους Μάνου Ελευθερίου, αλλά και την «Κατάσταση Πολιορκίας» σε ποίηση της Ρένας Χατζηδάκη.

Φοβούμενοι τυχόν απόδραση του Μίκη, οι χουντικοί τον εξορίζουν στην απομακρυσμένη Ζάτουνα. Τη φύλαξή του αναλαμβάνει μια διμοιρία χωροφυλάκων. Δεν επιτρέπεται να επικοινωνεί με τον κόσμο, να διατηρεί αλληλογραφία, να διαβάζει βιβλία και περιοδικά. Ομως, και σε αυτές τις συνθήκες δημιουργεί. Εκεί συνέθεσε τις «Αρκαδίες». Οι αστυνομικοί γίνονται το ...κοινό που ακούει για πρώτη φορά αυτές τις μελωδίες του Μίκη.

Παρά τις απαγορεύσεις, με διάφορους τρόπους καταφέρνει να στέλνει μαγνητοταινίες με τα καινούργια έργα του στο εξωτερικό. Εκεί όπου βρίσκονταν η Μαρία Φαραντούρη και ο Αντώνης Καλογιάννης. Με τη λαϊκή ορχήστρα του, υπό τη διεύθυνση του Γιάννη Διδίλη, γυρνάνε την Ευρώπη δίνοντας συναυλίες και κινητοποιώντας τη διεθνή κοινή γνώμη κατά της χούντας και υπέρ της απελευθέρωσης του συνθέτη.

Σε μήνυμά του από τη Ζάτουνα, το οποίο μεταδόθηκε από τον ραδιοφωνικό σταθμό της Μόσχας και σώζεται στο Αρχείο του ΚΚΕ, διαβάζουμε: «Εχοντας εξακοντίσει στα τέσσερα σημεία του ορίζοντος τις απόρθητες στρατιές των ήχων, γνωρίζω ότι είμαι και ο ίδιος απόρθητος. Απόρθητες είναι οι ιδέες και αυτοί που τις υπερασπίζονται ηρωικά...».

Τον Οκτώβρη του 1969 φυλακίζεται στο στρατόπεδο Ωρωπού. Την ίδια περίοδο, καλλιτέχνες από όλο τον κόσμο ζητούν την απελευθέρωσή του, μετά από έκκληση του Σοβιετικού συνθέτη Ντμίτρι Σοστακόβιτς να δημιουργηθεί διεθνής επιτροπή.«Πώς μπορούμε εμείς, οι παράγοντες της Τέχνης, να μένουμε αδιάφοροι για την τύχη του; Πώς μπορούμε να σιωπούμε τη στιγμή που ο γεμάτος ταλέντο και δημιουργική δύναμη συνθέτης, η μουσική και τα τραγούδια του οποίου αντηχούν σ' όλες τις περιοχές του κόσμου, λιώνει σήμερα κρατούμενος; Το χρέος μας το ανθρώπινο, το χρέος μας απέναντι στην Τέχνη, μας καλεί να δράσουμε...».

Το 1970 φυγαδεύτηκε στο εξωτερικό. Εκεί, μαζί με τους Φαραντούρη, Καλογιάννη, Πανδή, Δημητριάδη, Μάνου και άλλους πραγματοποιούν τις μεγάλες συναυλίες - συγκεντρώσεις - διαδηλώσεις, όπως τις χαρακτήριζε ο ίδιος. Για τέσσερα χρόνια γύρισαν όλο τον κόσμο, τραγουδώντας σε χιλιάδες... Οι συναυλίες γίνονται βήμα διαμαρτυρίας και διεκδίκησης και για άλλους λαούς που υποφέρουν από παρόμοια προβλήματα και αγωνίζονται. «Κάναμε κατά μέσο όρο είκοσι συναυλίες επί τέσσερα χρόνια».

Επισκέπτεται τη Σοβιετική Ενωση, όπου παρευρίσκεται προσκεκλημένος της Ενωσης Σοβιετικών Συνθετών. Το Προεδρείο της Κομσομόλ τον βραβεύει με το ανώτατο παράσημο, το οποίο του είχε απονείμει το 1967 για τους αγώνες του και τα τραγούδια του υπέρ της ελευθερίας.

Κορυφαίο έργο της περιόδου είναι το μεγαλειώδες «Κάντο Χενεράλ» σε ποίηση Πάμπλο Νερούδα. Τις πρόβες του έργου είχε παρακολουθήσει ο ίδιος ο ποιητής. Σχεδιαζόταν μάλιστα να γίνει μια μεγάλη συναυλία στο Σαντιάγο, όπου θα παρουσιαζόταν το έργο και θα απήγγελλε ο Νερούδα. Η συναυλία δεν έγινε κατορθωτό να πραγματοποιηθεί, λόγω του πραξικοπήματος του Πινοσέτ.

Στις 24 Ιούλη 1974 επιστρέφει στην Ελλάδα. Ο λαός τού επιφυλάσσει θριαμβευτική υποδοχή στην Αθήνα, με μαζική λαϊκή συγκέντρωση στο αεροδρόμιο του Ελληνικού.

Τον Οκτώβρη του '74 πραγματοποιεί την ιστορική συναυλία στο γήπεδο Καραϊσκάκη. Συμμετέχουν οι Μαρία Φαραντούρη, Αντώνης Καλογιάννης, Γιώργος Νταλάρας, Πέτρος Πανδής, Μανώλης Μητσιάς, καθώς επίσης οι Μάνος Κατράκης, Αλέκος Αλεξανδράκης και Νότης Περγιάλης.

Στην εναρκτήρια ομιλία που εκφωνεί ο Αλέκος Αλεξανδράκης, ο συνθέτης απευθύνεται στο κοινό λέγοντας: «Αγαπητοί μας φίλοι, σας καλωσορίζουμε με χαρά στην πρώτη μας λαϊκή συναυλία. Υστερα από επτά χρόνια, τα απαγορευμένα τραγούδια θα ηχήσουν και πάλι σαν νικητήριοι παιάνες για να δοξάσουν τη δύναμη του αδούλωτου λαού μας. Ποιήματα και τραγούδια αποδείχτηκαν πιο δυνατά από τα τανκς. Τα τανκς σκουριάζουν, τα τραγούδια δυναμώνουν! Οι δικτάτορες και οι βασανιστές περιμένουν τη σειρά τους για να μπουν στη φυλακή της ντροπής. Ο λαός νίκησε, και πάλι θα νικήσει και θα νικά πάντα, έως ότου γίνει τελειωτικά και τελεσίδικα ελεύθερος».