Μ' αυτές τις κατηγορίες συνελήφθη από τον Ιταλό και Γερμανό κατακτητή και διώχτηκε από τους Ελληνες συνεργάτες τους, με την επιπλέον κατηγορία ότι «στέλνει μαθητές του στο αντάρτικο». Τον Αύγουστο του 1944, οι τοπικοί ιθύνοντες της κυβέρνησης Ράλλη τού ζήτησαν, με ομιλία του στην κεντρική πλατεία των Ιωαννίνων να καταδικάσει την ΕΑΜική Αντίσταση. Αρνήθηκε. Από το Δεκέμβρη του 1944 «πλήρωσε» ακριβά αυτή την άρνησή του. Θύμα των μεταδεκεμβριανών εμφυλιακών διώξεων σε βάρος των αγωνιστών της Εθνικής Αντίστασης και των προοδευτικών διανοουμένων και εκπαιδευτικών, όπως και άλλοι Ηπειρώτες εκπαιδευτικοί και διανοούμενοι ήταν και ο Χρ. Σούλης. Το 1945 τέθηκε σε διαθεσιμότητα και εξαναγκάστηκε σε φυγή. Με υποτροφία του Γαλλικού Κράτους, κατάφερε να πάει στο Παρίσι. Το 1946 πραγματοποιήθηκε στο Παρίσι το Συνέδριο Ειρήνης. Σε συνεννόηση με την ελληνική πρεσβεία, ο Χρ. Σούλης θα μιλούσε στο Συνέδριο για το πρόβλημα της Ηπείρου. Η ομιλία του... ματαιώθηκε. Εφυγε για την Αμερική, όπου σπούδαζε ένας γιος του. Στις ΗΠΑ, προσπάθησε να πείσει τον αρχιεπίσκοπο Αθηναγόρα να δημιουργηθεί Ελληνικό Γυμνάσιο. Δεν εισακούστηκε. Επέστρεψε στην Ελλάδα. Αντί να αποκατασταθεί για τις προσπάθειές του για την επίλυση του προβλήματος της Ηπείρου και τη μόρφωση των Ελληνοπαίδων στις ΗΠΑ, το 1947 απολύθηκε από την εκπαίδευση με την κατηγορία ότι ήταν «εθνοπροδότης, αρχηγός των κομμουνιστών εκπαιδευτικών εν Ηπείρω, διακεκριμένο στέλεχος του ΚΚΕ, που απεργάζεται εις το εξωτερικόν την υπονόμευσιν της Ελλάδος».