Σημαντικό μερίδιο στις επικίνδυνες διευθετήσεις για το Αιγαίο, έχει και η κυβέρνηση της ΝΔ (2004-2009), η οποία, όπως αποκαλύφθηκε από τα αρχεία του αμερικανικού υπουργείου Εξωτερικών, που διέρρευσαν στον ιστότοπο Wikileaks, το 2009 είχε συμφωνήσει τόσο στην «επιλεκτική επέκταση» δηλαδή συρρίκνωση, των ελληνικών χωρικών υδάτων, όσο και σε ένα «κώδικα συμπεριφοράς» των ελληνικών μαχητικών αεροσκαφών, δηλαδή στη μη εμπλοκή τους σε αναχαιτίσεις των τουρκικών μαχητικών που μπαίνουν παράνομα στο ελληνικό FIR και παραβιάζουν τον ελληνικό εναέριο χώρο.

Οι αναφορές στα εν λόγω αμερικανικά αρχεία αφορούν σε δύο κρίσιμα ζητήματα κυριαρχίας της χώρας και άσκησης των δικαιωμάτων που απορρέουν από τους κανόνες του Διεθνούς Δικαίου, για τα οποία φαίνεται πως η ελληνοτουρκική διαπραγμάτευση, στο πλαίσιο των λεγόμενων «διερευνητικών επαφών», έχει φθάσει σε «συμφωνία», άκρως δυσμενή για τα ελληνικά συμφέροντα και για το δικαίωμα της χώρας στην άμυνα. Οι διερευνητικές επαφές ξεκίνησαν το 2002 και συνεχίζονται μέχρι σήμερα (52ος γύρος), κατά σειρά, από τις κυβερνήσεις Κ. Σημίτη, Κ. Καραμανλή και Γ. Παπανδρέου.

• Το ένα ζήτημα αφορά στα ελληνικά χωρικά ύδατα. Μέσα από τα αμερικανικά διπλωματικά κείμενα, γίνεται σαφές πως έχουν καταλήξει σε συμφωνία για επιλεκτική «επέκτασή» τους - σε ανώδυνες για την Τουρκία περιοχές - πέρα από τα 6 ν. μίλια, πολύ κάτω από τα 12 ν. μίλια, που δικαιούται η χώρα με βάση τη Σύμβαση του ΟΗΕ του 1982 για το Δίκαιο της Θάλασσας. Σ' ένα τέτοιο πλαίσιο συμφωνίας, η Αγκυρα φέρεται να έχει ήδη από το Σεπτέμβρη του 2009 συμφωνήσει με την κυβέρνηση της ΝΔ. Η κυβέρνηση του ΠΑΣΟΚ ακολούθως άρχισε να ανοίγει τη βεντάλια των διευθετήσεων. Τα παραπάνω, σε συνδυασμό με την αποκάλυψη που περιέχεται σε αμερικανικό τηλεγράφημα από την Αγκυρα, ότι ο Τούρκος υπουργός Εξωτερικών, Α. Νταβούτογλου, είπε στον Αμερικανό πρέσβη πως «η κυριαρχία αυτών των "βράχων" (σ.σ. Αγαθονήσι και Φαρμακονήσι) ήταν υπό αμφισβήτηση, όπως τα Ιμια», κάνουν φανερό το βάθος των τουρκικών διεκδικήσεων και το επικίνδυνο των διευθετήσεων.
• Το άλλο θέμα αφορά στην αποκάλυψη, μέσα από τα ίδια αμερικανικά κείμενα, της ύπαρξης μιας ελληνοτουρκικής άτυπης συμφωνίας, υπό αμερικανοΝΑΤΟική εποπτεία, για τους κανόνες άσκησης κυριαρχίας στο Αιγαίο. Ενός «κώδικα συμπεριφοράς», όπως αναφέρεται, στις πτήσεις των μαχητικών αεροσκαφών, πράγμα που αποτελεί τη βάση της «αποστρατιωτικοποίησης» των ελληνικών νησιών, όπως πάγια επιδιώκει η τουρκική πλευρά, αλλά και γενικότερα της εγκατάλειψης του δικαιώματος άμυνας της χώρας, με βάση το ρόλο και τη στρατηγική σημασία του θαλάσσιου χώρου που βρίσκεται ανάμεσα στην ηπειρωτική Ελλάδα και τα νησιά του Αν. Αιγαίου. Αρκεί μόνο να επισημάνουμε ότι με την εφαρμογή της αρχής της αμοιβαιότητας, τα ελληνικά μαχητικά δε θα πετάνε σε τμήμα της ελληνικής επικράτειας, ζωτικής σημασίας για τη συνολική άμυνα της χώρας, με αντάλλαγμα να μην πετάνε και τα τουρκικά μαχητικά πάνω από το Αιγαίο και τα ελληνικά νησιά!

Ηρθε και η επιβεβαίωση, στις 12 Ιούνη 2009, όταν η Χίλαρι Κλίντον με εμπιστευτικό τηλεγράφημα ζητά από την ελληνική κυβέρνηση να μην τηρείται «αμυντική στάση», η οποία «μπορεί να εκληφθεί ως προκλητική και να αυξήσει την πιθανότητα ατυχήματος», ενώ ο Αμερικανός πρέσβης στην Αθήνα Ντ. Σπέκχαρντ, στις 17 Ιούλη 2009, όταν απευθύνεται στον M. Μπράιζα, υφυπουργό Εξωτερικών των ΗΠΑ, προτείνει μια σειρά Μέτρων Οικοδόμησης Εμπιστοσύνης (ΜΟΕ), όπως ο μη χαρακτηρισμός των τουρκικών μαχητικών ως «εχθρικών» και να αποφεύγουν τα ελληνικά μαχητικά πτήσεις στα «αποστρατιωτικοποιημένα» ελληνικά νησιά!!!

Τα μέτρα αυτά σε μεγάλο βαθμό, ήδη, έχουν μπει σε διαδικασία εφαρμογής. Χαρακτηριστικότερο όλων είναι ότι από τότε και στο εξής, τα ελληνικά μαχητικά, που σπεύδουν να αναγνωρίσουν τα τουρκικά που παραβιάζουν τον ελληνικό εναέριο χώρο, δεν επιμένουν στην αναχαίτισή τους και πλέον δε γίνονται εμπλοκές και εικονικές αερομαχίες.

Αυτό καταγράφεται και στην καθημερινή ενημέρωση του ΓΕΕΘΑ προς τους δημοσιογράφους. Η καταγραφή μηδενικών «εμπλοκών», τα τελευταία σχεδόν δύο χρόνια στο Αιγαίο, παραπέμπει ευθέως στην ύπαρξη άτυπων διμερών συμφωνιών, καθώς δεν μπορεί να αποδοθεί στη μείωση των παράνομων εισόδων στο Αιγαίο τουρκικών μαχητικών, τα οποία πλέον μπαίνουν στο Αιγαίο και φεύγουν μόνα τους μόλις ολοκληρώσουν την αποστολή τους.