Το μεγαλύτερο μέρος της έρευνας πάνω στα βιολογικά ρολόγια των ζώων έχει επικεντρωθεί στον εγκέφαλο, αλλά αυτό δεν είναι το μόνο όργανο που ακολουθεί τη ρυθμική εναλλαγή ημέρας - νύχτας.

Πρόσφατα ερευνητές παρατήρησαν βιολογικά ρολόγια και σε άλλα μέρη του σώματος της μύγας των φρούτων, όπως στα φτερά, στα πόδια, στο στόμα και τις κεραίες. Μάλιστα και αυτά τα ρολόγια ακολουθούν τον κιρκαδικό ρυθμό, παρουσιάζοντας κορύφωση την ημέρα και ελάχιστο τη νύχτα. Ο κύκλος συνεχίζεται ακόμα και σε αποκεφαλισμένες μύγες, δείχνοντας ότι τα ρολόγια αυτά είναι αυτόνομα και δεν εξαρτώνται από σήματα που στέλνει ο εγκέφαλος του εντόμου. Οι σχετικές παρατηρήσεις δεν αφορούν μόνο μύγες των φρούτων. Μελέτη του 1998 έδειξε ότι γονίδιο που εκφράζεται στους ινοβλάστες (είδος κυττάρων συνδετικού ιστού) των ποντικιών, παρουσιάζει επίσης κιρκαδικό ρυθμό.

Η ποικιλία των τύπων κυττάρων που παρουσιάζουν δραστηριότητα με βάση τον κιρκαδικό ρυθμό δείχνει ότι για πολλούς ιστούς η ακρίβεια χρονισμού είναι τόσο σημαντική, ώστε να δικαιολογεί την τοπική και αυτόνομη παρακολούθηση του χρόνου. Τα ευρήματα αυτά ίσως δώσουν νέα έννοια στον όρο «βιολογικό ρολόι».