Ενας χρόνος και κάτι χρειάστηκε για να μετατραπεί σε υπουργική απόφαση η ομόφωνη γνωμοδότηση του Κεντρικού Αρχαιολογικού Συμβουλίου του Σεπτέμβρη του '99 για την προστασία των αρχαιοτήτων στη Γαύδο.

«Κάλλιο αργά παρά ποτέ» όμως κι έτσι, σαν αρχαιολογικοί χώροι κηρύσσονται οι παρακάτω περιοχές του νησιού: «Αγ. Ιωάννης -Λαυρακάς - Κεδρές». Είναι ο εκτεταμένος αρχαιολογικός χώρος που μεταξύ άλλων εντοπίζονται λείψανα οικιών, λαξευτή δεξαμενή, λαξευτές κλίμακες, ίχνη κατοικιών από τη μινωική μέχρι τη βυζαντινή περίοδο κ.ά. «Λόφος Κεφάλα» με λείψανα των μινωικών ελληνιστικών και ρωμαϊκών χρόνων. «Αγ. Παύλος» όπου ανακαλύφθηκε αγροτικό συγκρότημα. «Κάβος», με προϊστορικά ευρήματα. «Σαρακίνικο» με ρωμαϊκά ευρήματα. Λόφος «Σελλάκια» με προϊστορικές οικίες. «Ανεμόμυλος» με ρωμαϊκά ευρήματα. «Σιώπατα» με προϊστορικά και ρωμαϊκά ευρήματα. «Κεφάλι του φιδιού» με κεραμική των προϊστορικών και ιστορικών χρόνων. «Αγ. Γεώργιος - Κόρφος» με ενδείξεις μινωικής εγκατάστασης. «Μονοπάτι Κόρφος - Βατσιανά» όπου το μονοπάτι είναι αρχαίο. «Ελληνικά» με ρωμαϊκά και παλαιοχριστιανικά ευρήματα. «Θέση Κεφαλή» με οχυρωματικό έργο, πιθανόν βενετσιάνικο.