Η υπολογιστική τομογραφία επέτρεψε να ληφθούν όψεις του εσωτερικού του Μηχανισμού των Αντικυθήρων. Οι εικόνες αντιστοιχούν στην όψη που θα είχαν φέτες σε διαφορετικό βάθος και επιτρέπουν τη μέτρηση των δοντιών των γραναζιών και του τρόπου που αυτά μετέδιδαν την κίνηση το ένα στο άλλο. Ο αριθμός των δοντιών είναι κρίσιμος για τον προσδιορισμό του υπολογισμού στον οποίο συμμετείχαν τα γρανάζια. Η ερευνητική ομάδα συνθέτοντας τις εικόνες μπόρεσε να ανακατασκευάσει το μηχανισμό (μοντέλο πάνω δεξιά).

Οι επιστήμονες έχουν επανειλημμένα προσπαθήσει να αποκρυπτογραφήσουν τα υπολείμματα του πολύπλοκου μπρούντζινου μηχανισμού, που αρχικά κανείς δεν πίστευε ότι μπορούσε να είχε κατασκευαστεί στην κλασική αρχαιότητα. Από το 2005 και μέχρι σήμερα διεξάγεται μια νέα προσπάθεια με τα σύγχρονα μέσα που προσφέρει η επιστήμη, οδηγώντας στην πλήρη ανακατασκευή της συσκευής. Οπως διαπιστώθηκε, ήταν ένας αναλογικός υπολογιστής αστρονομικών φαινομένων που μπορούσε να προβλέψει όχι μόνο τη θέση και τη φάση της Σελήνης στο ζωδιακό κύκλο, αλλά και τις εκλείψεις Σελήνης και Ηλίου, ενδεχομένως και τις θέσεις των πλανητών (η ασάφεια οφείλεται στο ότι τμήματα του μηχανισμού είτε συνεχίζουν να βρίσκονται στο βυθό της θάλασσας, είτε έχουν εντελώς διαβρωθεί και χαθεί για πάντα).

Πολλοί συνεχίζουν να αναρωτιούνται γιατί η γνώση και η τεχνική που αντιπροσωπεύει αυτή η θαυμαστή συσκευή χάθηκαν για αιώνες και δεν αξιοποιήθηκαν από τους κατακτητές της αρχαίας Ελλάδας, Ρωμαίους ή άλλους λαούς. Ο Μηχανισμός των Αντικυθήρων είναι μια χτυπητή απόδειξη για το πόσο δεμένη είναι η ιστορία, η εξέλιξη και οι εφαρμογές της επιστημονικής προόδου, με την ιστορία της ανάπτυξης των παραγωγικών δυνάμεων στον ανθρώπινο πολιτισμό. Η χρήση των γραναζιών για την κατασκευή μηχανών, που θα χρησιμοποιούνταν στην παραγωγή, ήταν εντελώς έξω από την οπτική του δουλοκτητικού συστήματος της εποχής του Ιππάρχου και του Ποσειδώνιου. Οι δούλοι ήταν η προφανής λύση στο πρόβλημα της εργασίας, που άλλωστε θεωρούνταν υποτιμητική δραστηριότητα. Επιτεύγματα σαν το Μηχανισμό των Αντικυθήρων ήταν κυρίως σύμβολα κύρους και δύναμης των πλουσιότερων από τους δουλοκτήτες και αντικείμενα ενασχόλησης των φιλοσόφων που, σε μια εποχή με πολύ λιγότερο συσσωρευμένο πλούτο από τη σημερινή, μπορούσαν να φιλοσοφούν και να μελετούν την κίνηση των πλανητών ακριβώς χάρη στην ύπαρξη των δούλων.

Παρότι η τεχνική της κατασκευής πολύπλοκων μηχανισμών με γρανάζια δε χάθηκε κατά τη διάρκεια του Μεσαίωνα, όπως αποδεικνύουν ανάλογες, αλλά σημαντικά πιο απλές συσκευές της Βυζαντινής περιόδου και της περιόδου ακμής του Αραβικού χαλιφάτου, που διασώθηκαν, την περίοδο αυτή η λύση στο πρόβλημα της παραγωγής ήταν και πάλι απλή: οι δουλοπάροικοι. Μόνο το 14ο αιώνα, όταν άρχισαν να αναπτύσσονται μέσα στους κόλπους του φεουδαρχικού συστήματος στρώματα σαν τις συντεχνίες, όταν η μέτρηση του χρόνου άρχισε να γίνεται πιο σημαντική για την παραγωγή, η τεχνική που μετέφεραν στη Δύση οι εκδιωγμένοι από τους Μογγόλους Αραβες, ενδεχομένως και οι εκδιωγμένοι από τους Τούρκους Βυζαντινοί, βρήκε εύφορο έδαφος. Τότε, μέσα σε σχετικά μικρό χρονικό διάστημα, η τεχνική κατασκευής μηχανισμών με γρανάζια οδήγησε στην τεράστια ανάπτυξη της ωρολογοποιίας, στη συνέχεια στη χρήση των γραναζιών για την κατασκευή μηχανών που χρησιμοποιούνται άμεσα στην παραγωγή και τελικά, με τη νίκη της αστικής τάξης, στη βιομηχανική επανάσταση.