Γεννήθηκε το 1929 στην Καλαμάτα και μεγάλωσε στην Αθήνα, στην Καλλιθέα. Τα παιδικά της χρόνια σημαδεύονται από τις μάχες του Δεκέμβρη του '44.
Στα τέλη της δεκαετίας του '50 φεύγει από την Ελλάδα για τις ΗΠΑ. Εκεί στο Μανχάταν, ξεκινάει την «περιπέτεια» της συγγραφής. Γράφει την άνοιξη του 1960 το πρώτο της μυθιστόρημα «Επιπλωμένα Δωμάτια», που κυκλοφόρησε το 1962 και την επόμενη χρονιά της απονεμήθηκε γι' αυτό το Β' Κρατικό Βραβείο Μυθιστορήματος.
Στα χρόνια της χούντας η Ι. Καρατζαφέρη συμβάλλει ενεργά στον αντιδικτατορικό αγώνα, ως επιφυλλιδογράφος στον «Ελληνικό Ταχυδρόμο» στο Μόντρεαλ και ως μαχητικό μέλος των Αντιδικτατορικών Επιτροπών Αμερικής και Καναδά. Για τη δράση της μπήκε στο στόχαστρο και της χούντας και του FBI. Απολύθηκε από την «Ολυμπιακή», ενώ οι παρακολουθήσεις της ήταν καθημερινό γεγονός.
Αυτές τις περιπέτειες τις έχει περιγράψει στο βιβλίο «Ο τόπος μου είναι παντού» (εκδόθηκε το 2011), που μιλά για τη ζωή της από το 1960 μέχρι το τέλος του 20ού αιώνα.
Το 1971 εγκαταστάθηκε στη Σουηδία, όπου έγινε δεκτή στην Πανεπιστημιακή Σχολή Φιλολογίας, Θεατρολογίας και Κινηματογράφου. Το 1974 επέστρεψε στην Ελλάδα και συνέχισε το δημιουργικό της έργο, μοιράζοντας για πολλά χρόνια τη ζωή της μεταξύ Αθήνας και Νέας Υόρκης.
Επέλεξε με εντιμότητα, θάρρος και συνέπεια τον δρόμο του αγώνα. Πάντα στο πλευρό του ΚΚΕ και του «Ριζοσπάστη», όπου αρθρογραφούσε τακτικά. Κείμενα και σημειώματα από τα τέλη της δεκαετίας του '90, καθώς και πλήθος εύστοχων χρονογραφημάτων στη στήλη «Διακριτικά» της εφημερίδας υπογράφονταν από την Ιωάννα Καρατζαφέρη σε όλη τη δεκαετία του 2000 και πιο αραιά τα επόμενα χρόνια. Σκηνές από τη ζωή και τις εμπειρίες της, από την καθημερινότητα στις ΗΠΑ, στη Σουηδία, από τα παιδικά της χρόνια στην Ελλάδα, γίνονταν αφορμή για να «δέσει» αρμονικά τα κείμενά της με τον σύγχρονο προβληματισμό σε κάθε εποχή που έγραφε. Η παιδική θνησιμότητα και παιδική εργασία, τα δικαιώματα των μεταναστών, η Κοινωνική Ασφάλιση, η εκμετάλλευση της γης, η Παιδεία, οι διάφορες μορφές της Τέχνης και διάφορες εμπειρίες της καθημερινότητας, έδιναν αφορμή να κάνει το σχόλιό της, να δώσει χρήσιμες πληροφορίες, να δώσει τροφή για σκέψη και αναζήτηση, θέτοντας με απλό τρόπο καίρια ερωτήματα, πρώτα - πρώτα στον εαυτό της και στη συνέχεια στον αναγνώστη...
Εχει συγγράψει δεκάδες μυθιστορήματα και διηγήματα, έχει μεταφράσει πολλά βιβλία και κείμενα ξένων συγγραφέων, ενώ ήταν μέλος της Εταιρείας Ελλήνων Λογοτεχνών και είχε λάβει το βραβείο «Λουντέμης».
Ως συγγραφέας η Ιωάννα Καρατζαφέρη πάνω απ' όλα ανέδειξε γυναικεία θέματα σε μια εποχή που το γυναικείο ζήτημα δεν συζητιόταν πλατιά. Σε όλα της τα βιβλία οι πρωταγωνιστές είναι γυναίκες, που παλεύουν με μύριες δυσκολίες να ανοίξουν έναν δρόμο για να ανασάνουν κι η συγγραφέας τούς δείχνει πως αυτό το «απλό» που καταφέρνουν κάθε μέρα είναι ένας πραγματικά αξιοθαύμαστος άθλος, τους δείχνει πως έχουν τη δύναμη να ανοίξουν δρόμους μέσα από τη συμμετοχή στους αγώνες, κάτι για το οποίο όμως ζωντανό παράδειγμα είναι η ίδια.
Την ίδια στιγμή που αφηγείται ιστορίες απλών ανθρώπων, που επηρεάζονται από τις σχέσεις του άμεσου περιβάλλοντός τους, όπως είναι φυσικό η Ιωάννα Καρατζαφέρη μάς δείχνει και τη μεγάλη εικόνα των ουσιωδών ζητημάτων της εποχής που έγραφε το κάθε βιβλίο της.
Στο έργο της, βαθιά μέσα σε «καθημερινούς» φόβους και ανησυχίες, «μικρά» όνειρα ή «συνηθισμένες» απογοητεύσεις, υπάρχει η αθέατη ρίζα μιας κραυγής για μια καλύτερη ζωή, για την εξανθρώπιση του ανθρώπου.
Στις αρχές Νοέμβρη του 2022, το Τμήμα Πολιτισμού της ΚΕ του ΚΚΕ την τίμησε εν ζωή, παρουσία του ΓΓ της ΚΕ του ΚΚΕ, Δημήτρη Κουτσούμπα, με μια εκδήλωση με τίτλο «Μια γενναία γυναίκα στις λεωφόρους του κόσμου», που ανέδειξε τα χαρακτηριστικά του συγγραφικού της έργου, φωτίζοντας ότι χρησιμοποίησε την πένα της ως όπλο στην ιδεολογική και πολιτική πάλη στο πέρασμα των χρόνων, σε συνδυασμό με την ευαίσθητη συνείδησή της και την πλούσια κοινωνική και πολιτική της δράση.
Συνεχείς και αλλεπάλληλες ήταν οι δηλώσεις στήριξής της στο ΚΚΕ σε όλες τις εκλογικές αναμετρήσεις, όπως αυτή του Γενάρη του 2015 που σημείωνε: «Εκλογές και Μνήμη. Επειδή ακριβώς στη μνήμη του Λαού δεν σβήνονται οι αγώνες του ΚΚΕ των 96 χρόνων, αλλά αντίθετα ενδυναμώνονται περισσότερο, όταν καλείται να επιλέξει ανάμεσα σε κόμματα με διαφοροποιημένα ονόματα και εναλλασσόμενα πρόσωπα με φούσκες υποσχέσεις που όσο διογκώνονται τόσο το σκάσιμό τους θα είναι πιο δυνατό, ξέρει πως η δική του ψήφος είναι αυτή που θα κάνει το ΚΚΕ ισχυρό για τη δική του πρόοδο απαλλαγμένη από εκμετάλλευση».
Ενώ για τα 100 χρόνια του Κόμματος το 2017 και 2018 είχε γράψει: «Οι δεκάδες των χρόνων της ζωής μου δεν είναι παρά ένας αριθμός του συνόλου από τις παράλληλες της εκατονταετίας του Κομμουνιστικού Κόμματος Ελλάδας. Οι μνήμες επανέρχονται τις γεμίζουν και τις συγκινούν»... Και: «Αν είμαι ευτυχισμένη που είμαι τόσο μεγάλη τώρα, είναι γιατί θα ζήσω αυτή τη μέρα, τα 100 χρόνια του ΚΚΕ μας. Είμαι πολύ ευτυχισμένη και εύχομαι αυτά τα 100 χρόνια να προσθέσουν πολλά μηδενικά».