Παράλληλα με το ξελάσπωμα των υλικών, από τα πρώτα ζητήματα για τα οποία υπήρξε φροντίδα αμέσως μετά την πλημμύρα του 1994, που χτύπησε την έδρα της ΚΕ και το Αρχείο του ΚΚΕ, ήταν η εξασφάλιση του περιεχομένου των εγγράφων σε μεγάλο βάθος χρόνου και η δυνατότητα ουσιαστικής αξιοποίησής του, τόσο από το ίδιο το Κόμμα, όσο και από ιστορικούς ερευνητές. Η απόφαση του ΚΚΕ να διαφυλάξει την ιστορική μνήμη και τα διδάγματα των λαϊκών αγώνων και της πάλης για μια σοσιαλιστική Ελλάδα, που αποτυπώνονται στο Αρχείο του, ήταν ολόπλευρη και ενδελεχής. Δεν ανέβαλε για αργότερα το ζήτημα της αξιοποίησης του υλικού, όταν θα είχε καθαριστεί από τις λάσπες και θα είχε εξασφαλιστεί από τη φυσική φθορά μέσω των διαδικασιών συντήρησης και αποκατάστασης. Αποφάσισε να δώσει εξαρχής απάντηση και σ' αυτό το πρόβλημα και η απάντηση μπορούσε να είναι μόνο μία: ψηφιοποίηση, ηλεκτρονική καταγραφή και ταξινόμηση του υλικού.

Οσο πετυχημένη και να είναι η συντήρηση του χαρτιού, δεν μπορεί να εξασφαλίσει ότι το χάρτινο έγγραφο θα υπάρχει για πάντα σε αναγνώσιμη μορφή. Επιπλέον, αν στο πλαίσιο αξιοποίησης του υλικού για ιστορική έρευνα χρησιμοποιούνταν τα συντηρημένα πρωτότυπα, τα έγγραφα θα υποβάλλονταν σε επιπλέον φθορά, θα μολύνονταν από βιολογικούς και χημικούς παράγοντες του περιβάλλοντος, θα ήταν εκτεθειμένα σε κατά λάθος ζημιές και τον κίνδυνο φυσικής απώλειας των εγγράφων. Η ιστορική μελέτη έπρεπε να γίνεται με ηλεκτρονικά αντίγραφα των εγγράφων, τα οποία, στην ψηφιακή τους μορφή, μπορούν να διατηρηθούν στο διηνεκές απαράλλαχτα και να παράγουν χάρτινα αντίγραφα χωρίς να υποβάλλεται το πρωτότυπο υλικό σε επαναλαμβανόμενη καταπόνηση λόγω φωτοτύπησης.

Ετσι κι αλλιώς, ο όγκος του Αρχείου του ΚΚΕ είναι τέτοιος που δεν είναι εύκολη η πλοήγηση σε αυτό με συμβατικό τρόπο. Η ταχύτητα στην αναζήτηση και την προσκόμιση του εγγράφου που προσφέρει ένα ψηφιακό σύστημα δεν μπορεί να συγκριθεί με το καλύτερο σύστημα συμβατικής αρχειοθέτησης, ενώ δίνει επιπλέον δυνατότητες στην αναζήτηση και ταξινόμηση του υλικού.

Επρεπε να δημιουργηθεί ένα σύστημα Πληροφορικής, που θα γινόταν κρίκος στην αλυσίδα αποκατάστασης και διαχείρισης του Αρχείου. Το σύστημα έπρεπε να επιτρέπει την ψηφιοποίηση των ηλεκτρονικών εγγράφων σε απόλυτη αντιστοιχία με τα φυσικά έγγραφα, έτσι ώστε οποιαδήποτε στιγμή να μπορεί να βρεθεί το πρωτότυπο αν χρειαστεί, την ταξινόμηση με βάση όλες τις διαθέσιμες πληροφορίες και την αρχειοθέτηση των υλικών με έναν μοναδικό κωδικό γρήγορης αναφοράς στο καθένα, την εύκολη αναζήτηση και τη γρήγορη ανάκτησή τους.

Το 1994 δεν ήταν 2014. Οι προσωπικοί υπολογιστές είχαν ακόμα μικροεπεξεργαστή «386» (μαθαίνουν γι' αυτούς τα παιδιά στο σχολείο, στο πλαίσιο της ιστορίας των υπολογιστών) και οι σκληροί δίσκοι δεν είχαν χωρητικότητα τεραμπάιτ, όπως έχουν σήμερα, αλλά ελάχιστων γιγαμπάιτ (χιλιοστά του τεραμπάιτ). Επρεπε να βρεθούν λύσεις για τεχνικά ζητήματα, όπως η αποθήκευση των υλικών με οικονομικό τρόπο, να γίνουν επιλογές για το πρότυπο αποθήκευσης των εικόνων (format), τις τεχνικές αναζήτησης μέσα στο υλικό. Η διεθνής εμπειρία που υπήρχε ήταν πολύ μικρότερη από τη σημερινή και η πρόσβαση σε αυτήν, δύσκολη καθώς το διαδίκτυο βρισκόταν στα σπάργανα. Παράλληλα, έπρεπε να εκπαιδευτεί το προσωπικό στο χειρισμό των συστημάτων και στην καλή αξιοποίησή τους.

Η πλημμύρα δημιούργησε επιπλέον πρόβλημα ανακατεύοντας τις σελίδες των εγγράφων, περιπλοκή που επιτάθηκε αναπόφευκτα κατά τη διαδικασία διάσωσης και καθαρισμού του Αρχείου τις πρώτες μέρες, από χιλιάδες μέλη και φίλους του ΚΚΕ και της ΚΝΕ, που προσφέρθηκαν να βοηθήσουν. Σε ορισμένες περιπτώσεις κάποιες σελίδες βρέθηκαν τελικά σε πακέτα που έρχονται για επεξεργασία πολύ αργότερα από τον κύριο όγκο των σελίδων του εγγράφου. Υπάρχει, επιπλέον, το πρόβλημα των πολλαπλών αντιγράφων, που φυσικά δεν έχει νόημα να καταχωρηθούν δεύτερη φορά, αλλά καθυστερούν και περιπλέκουν τη δουλειά της αρχειοθέτησης.

Το Φλεβάρη του 1997, ο χώρος και τα συστήματα είχαν προετοιμαστεί, οι δοκιμές είχαν γίνει και άρχισε η καταχώριση των εγγράφων. Στην πορεία αποκτήθηκε πολλή εμπειρία, που βοήθησε στην καλύτερη προτυποποίηση της διαδικασίας και στην επέκταση και βελτίωση της υποστήριξης από το σύστημα Μηχανογράφησης του Αρχείου του ΚΚΕ. Η υπόθεση της αρχειοθέτησης του Αρχείου είναι συλλογική δουλειά, απαιτεί και αποδίδει περισσότερο όσο συσσωρεύεται η γνώση του περιεχομένου του Αρχείου, όσο κάθε αρχειοθέτης γίνεται πιο ικανός να μεταφέρει καλύτερα την εμπειρία του στον άλλο, για το πώς είναι καλύτερα να καταχωρηθεί το υλικό, πώς είναι καλύτερα να αναζητηθεί όταν έρθει η ώρα να χρησιμοποιηθεί.

Ολα αυτά και κυρίως η εικοσάχρονη έως σήμερα δέσμευση του ΚΚΕ για τη διάσωση και αξιοποίηση του Αρχείου του, έπρεπε να γίνουν σχεδόν στο σύνολό τους με ίδια χρηματοδότηση, με πόρους που εξασφάλιζε από τη λαϊκή οικονομική ενίσχυση. Αν δεν είχε μεσολαβήσει η καπιταλιστική κρίση, τώρα θα είχε ήδη κατασκευαστεί το νέο κτίριο για τη στέγαση του Αρχείου του ΚΚΕ. Το ΚΚΕ δεν εγκαταλείπει την προσπάθεια κατασκευής του ειδικού κτιρίου για το Αρχείο του, όταν το επιτρέψουν οι συνθήκες, κτιρίου που θα προσφέρει μεγαλύτερες τεχνικές δυνατότητες και ακόμα καλύτερες συνθήκες συντήρησης και αξιοποίησής του.

Στα χρόνια που πέρασαν, η Μηχανογράφηση του Αρχείου του ΚΚΕ πραγματοποίησε την κατασκευή του συστήματος πληροφορικής του Επιμορφωτικού Κέντρου «Χαρίλαος Φλωράκης», φροντίζει τη συντήρησή του και το τροφοδοτεί συνεχώς με το νέο υλικό που αρχειοθετείται, ώστε να μπορεί να αξιοποιηθεί από τους ιστορικούς ερευνητές και κάθε ενδιαφερόμενο. Τα υλικά του Αρχείου έχουν χρησιμοποιηθεί ήδη τόσο από το ίδιο το Κόμμα στη συγγραφή των Δοκιμίων Ιστορίας του ΚΚΕ και άλλες μελέτες, όσο και από ιστορικούς ερευνητές, φοιτητές, ανθρώπους που ψάχνουν απαντήσεις στην Ιστορία του τόπου μας, ή προσπαθούν να μάθουν λεπτομέρειες για την αγωνιστική διαδρομή δικών τους ανθρώπων.

Η συντήρηση, αποκατάσταση και αρχειοθέτηση του Αρχείου του ΚΚΕ είναι ένα έργο σε εξέλιξη. Σημαντικό μέρος του υλικού έχει ήδη αρχειοθετηθεί, αλλά απομένει ακόμα αρκετό σε διάφορα στάδια επεξεργασίας. Η αρχειοθέτηση είναι το τελευταίο στάδιο πριν την τοποθέτηση των πρωτότυπων υλικών στον ειδικά διαμορφωμένο κλιματιζόμενο χώρο αποθήκευσης και έχει ακόμα να διανύσει πολύ δρόμο. Αλλωστε, το Αρχείο του ΚΚΕ δεν είναι κάτι νεκρό, απολιθωμένο. Είναι ζωντανό, συμπληρώνεται με το αποτύπωμα που αφήνουν οι νέοι αγώνες του ΚΚΕ και του λαϊκού κινήματος, τα νέα πάθη της εργατικής τάξης και των λαϊκών στρωμάτων, η πάλη για την απαλλαγή από τον καπιταλισμό και τα δεινά που φέρνει, για την οικοδόμηση της νέας κοινωνίας χωρίς εκμετάλλευση.