Η λειτουργία της νέας δομής του ΝΑΤΟ αποτελεί την πύλη μέσα από την οποία περνάνε και γίνονται, ακόμα και από την Ελλάδα, αποδεκτές οι τουρκικές διεκδικήσεις. Πάγια επιδίωξη της Τουρκίας, τις δύο τελευταίες δεκαετίες, είναι να αλλάξει το καθεστώς στο Αιγαίο με τελικό σκοπό τη διχοτόμησή του. Εγκαιρα από τις στήλες του «Ρ» είχε επισημανθεί ότι η όλη συζήτηση, στα πλαίσια του ΝΑΤΟ, για τις «λεπτομέρειες» των ρυθμίσεων που αφορούν τη νέα δομή του ΝΑΤΟ και την εφαρμογή της στο Αιγαίο, αποτελεί έναν άτυπο ελληνοτουρκικό διάλογο, με τη διαμεσολάβηση των Αμερικανών, επί των ελληνικών κυριαρχικών δικαιωμάτων. Επίσης, είχαμε επισημάνει ότι οι ρυθμίσεις αυτές, που υποτίθεται ότι αφορούν μόνο την εσωτερική λειτουργία του ΝΑΤΟ, θα είναι ο πρόδρομος του νέου καθεστώτος στο Αιγαίο. Ενός καθεστώτος ελληνοτουρκικής συγκυριαρχίας υπό την επικυριαρχία των Αμερικανών.

Αρκεί να αναφέρουμε μόνο τις ΝΑΤΟικές ασκήσεις που έγιναν από 1999 και μετά εκατέρωθεν του Αιγαίου και οι οποίες πήραν χαρακτήρα γενικής εφαρμογής του νέου καθεστώτος στο Αιγαίο. Στα πλαίσια της «Dynamic Mix», που διεξήχθη στην Ελλάδα υπό τη διοίκηση του ΝΑΤΟικού στρατηγείου της Λάρισας, εξαιρέθηκε το Αιγαίο, ενώ στη διάρκεια της άσκησης «Destined Glory», που έγινε στην Τουρκία υπό τη διοίκηση του στρατηγείου της Σμύρνης, οι Τούρκοι απαγόρευσαν στα ελληνικά μαχητικά, που κατευθύνταν στο χώρο της άσκησης επί τουρκικού εδάφους, να πετάξουν πάνω από τα ελληνικά νησιά, γιατί δήθεν είναι αποστρατιωτικοποιημένα και μάλιστα έφτασαν στο σημείο να επιχειρήσουν την αναχαίτισή τους.

Το Αιγαίο, πλέον, βρίσκεται στα χέρια του ΝΑΤΟ, το στρατηγείο της Νάπολης και ο Αμερικανός διοικητής αυτού αποφασίζει κατά περίπτωση πού θα ανατεθεί η επιχειρησιακή ευθύνη, σε Ελληνα ή Τούρκο διοικητή. Πρέπει να επισημανθεί ότι ακόμα και ο διεθνής εναέριος και θαλάσσιος χώρος του Αιγαίου, περίπου το 50%, είναι περιοχές απ' όπου διέρχονται οι μοναδικοί δίαυλοι επικοινωνίας των ελληνικών νησιών με την ηπειρωτική Ελλάδα. Ομως, ο νεοταξικός μεγαλοϊδεατισμός της κυβέρνησης, δηλαδή η διεκδίκηση αυξημένου ρόλου στα πλαίσια της «νέας τάξης πραγμάτων» βάζει «ταφόπλακα» σε κάθε έννοια κυριαρχικών δικαιωμάτων, αλλά και εθνικής άμυνας και τη θέση της παίρνει το ιμπεριαλιστικό δόγμα περί ασφάλειας και σταθερότητας στην ευρύτερη περιοχή.