Μια ξεχωριστή πλευρά της Ιστορίας του Δημοκρατικού Στρατού Ελλάδας είναι αυτή που αναφέρεται στη δράση του στα νησιά. Εκεί όπου οι δυσκολίες πολλαπλασιάζονταν από τη στενότητα των χώρων που αναγκαστικά περιόριζαν τις δυνατότητες ελιγμών, εκεί όπου η θάλασσα καθόριζε και τα όρια ανεφοδιασμού, αλλά και τις δυνατότητες ενίσχυσης και ανανέωσης των δυνάμεων. Περιορισμοί που αν στην περίπτωση της Πελοποννήσου οδήγησαν στην εξόντωση ολόκληρης της 3ης Μεραρχίας, στα νησιά προδιέγραφαν τη δράση των μαχητών του ΔΣΕ ως τα όρια των αποστολών αυτοκτονίας. Κι όμως, σ' αυτά τα στενά όρια σε μια σειρά από νησιά αναπτύχθηκε μια πλούσια δράση που προκάλεσε ουκ ολίγα προβλήματα στην αστική τάξη και τα στρατιωτικά επιτελεία της. Δεν είναι τυχαίο ότι για την αντιμετώπιση του ΔΣΕ στη Σάμο κατέβηκε στο νησί ο ίδιος ο Αμερικανός στρατηγός Βαν Φλιτ, ούτε ότι στην Κρήτη ο πρώτος ρόλος για την αντιμετώπιση του επαναστατικού κινήματος δόθηκε στις ομάδες των φιλελεύθερων βενιζελικών. Σ' αυτήν τη δράση αναφέρεται το σημερινό μας αφιέρωμα με σταχυολόγηση χαρακτηριστικών στιγμών.

Η αντάρτικη δραστηριότητα στην Κρήτη άρχισε στα τέλη του Απρίλη του 1947, όταν στον Ταυρωνίτη των Χανίων αντάρτικες ομάδες χτύπησαν σε ενέδρα τμήμα 35 χωροφυλάκων και στρατιωτών και το διέλυσαν. Την ίδια εποχή, έκανε την εμφάνισή της στην Ανατολική Κρήτη η αντάρτικη ομάδα του Γιάννη Ποδιά, παλιού καπετάνιου του ΕΛΑΣ, που μαζί με τον, επίσης, ΕΛΑΣίτη καπετάνιο Νίκο Σαμαρίτη υπήρξε θρυλικό πρόσωπο για την περιοχή. Επρόκειτο για μια ολιγάριθμη ομάδα, η οποία, ωστόσο, πολύ γρήγορα ενισχύθηκε με την προσχώρηση σ' αυτή πλήθους στρατιωτών, που είχαν δραπετεύσει από το στρατόπεδο συγκέντρωσης του Αγίου Νικολάου Λασιθίου.

Η πρώτη αξιόλογη σύγκρουση της ομάδας του Ποδιά με κυβερνητικές δυνάμεις σημειώθηκε στα λασιθιώτικα βουνά, στη θέση Σκοτεινά Λακκάκια, όπου ο εχθρός πανικοβλήθηκε και ένας χωροφύλακας σκοτώθηκε. Η σημαντικότερη, όμως, επιχείρηση της ομάδας πραγματοποιήθηκε στις 9 του Μάη, όταν αυτή χτύπησε και κατέλαβε, ύστερα από εφτάωρη μάχη, την Ιεράπετρα, επιφέροντας στον αντίπαλο σημαντικές απώλειες σε νεκρούς.

Την αντιμετώπιση των ανταρτών ανέλαβε μια μεγάλη μερίδα βενιζελικών πολιτευτών και «καπεταναίων», με προεξάρχοντα τον Εμμανουήλ Μπαντουβά. Για να κάμψουν το δημοκρατικό φρόνημα του κρητικού λαού το κράτος και το παρακράτος των Μπαντουβάδων εξαπέλυσαν βάρβαρη και αιματηρή τρομοκρατία. Ομαδικές συλλήψεις, μεσαιωνικοί βασανισμοί, εκτελέσεις και δολοφονίες αγωνιστών απλώθηκαν σε όλους τους νομούς του νησιού. Οι «στάβλοι του Μπαντουβά» ήταν η Μακρόνησος της Κρήτης. Εκατοντάδες αντιστασιακοί και άλλοι προοδευτικοί άνθρωποι πέρασαν από τους «στάβλους» αυτούς.

Παρά το όργιο τρομοκρατίας που εξαπολύθηκε, η ομάδα του Ποδιά συνέχισε τη δράση της στην Ανατολική Κρήτη. Στις 14 και στις 15 του Μάη χτύπησε παρακρατικούς του Μπαντουβά και στρατιώτες στη θέση του «Ξινογιώργη η Κορφή», στις 23 του ίδιου μήνα κέρδισε μικρή μάχη με χωροφύλακες στο χωριό Κασάνοι του Ηρακλείου και στις 18 του Ιούνη αναμετρήθηκε με τον εχθρό και του προκάλεσε φθορές στη θέση Μαύρος Κόλυμπος του Λαρανίου, χωριού του Ποδιά. Στις 27 του ίδιου μήνα, όμως, ομάδα δέκα ανταρτών της περιοχής, υπό τον Βασίλη Πλαγιωτάκη, καταστράφηκε από μονάδα του Μπαντουβά στο βουνό της Σμπάρου, όπου είχε σταλεί, για να δημιουργήσει μικρό αντάρτικο συγκρότημα. Την ίδια εποχή, στο δυτικό τμήμα του νησιού είχαν ήδη αναπτυχθεί τρία ισχυρά αντάρτικα συγκροτήματα.

Το Δημοκρατικό Στρατό της Κρήτης αποτελούσαν εμπειροπόλεμα συγκροτήματα σε όλη σχεδόν την έκταση του νησιού. Στο συγκρότημα μάλιστα του Νομού Χανίων ήταν ενσωματωμένη μια ξεχωριστή διμοιρία γυναικών, με επικεφαλής την Γεωργία Σκευάκη, καθώς και μια ομάδα της Δημοκρατικής Νεολαίας, η οποία είχε πάρει μέρος σε όλες τις επικίνδυνες αποστολές και σε όλες τις αποφασιστικές συγκρούσεις, που είχαν κατά καιρούς σημειωθεί στην περιοχή.

Η πιο εντυπωσιακή επιχείρηση του Δημοκρατικού Στρατού στην Κρήτη ήταν εκείνη στο αεροδρόμιο του Μάλεμε, όπου υπήρχε λόχος εκατό σμηνιτών. Ισχυρή δύναμη ανταρτών είχε κατέβει στο χωριό Πρασέ με τρία αυτοκίνητα, είχε καταλάβει θέσεις γύρω από το αεροδρόμιο και στη συνέχεια είχε στείλει μια μικρή ομάδα από δέκα άνδρες μέσα σ' αυτό, για να καλέσουν τη φρουρά να προσχωρήσει στις γραμμές τους. Προσχώρησαν με προθυμία 64 σμηνίτες, οι οποίοι, αφού φόρτωσαν στα αυτοκίνητα της αεροπορικής βάσης όλο τον οπλισμό της μονάδας τους - και μεταξύ των άλλων τρία βαριά πολυβόλα και τον ασύρματο - κατευθύνθηκαν μαζί με τους αντάρτες προς την Κακόπετρα, που ήταν η έδρα του Δημοκρατικού Στρατού της περιοχής.

Σημαντική υπήρξε, επίσης, η μάχη στους Λάκκους με λόχο της Εθνοφυλακής. Ο λόχος αυτός διαλύθηκε, σαράντα στρατιώτες αιχμαλωτίστηκαν, για να αφεθούν αμέσως ελεύθεροι και πέσανε στα χέρια των ανταρτών πολλά όπλα και τρόφιμα.

Το Μάρτη του 1948 ισχυρή ομάδα του Δημοκρατικού Στρατού και τμήμα της ομάδας της Δημοκρατικής Νεολαίας χτύπησαν στον εθνικό δρόμο, μεταξύ των χωριών Νεοχωρίου και Αγίων Πάντων, της επαρχίας Αποκορώνου, πομπή αυτοκινήτων, στα οποία επέβαιναν 27 βουλευτές του Κόμματος των Φιλελευθέρων και διπλωματικοί εκπρόσωποι των Ηνωμένων Πολιτειών, της Βρετανίας και της Γαλλίας, που μετέβαιναν στο Ακρωτήρι των Χανίων, για να συμμετάσχουν σε μνημόσυνο του Ελευθερίου Βενιζέλου.

Για την αντιμετώπιση του Δημοκρατικού Στρατού στην Κρήτη η κυβέρνηση της Αθήνας υποχρεώθηκε, τελικά, να μεταφέρει στη μεγαλόνησο ισχυρές στρατιωτικές δυνάμεις. Αρχισαν μεγάλης κλίμακας εκκαθαριστικές επιχειρήσεις. Εγραψαν χαρακτηριστικά στο βιβλίο τους οι Σπύρος Μπλαζάκης και Γεώργιος Τσομπανάκης: «Ο Νομός Ηρακλείου δεν έχει ψηλά βουνά, εκτός από τον Ψηλορείτη, στα σύνορα με το Ρέθυμνο, και δεν προσφέρεται για μεγάλη δύναμη ανταρτών, εκτός αν υπερτερούν από τον αντίπαλο. Ο αντίπαλος, όμως, είχε μεγάλη υπεροχή σε άνδρες και οπλισμό. Τους στρίμωχνε από δω, τους στρίμωχνε από κει και τους ανάγκαζε να δίνουν, κάθε μέρα σχεδόν, μάχες, με αποτέλεσμα να τους αποδεκατίσουν, σκοτώνοντας και τον καπετάνιο τους Ποδιά. Οσοι εγλύτωσαν, μην μπορώντας να μένουν σ' αυτή την περιοχή, περάσανε στο Νομό Χανίων και ενώθηκαν μαζί μας».

Οι ομάδες των παρακρατικών σαν κανίβαλοι συναγωνίζονταν γύρω από το πτώμα του Ποδιά ποιος θα πάρει το κομμένο του κεφάλι. Στο τέλος το πήραν οι Μπαντουβάδες, το κάρφωσαν σε πάσσαλο και το μετέφεραν, πανηγυρίζοντας, στο Ηράκλειο.

Ο θάνατος του Ποδιά σήμανε την αρχή του τέλους του Δημοκρατικού Στρατού στην Κρήτη, που σημειώθηκε πολύ νωρίτερα από οποιαδήποτε άλλη περιοχή στην Ελλάδα. Ο Δημοκρατικός Στρατός της μεγαλονήσου, παρά την αρχική μεγάλη ανάπτυξή του, δεν κατόρθωσε τελικά, και για υποκειμενικούς και για αντικειμενικούς λόγους, να αναπτύξει ένα κίνημα ανάλογο προς τον προσωπικό δυναμισμό των μαχητών του και προς την κρητική επαναστατική παράδοση.

Η σκληρότερη και αιματηρότερη μάχη από το σύνολο σχεδόν των ανταρτών, που δεν ξεπερνούσαν τους 150, δόθηκε στο φαράγγι της Σαμαριάς και κράτησε πέντε μέρες. Οι μαχητές του Δημοκρατικού Στρατού πολέμησαν εκεί με ηρωισμό, κυκλωμένοι από κυβερνητικά στρατιωτικά τμήματα, που μαζί με τους παρακρατικούς του Γύπαρη και των οπλαρχηγών Πέτρακα και Γιαννούλη, που τους ενίσχυαν, αριθμούσαν τρεις χιλιάδες άνδρες, υποστηριζόμενους μάλιστα από την Αεροπορία.

Από τους αντάρτες σκοτώθηκαν στη διάρκεια της μάχης 35, καθώς προσπαθούσαν να βγουν από τον κλοιό. Οι υπόλοιποι, τελικά, κατόρθωσαν να περάσουν μέσα από τις κυβερνητικές γραμμές και να τραβήξουν προς τα Λευκά Ορη. Στις αρχές του 1950 είχαν απομείνει στην Κρήτη μόνο 14 αντάρτες, που πέρασαν στην παρανομία και άρχισαν να εργάζονται για την ανασυγκρότηση των παράνομων Οργανώσεων του ΚΚΕ και για τη διατήρηση και παραπέρα ανάπτυξη του λαϊκού κινήματος στο νησί. Πέντε, όμως, απ' αυτούς συνελήφθησαν τελικά, ένας σκοτώθηκε, έξι κατόρθωσαν να διαφύγουν στο εξωτερικό και οι υπόλοιποι δύο, ο Σπύρος Μπλαζάκης και ο Γεώργιος Τσομπανάκης, παρέμειναν ασύλληπτοι στα κρητικά βουνά και ξαναγύρισαν στη νομιμότητα το 1974, μετά την πτώση της στρατιωτικο-φασιστικής δικτατορίας.

Ο Δημοκρατικός Στρατός στην Κεφαλονιά, με δύναμη που ποτέ δεν ξεπέρασε τους 60, ακολούθησε σε όλη τη διάρκεια της πολεμικής δράσης του παρτιζάνικη τακτική, με την οποία μπορούσε να χτυπά τον αντίπαλο πάντα σχεδόν σε σημεία δικής του επιλογής. Η πρώτη μάχη του Δημοκρατικού Στρατού της Κεφαλονιάς δόθηκε στις 8 του Φλεβάρη 1947 στη θέση Αγιος Ελευθέριος των Βαλσαμάτων. Εκεί ισχυρή αντάρτικη δύναμη, με επικεφαλής τον Σγούρο και τον Αστραπόγιαννο, χτύπησε σε ενέδρα ομάδα 50 χωροφυλάκων, από τους οποίους οι 4 σκοτώθηκαν και οι υπόλοιποι διασκορπίστηκαν πανικόβλητοι.

Τις πρώτες μέρες του 1948, ο Κουλουμπής απελευθέρωσε με την ομάδα του τα Δαυγάτα και ο Αστραπόγιαννος με μερικούς αντάρτες τα Γριζάτα και τα Καταποδάτα. Την ίδια εποχή, μια σειρά από ενέδρες των ανταρτών στο δρόμο που συνδέει το Αργοστόλι με τη Σάμη, τρομοκράτησαν σε τέτοιο σημείο τον αντίπαλο, ώστε αυτός να επικοινωνεί πια μόνο ατμοπλοϊκά με τη Σάμη, της οποίας η ύπαιθρος για μεγάλο χρονικό διάστημα θεωρούνταν από τον τοπικό Δημοκρατικό Στρατό ελεύθερη περιοχή της Κεφαλονιάς.

Το Φλεβάρη του 1948, όλες οι ομάδες του Δημοκρατικού Στρατού, με επικεφαλής τον Σγούρο, προχώρησαν σε καλά μελετημένη νυχτερινή επιχείρηση στην ίδια την πόλη του Αργοστολίου, η οποία διέθετε για τη φρούρησή της ισχυρότατες δυνάμεις ΜΑΥδων και Χωροφυλακής. Η επίθεση εκδηλώθηκε αιφνιδιαστικά και οι δυνάμεις των ανταρτών, κάμπτοντας τις πρώτες αντιστάσεις του αντιπάλου, προωθήθηκαν μέχρι το κέντρο της πρωτεύουσας του νησιού, επιφέροντας σημαντικές απώλειες στον καταπτοημένο εχθρό.

Οι επιθετικές δραστηριότητες του Δημοκρατικού Στρατού συνεχίστηκαν μέχρι το τέλος της άνοιξης του 1949, κυρίως με ενέδρες και εισόδους σε χωριά. Ο αστικός στρατός ακολούθησε κι εδώ την τακτική του αδειάσματος της υπαίθρου ώστε να κόψει τις δυνατότητες ανεφοδιασμού των ανταρτών. Εως τα τέλη του '49 συνολικά από τους μαχητές του Δημοκρατικού Στρατού της Κεφαλονιάς 48 σκοτώθηκαν σε συγκρούσεις, 4 εκτελέστηκαν αμέσως σχεδόν μετά τη σύλληψή τους, ένας, ο Σπύρος Αντωνάτος, δολοφονήθηκε από τους χωροφύλακες και μόνο 7 κατόρθωσαν, τελικά, να επιζήσουν.

Μετά τις εκλογές του 1946 ανέλαβε νομάρχης ο Χρήστος Κούσουλας, ο οποίος έσπευσε να αναδιοργανώσει το αντιδραστικό καθεστώς και να καλλιεργήσει κλίμα φοβίας. Η Περιφερειακή Επιτροπή Σάμου του Κομμουνιστικού Κόμματος και η Νομαρχιακή του Αγροτικού Κόμματος συνήλθαν τότε σε κοινή σύσκεψη και αποφάσισαν την άμεση οργάνωση Ομάδων Λαϊκής Αυτοάμυνας για την προάσπιση της ζωής και της περιουσίας των λαϊκών αγωνιστών. Οι Ομάδες Λαϊκής Αυτοάμυνας συγκροτήθηκαν πολύ γρήγορα, μπήκαν κάτω από την καθοδήγηση τριμελών Γραφείων και όλες μαζί λειτούργησαν υπό τη γενική εποπτεία πενταμελούς Πανσαμιακού Γραφείου, που είχε επικεφαλής του τον Μανώλη Καραθανάση ή Λυκούργο. Δεν άργησε μάλιστα να μετασχηματιστεί σε οργανωμένη λαϊκή δημοκρατική φρουρά, η οποία κάλυπτε το αντιτρομοκρατικό κίνημα του νησιού.

Οι δηλώσεις του Κούσουλα ότι «δεν κατοικούν εις την Ελλάδα Ελληνες αριστεροί, αλλά κομμουνιστική ελληνόφωνος μειονότης, ενεργούσα και συμμαχούσα με τους επιδρομείς της πατρίδος» οδήγησαν σε αύξηση του αριθμού των ένοπλων καταδιωκομένων λαϊκών αγωνιστών, οι οποίοι στις 25 του Μάη σχημάτισαν το πρώτο τμήμα του Δημοκρατικού Στρατού και εγκαταστάθηκαν στον Κέρκη.

Στις αρχές του 1947, έφτασε στη Σάμο ο Ικαριώτης Γιάννης Σαλάς, γνωστός Ακροναυπλιώτης και ένας από τους σημαντικότερους δημιουργούς της ελληνικής Αντιφασιστικής Στρατιωτικής Οργάνωσης της Μέσης Ανατολής. Ο Σαλάς ανέλαβε αμέσως την τοπική Γραμματεία του ΚΚΕ και στη συνέχεια συναντήθηκε στα βουνά με τον ταγματάρχη Γιάννη Μαλαγάρη, παλιό συναγωνιστή του στα επαναστατικά γεγονότα της Αιγύπτου, με τον οποίο αποφάσισε τη γρήγορη ανάπτυξη αντάρτικου κινήματος στο τρομοκρατημένο νησί.

Το βράδυ της 25ης του Ιούνη, αντάρτικη ομάδα με επικεφαλής τον Γιάννη Μαλαγάρη, τον Σαλά και τον Χρήστο Παντελόγλου χτύπησε αιφνιδιαστικά τον Παγώντα, κατέλαβε το Σταθμό Χωροφυλακής, σκότωσε δύο χωροφύλακες και αφόπλισε την υπόλοιπη φρουρά. Στα μέσα του Ιούλη, εξάλλου, από τις αντάρτικες ομάδες που υπήρχαν ήδη στον Καρβούνη και από την ομάδα του Γιάννη Σοφούλη σχηματίστηκαν τρεις διμοιρίες, που χτύπησαν και κατέλαβαν τους Μανωλάτες, διέλυσαν τους ΜΑΥδες στην Αμπελο και κατέλυσαν σε ολόκληρη αυτή την περιοχή την κυβερνητική εξουσία.

Στις αρχές του Αυγούστου, εκλέχτηκε από μεγάλη σύσκεψη των ανταρτών του Καρβούνη και αντιπροσωπείας των ανταρτών του Κέρκη το Αρχηγείο του Δημοκρατικού Στρατού της Σάμου. Επικεφαλής του Αρχηγείου τοποθετήθηκαν ο Γιάννης Μαλαγάρης, ως στρατιωτικός αρχηγός, ο Γιάννης Σαλάς, ως πολιτικός επίτροπος, ο Γιάννης Ζαφείρης, ως υπεύθυνος του Γραφείου Επιχειρήσεων και βοηθός του στρατιωτικού αρχηγού, και ο Σταύρος Χατζηγεωργίου, ως βοηθός του πολιτικού επιτρόπου - ενώ μέλη του διατέλεσαν ο Μανώλης Ιωάννου, ο Κώστας Γρυδάκης, ο Χρήστος Παντελόγλου, ο Γιάννης Σοφούλης και ο Μιλτιάδης Βακάκης.

Στις 12 του Αυγούστου, ισχυρές αντάρτικες δυνάμεις χτύπησαν ξαφνικά και κατέλαβαν το Καλαμπάχτασι και απελευθέρωσαν ολόκληρη σχεδόν τη Δυτική Σάμο, ενώ στις 29 του ίδιου μήνα στη μεγάλη μάχη των Γκιναίων, όπου τραυματίστηκε, όμως, σοβαρά ο Γιάννης Μαλαγάρης, οι κυβερνητικές δυνάμεις υπέστησαν πανωλεθρία. Στις 4 του Σεπτέμβρη, συντρίφτηκε η φρουρά της Υδρούσας και ύστερα από δύο μέρες εξουδετερώθηκε η φρουρά του Πλατάνου και η διμοιρία του στρατού, που βρισκόταν εκεί, παραδόθηκε στους αντάρτες.

Στα μέσα του Οκτώβρη και με σκοπό την καλύτερη εκτέλεση των στρατιωτικών επιχειρήσεων, η ηγεσία των ανταρτών προχώρησε στην οργάνωση του Δημοκρατικού Στρατού της Σάμου σε πέντε συγκροτήματα. Επρόκειτο για τα συγκροτήματα του Κεντρικού Καρβούνη, του Ανατολικού Καρβούνη, των Λακκών, του Πλατάνου και του Κέρκη.

Τους τελευταίους μήνες του 1947 και ολόκληρο το 1948 ο Δημοκρατικός Στρατός της Σάμου γνώρισε μια σειρά από αξιόλογες επιτυχίες. Ετσι, στις 25 του Οκτώβρη 1947 δύο διμοιρίες του, υπό τους Ανδρέα Κατσούφρο, Δημήτρη Ασημίνα και Μενέλαο Μενελάου, κατέλαβαν τη Χώρα, παλιά πρωτεύουσα της Σάμου, και αιχμαλώτισαν τους ΜΑΥδες, που τη φρουρούσαν. Στις 2 του Νοέμβρη, τρεις διμοιρίες του, υπό τους Κώστα Κατσούφρο, Γιάννη Χατζηανδρέου και Αριστείδη Ζάγκα, χτύπησαν τους Βουρλιώτες, διέλυσαν μια διλοχία ΜΑΥδων συντρίβοντας τις εκεί δυνάμεις της Χωροφυλακής.

Από τις 19 του Δεκέμβρη 1947 μέχρι τις 16 του Γενάρη 1948 ο Δημοκρατικός Στρατός αντιμετώπισε αποφασιστικά τις εκκαθαριστικές επιχειρήσεις, που είχε οργανώσει ο αντίπαλος. Στις διάφορες, όμως, μάχες, που έδωσε, έχασε αρκετούς μαχητές και μεταξύ τους τον Μενέλαο Μενελάου και δέκα προσχωρήσαντες στις γραμμές του στρατιώτες, που αιχμαλωτίστηκαν από τον εχθρό στην Μπαθακιά και τουφεκίστηκαν όλοι επιτόπου.

Στις 20 του Γενάρη 1948, τα συγκροτήματα του Βακάκη και του Σοφούλη κατέλαβαν την εμπορική και βιομηχανική περιοχή του Ορμου, στο Καρλόβασι, και κατάσχεσαν πολλά είδη και χρήματα, ενώ δύο μέρες αργότερα μπήκαν στο Μεσαίο Καρλόβασι και πήραν σημαντικές ποσότητες τροφίμων. Στις 24 του ίδιου μήνα πρόσβαλαν τους Κουμαραδαίους και εξουδετέρωσαν τους εκεί ΜΑΥδες, και στις 24 του Φλεβάρη κατέλαβαν τους Μυτιληνούς, αφού επέφεραν στους κυβερνητικούς σοβαρές απώλειες. Τη νύχτα της 7ης του Μάρτη, τέλος, όλες οι αντάρτικες δυνάμεις του Κέρκη και του Καρβούνη χτύπησαν το Νέο Καρλόβασι, κατέλαβαν το μεγαλύτερο μέρος του και αποσύρθηκαν, συναποκομίζοντας πλούσια πολεμικά λάφυρα.

Το 1949, όμως, η κατάσταση άλλαξε ριζικά σε βάρος του Δημοκρατικού Στρατού. Στα τέλη του Μάρτη εκείνου του χρόνου έφτασαν στο νησί τρία ειδικά μακρονησιώτικα τάγματα, με «ανανήψαντες» παλιούς ΕΛΑΣίτες αξιωματικούς και με επικεφαλής τον ταξίαρχο Δαούλη, τον αντισυνταγματάρχη Μπουτσικάρη και τον ταγματάρχη Ησαΐα. Προτού, ωστόσο, οι δυνάμεις αυτές αρχίσουν τις επιχειρήσεις κατά των ανταρτών, πάνω από δύο χιλιάδες «ύποπτοι» συνελήφθησαν προληπτικά από τις αστυνομικές αρχές και το στρατό και οδηγήθηκαν στη Μακρόνησο.

Οι επιχειρήσεις των κυβερνητικών δυνάμεων άρχισαν στις 4 του Απρίλη. Στα μέσα του Μάη έφτασαν στη Σάμο με πολεμικό πλοίο ο Αλέξανδρος Παπάγος και ο Βαν Φλιτ και, αφού μελέτησαν την κατάσταση, διέταξαν και εδώ το άμεσο άδειασμα της υπαίθρου από τους κατοίκους της, προκειμένου να απομονωθούν εντελώς οι αντάρτες. Ετσι, οι Σαμιώτες χωρικοί εγκατέλειψαν και αυτοί τις εστίες τους και συγκεντρώθηκαν υποχρεωτικά στα κεφαλοχώρια. Ο κλοιός έγινε ασφυκτικός για τους μαχητές του ΔΣΕ. Στις 21 του Ιούλη αυτοκτόνησαν κοντά στο Καλαμπάχτασι, για να μην πέσουν στα χέρια του εχθρού, ο αρχηγός του τοπικού Δημοκρατικού Στρατού, Γιάννης Μαλαγάρης, και οι καπεταναίοι Κώστας Γρυδάκης, Θεμιστοκλής Θεοδωρής και Σίμος Γεράκης, ενώ σκοτώθηκαν πολεμώντας άλλοι έξι μαχητές. Στις 29 του ίδιου μήνα έχασαν τη ζωή τους στην Ξηρολακκιά οι Αριστοτέλης Τζίχας, Γιάννης Τζίχας, Αλέκος Γομαλάτσος, Λευτέρης Νικητάκης, Γιάννης Χατζηλίας, Ανδρέας Παληογιώργης, Γιάννης Γιάννου, Γιάννης Ταμπακλής, Θεμιστοκλής Τσιμπογιάννης, Κώστας Παπαντωνίου και Μιχάλης Ξουραφής και πιάστηκαν αιχμάλωτοι δεκαεννέα - ανάμεσά τους ο Γιάννης Ζαφείρης, ο Σταύρος Χατζηγεωργίου, ο Γιάννης Σοφούλης, ο Γεώργιος Βαλούκας, ο Θεόδωρος Βασιλείου, ο Κώστας Κατσούφρος, ο Χρήστος Αξιώτης, η Ανθή Κουτσοδόντη, ο Μανώλης Διακογιάννης, ο Γιάννης Τσερέπας, ο Δημήτρης Βουρλιώτης, ο Μιχάλης Κυρανάκης, ο Στ. Καβουριάρης, ο Δημήτρης Παρτσάφας, ο Νικ. Τζιβανάκης, ο Κώστας Μακρής, ο Γιάννης Χατζηϊωάννου, η Γεωργία Καλούσου και ο Γιάννης Κοκώνης. Πάνω από 40 αντάρτες εκτελέστηκαν αμέσως σχεδόν μόλις πιάστηκαν αιχμάλωτοι, και μεταξύ τους ο Γιώργης Βακαλόπουλος και ο Μανόλης Κόκας. Στις 18 του Οκτώβρη, ο πολιτικός επίτροπος του σαμιώτικου Δημοκρατικού Στρατού, Γιάννης Σαλάς, και ο νεαρός φοιτητής της Ιατρικής Σαράντος Καρούτσος συνελήφθησαν στην παραλιακή θέση Γκινάκι, ύστερα από προδοσία, και λίγο αργότερα δολοφονήθηκαν στα Κόκκινα Χώματα, με βάση ειδική μυστική διαταγή του στρατιωτικού διοικητή της Σάμου.

Στην Ικαρία το κίνημα ήταν ανέκαθεν ισχυρό, γεγονός που μετά τη συμφωνία της Βάρκιζας δεν άφηνε αρκετά περιθώρια για την εκεί δράση παρακρατικών συμμοριών. Ο νομάρχης, όμως, της Σάμου, Χρήστος Κούσουλας, επιδιώκοντας να δημιουργήσει και σ' αυτό το νησί εμφυλιοπολεμικό κλίμα, έστειλε στις εκεί αστυνομικές αρχές εμπιστευτικό τηλεγράφημα, με το οποίο διέταζε την άμεση σύλληψη όλων των στελεχών του ΕΑΜ και του ΚΚΕ στην Ικαρία. Το τηλεγράφημα έγινε γνωστό στην τοπική Οργάνωση του ΚΚΕ, με αποτέλεσμα διακόσια περίπου μέλη και στελέχη του να περάσουν στην παρανομία. Στην αρχή κρύβονταν άοπλοι και αργότερα ορισμένοι απ' αυτούς παραδόθηκαν ή έφυγαν από το νησί - οι πιο πολλοί, όμως, έμειναν στην Ικαρία, περιμένοντας τις εξελίξεις.

Το καλοκαίρι του 1947, σε μυστική σύσκεψη στελεχών του Κομμουνιστικού Κόμματος, του Αγροτικού Κόμματος και της ΕΠΟΝ, συγκροτήθηκε διακομματική επιτροπή ως ενιαίο καθοδηγητικό κέντρο του ικαριώτικου κινήματος και πάρθηκαν αποφάσεις, που αφορούσαν τις σχέσεις και τη δουλειά με τους εξόριστους, τη φύλαξη του παράνομου μηχανισμού και την έκδοση της παράνομης πια εφημερίδας «Νέα Ικαρία». Στη σύσκεψη δεν συζητήθηκε η οργάνωση ένοπλων τμημάτων κρούσης στο νησί. Η απόφαση για την ένοπλη αυτοάμυνα πάρθηκε λίγο αργότερα, με εισήγηση του Γιάννη Σαλά, ο οποίος, πηγαίνοντας τότε στη Σάμο, πέρασε από την Ικαρία. Επρόκειτο, ωστόσο, για παθητική αυτοάμυνα, που εφαρμόστηκε μέχρι το τέλος, και όχι για ενεργητική, που την είχε αργότερα συμβουλεύσει το Αρχηγείο του Δημοκρατικού Στρατού της Σάμου.

Η πρώτη σύγκρουση των Ικαριωτών αυτοαμυνιτών με ομάδες των 300 χωροφυλάκων και των 100 περίπου ΜΑΥδων, που φρουρούσαν το νησί, πραγματοποιήθηκε στην περιοχή του Φραντάτου και εξελίχτηκε σε πολύωρη μάχη, χωρίς ωστόσο απώλειες. Η δεύτερη σύγκρουση έγινε στον Ορθό Λούρο, πάνω από το Μαυράτο, χωρίς επίσης απώλειες, η τρίτη στο Μαύρο Γκρεμό, πάνω από το Δρούτσουλα, με θύμα τον Γεώργιο Βελετάκη και η τέταρτη στον Αγιο Ονούφριο, με νεκρό τον Μόσχο Μάζαρη και αιχμαλώτους τον Γεώργιο Τσερμέγκα και τον Παναγιώτη Σαμπλίδη, που εκτελέστηκαν αργότερα, ύστερα από απόφαση του στρατοδικείου της Σάμου. Η πέμπτη σύγκρουση σημειώθηκε στο Δοκίμι, πάνω από την Αρέθουσα, με ένα νεκρό και μερικούς τραυματίες από τη δύναμη της Χωροφυλακής, και η έκτη στη χαράδρα της Σχίζας, μεταξύ Αρέθουσας και Καραβόσταμου, με νεκρό τον Διαμαντή Διαμαντή και βαριά τραυματισμένο τον Θεολόγο Τσούνη. Μέχρι το 1951 που οι τελευταίοι 8 αντάρτες φυγαδεύονται από το νησί, μεσολαβεί μια περίοδος σκληρής παρανομίας για την οποία, όμως, θα χρειάζονταν σελίδες ειδικής αναφοράς.

Μια ομάδα από αντάρτες, στις 29 του Αυγούστου 1946, τρεις μέρες πριν από το δημοψήφισμα, εμφανίστηκε σε ορισμένα χωριά του νησιού, για να ενισχύσει το ηθικό του λαού, ο οποίος πιεζόταν να ψηφίσει την επάνοδο του Γεωργίου Γλίξμπουργκ. Μπαίνοντας στο χωριό Κάτω Τρίτος δέχτηκε τα ξαφνικά πυρά των Χιτών. Σκοτώθηκε τότε ο αντάρτης Χαρίλαος Κατάκος, ο πρώτος νεκρός αντάρτης του νησιού στον εμφύλιο πόλεμο, καθώς και ένας παρακρατικός, το επεισόδιο, όμως, δεν πήρε μεγαλύτερη έκταση.

Στις αρχές Σεπτέμβρη του 1946 μια δεύτερη ομάδα ένοπλων καταδιωκομένων αγωνιστών μπήκε αιφνιδιαστικά στο χωριό Παπάδος της Γέρας και στη συμπλοκή, που ακολούθησε, εξόντωσε 3 παρακρατικούς.

Την Πρωτοχρονιά του 1947, το τμήμα Αγιάσου των ανταρτών, με επικεφαλής τον Δημήτρη Πιταούλη, διέλυσε σε ενέδρα δύναμη χωροφυλάκων και ΜΑΥδων, που είχαν βγει για καταδίωξή τους, σκοτώνοντας 5 και παίρνοντας αρκετά λάφυρα. Εντεκα μέρες αργότερα, όμως, στη θέση Περίτονο, το λεσβιακό αντάρτικο συγκρότημα βρέθηκε ξαφνικά μπροστά σε υπέρτερες αντίπαλες δυνάμεις και στη μάχη, που ακολούθησε, έχασε 5 άνδρες, ενώ ορισμένοι νεοστρατολογημένοι αντάρτες διέρρευσαν και παραδόθηκαν στον εχθρό.

Το Μάρτη του 1947, η αντάρτικη δύναμη της Λέσβου είχε ήδη ανασυγκροτηθεί, αποτελούμενη πια από 94 μαχητές και συγκεντρωμένη στο βόρειο τμήμα του νησιού. Τον ίδιο μήνα, η δύναμη αυτή έδωσε στο χωριό Κλαπάδος ολοήμερη μάχη με το σύνολο των τοπικών κυβερνητικών δυνάμεων, που την είχαν κυκλώσει, κατόρθωσε, όμως, να σπάσει τον κλοιό, με ένα μόνο νεκρό, και να τραβηχτεί προς τα κάτω, χωρισμένη σε τμήματα. Ενα από τα τμήματα αυτά, από 30 περίπου άνδρες, που σχεδίαζε να χτυπήσει την Ερεσό, όπου στάθμευαν ισχυρές δυνάμεις ΜΑΥδων και Χωροφυλακής, προσβλήθηκε από τον αντίπαλο στη θέση Αετός, όπου είχε το βράδυ καταλύσει, και διαλύθηκε. Οι ηγέτες του Καρακώστας και Μπουντάκης και 3 ακόμη αντάρτες σκοτώθηκαν και πιάστηκαν 7, που καταδικάστηκαν αμέσως σε θάνατο από το στρατοδικείο και λίγες μέρες αργότερα εκτελέστηκαν στη θέση Κράτηγος, μερικά χιλιόμετρα έξω από τη Μυτιλήνη.

Οι φοβερές δυσκολίες της αντάρτικης ζωής, οι συνεχείς πορείες και μετακινήσεις των ανταρτών, η πείνα, η διαρκής παραμονή στο ύπαιθρο - όλα επακόλουθα της εδαφικής διαμόρφωσης του νησιού, που δεν επέτρεπε τη διατήρηση μόνιμης βάσης συγκέντρωσης, ανάπαυσης και εξόρμησης - είχαν ως αποτέλεσμα και πάλι διαρροές και εκ νέου συρρίκνωση των λεσβιακών αντάρτικων δυνάμεων. Η κατάσταση των ανταρτών της Λέσβου από τα τέλη του Γενάρη 1948 ακόμη είχε αρχίσει να επιδεινώνεται. Η στρατολογία νέων μαχητών είχε σταματήσει και η εξεύρεση τροφίμων αποτελούσε ήδη δυσεπίλυτο πρόβλημα. Για να λυθεί μάλιστα το πρόβλημα αυτό, αποφασίστηκε ο χωρισμός του αντάρτικου συγκροτήματος σε μικρές ομάδες - τούτο, όμως, είχε ως συνέπεια τη σημαντικότατη μείωση της μαχητικής ικανότητάς τους. Παρ' όλα αυτά ο ανταρτοπόλεμος στη Λέσβο κρατήθηκε πέρα από το Σεπτέμβρη του 1949 - μέχρι το 1955, όταν παραδόθηκαν οι δύο τελευταίοι αντάρτες. Τον Οκτώβρη μάλιστα του 1949 δρούσαν ακόμη στο νησί περισσότεροι από 25 μαχητές. Η Λέσβος έχασε στον εμφύλιο πόλεμο πάνω από 100 μαχητές και λαϊκούς αγωνιστές, που έδωσαν τη ζωή τους είτε πολεμώντας στα βουνά του νησιού είτε αντιμετωπίζοντας τα εκτελεστικά αποσπάσματα. Ολα σχεδόν τα τοπικά στελέχη του ΚΚΕ έπεσαν στον αγώνα.