Το ΚΚΕ ήταν το μόνο κόμμα, που, από το 1992, όταν όλα τα άλλα κόμματα έκαναν εθνικιστική σημαία το όνομα της FYROM και διοργάνωναν συλλαλητήρια, υπογράμμιζε ότι η ονομασία της γειτονικής χώρας δεν ήταν το κύριο θέμα, προτάσσοντας ως όρο αναγνώρισης το γεωγραφικό προσδιορισμό και την αφαίρεση των όποιων αλυτρωτικών τάσεων υπήρχαν στο Σύνταγμα της γειτονικής χώρας. Το κύριο ήταν και είναι η ιμπεριαλιστική πολιτική τού «διαίρει και βασίλευε», οι ανταγωνισμοί ανάμεσα σε ηγετικές δυνάμεις της ΕΕ και τις ΗΠΑ, που τεμάχισαν τα Βαλκάνια διά πυρός και σιδήρου, σημείωνε από την πρώτη ώρα το ΚΚΕ.

• Θέτοντας ολοκληρωμένα το ζήτημα, το ΚΚΕ σημείωνε στις θέσεις του για τις εξελίξεις στα Βαλκάνια («Ρ», 4/2/1992): «Η απόσχιση του κράτους των Σκοπίων από τη Γιουγκοσλαβία, ανεξάρτητα από τη χρησιμοποίηση ή όχι του ονόματος "Μακεδονία", μπορεί να δημιουργήσει προβλήματα γενικής αμφισβήτησης των συνόρων στα Βαλκάνια, με συνέπεια την ένταση τόσο στα σύνορα της Γιουγκοσλαβίας με Βουλγαρία και Αλβανία όσο και με τη χώρα μας (...) Η κρίση στα Βαλκάνια δεν μπορεί να διευθετηθεί με ιστορικούς και θρησκευτικούς όρους. Η ιστορία εξηγεί, αλλά δεν προσφέρει λύσεις στα σημερινά προβλήματα. Σοβινιστές στις χώρες των Βαλκανίων προσπαθούν να προβάλουν την ιδέα ενός διαμελισμού της Δημοκρατίας των Σκοπίων, παίρνοντας κάθε μια χώρα από ένα τμήμα αυτής της περιοχής. Τέτοιες τυχοδιωκτικές ενέργειες αν επιχειρηθούν θα έχουν καταστρεπτικές συνέπειες για όλους. Μια εμπλοκή στην περιοχή αυτή θα γενικεύσει τον πόλεμο σε όλη την περιοχή των Βαλκανίων (...) Τμήματα της ολιγαρχίας επιδιώκοντας τη διείσδυσή τους στις πρώην σοσιαλιστικές χώρες της Βαλκανικής ενθαρρύνουν στη μετατόπιση της εξωτερικής πολιτικής στο όνομα της "οικονομικής, κοινωνικής, πολιτικής και αμυντικής υπεροχής της Ελλάδας απέναντι στους ασθενέστερους βαλκανικούς γείτονές της"».
• Στις 13/4/92, μετά τη δεύτερη κατά σειρά σύσκεψη των πολιτικών αρχηγών υπό τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας (συμμετείχαν ο πρωθυπουργός Κ. Μητσοτάκης, ο πρόεδρος του ΠΑΣΟΚ Αν. Παπανδρέου και η πρόεδρος του ΣΥΝ Μ. Δαμανάκη) η ΓΓ της ΚΕ του ΚΚΕ διατύπωσε την πλήρη διαφωνία του Κόμματος με τις θέσεις των υπόλοιπων πολιτικών αρχηγών (περιόριζαν τη συζήτηση στο να μην υπάρχει στο όνομα της ΠΓΔΜ ο όρος «Μακεδονία») και προειδοποίησε: «Διαπιστώσαμε για άλλη μια φορά ότι η πολιτική που ακολουθείται - η πολιτική την οποία υποστήριξαν, απ' ό,τι κατάλαβα και τα άλλα κόμματα στην ουσία της - δε διασφαλίζει την ασφάλεια της Ελλάδας και της ίδιας της ελληνικής Μακεδονίας. Δε διασφαλίζει ακόμα την ειρήνευση στα Βαλκάνια από την οποία εξαρτάται η θέση της Ελλάδας και οι σχέσεις της όχι μόνο με τα Σκόπια αλλά και με όλες τις γειτονικές χώρες (...) Εμάς μας ενδιαφέρει πάνω απ' όλα η ασφάλεια της Ελλάδας και της ελληνικής Μακεδονίας τόσο σήμερα όσο και αύριο. Γι' αυτό δε συμφωνούμε που περιορίζεται το όλο πρόβλημα στη συζήτηση γύρω από το όνομα. Είτε απαλειφθεί το όνομα, είτε δεν απαλειφθεί, είτε υπάρξει παραλλαγή του, τα προβλήματα για την Ελλάδα αλλά και για τους λαούς των Βαλκανίων θα υπάρχουν, θα γίνονται όλο και πιο έντονα, εφόσον συνεχίζεται επέμβαση ξένων δυνάμεων στα Βαλκάνια, ηγετικών χωρών της ΕΟΚ και των ΗΠΑ. Εφόσον συνεχιστεί η πολιτική του "διαίρει και βασίλευε". Εφόσον χρησιμοποιούνται υπαρκτές αλλά και ανύπαρκτες μειονότητες ως μέσο επεμβάσεων και υποκίνησης εμφυλίου πολέμου, μέσω του οποίου δίνεται η δυνατότητα για τις μεγάλες δυνάμεις να κατακερματίζουν τα Βαλκάνια. Αυτή είναι η βασική αφετηριακή διαφωνία την οποία θέλαμε να την υπογραμμίσουμε για άλλη μια φορά και στη σημερινή σύσκεψη αλλά και δημόσια στον ελληνικό λαό».
• Με ανακοίνωσή του, το ΠΓ της ΚΕ του ΚΚΕ «για το Κοσσυφοπέδιο και την ΠΓΔΜ» (20/2/2008), σημείωνε: «Το ΚΚΕ επαναλαμβάνει τη θέση που με σταθερότητα έχει υποστηρίξει από το 1992, ότι: Το κυριότερο δεν είναι το θέμα της ονομασίας, αλλά η διασφάλιση των σχέσεων ειρηνικής συνεργασίας και ανάπτυξης σχέσεων καλής γειτονίας, διασφάλισης του απαραβίαστου των συνόρων των δύο χωρών, αποφυγή κάθε αλυτρωτικής προπαγάνδας, καθώς και ενεργειών που δυσκολεύουν την προσέγγιση και τη συνεργασία των δύο κρατών. Το ΚΚΕ επαναλαμβάνει για το θέμα του ονόματος, ότι η αναζήτηση μιας κοινά αποδεκτής λύσης, όπως καθόριζε η ενδιάμεση συμφωνία ανάμεσα στις δύο χώρες, αν περιελάμβανε το όνομα Μακεδονία ή και κάποιο από τα παράγωγά του, θα έπρεπε να είχε γεωγραφικό προσδιορισμό και όχι εθνοτικό».