Μετά την ομιλία του Γ. Σιάντου, οι εργασίες της Διάσκεψης διακόπηκαν για δύο μέρες, στο διάστημα των οποίων λειτούργησε ένα οργιώδες παρασκήνιο, με στόχο να συρθεί η αντιπροσωπεία του ΕΑΜ στη συνθηκολόγηση, παίρνοντας πίσω κάθε απαίτησή της για Γενική Αμνηστία. Στην επιδίωξη αυτή των αντιπάλων του ΕΑΜ στάθηκε αρωγός ένα μέλος της αντιπροσωπείας του, ο Η. Τσιριμώκος, ο οποίος συνεργάστηκε μυστικά με τον Δαμασκηνό και τους Εγγλέζους, παρέχοντάς τους κάθε δυνατή βοήθεια, όπως άλλωστε βεβαιώνουν τα βρετανικά αρχεία και άλλες πηγές (Βλέπε αναλυτικά για το θέμα: Φ. Οικονομίδη: «Ελλάδα ανάμεσα σε δύο κόσμους» εκδόσεις ΟΡΦΕΑΣ, σελ. 28-34. Π. Βενάρδου: «Η συμφωνία της Βάρκιζας», εκδόσεις ΠΟΝΤΙΚΙ, σελ. 103, κ.α.).

Στις 4/2 η κυβερνητική αντιπροσωπεία γνωστοποίησε με επιστολή της προς την αντιπροσωπεία του ΕΑΜ πως η θέση της για Γενική Αμνηστία «κατόπιν συμφώνου γνώμης της κυβερνήσεως... είναι απολύτως απαράδεκτος». Και οι ΕΑΜίτες αντιπρόσωποι υποχώρησαν. Με απαντητική επιστολή τους, γνωστοποιούσαν στους συνομιλητές τους: «Εφόσον η κυβέρνησις εμμένει εις την άποψιν της, η αντίστροφη επιμονή στην ορθή γνώμη μας θα οδηγούσε σε ρήξη που ανεξάρτητα από την ευθύνη, θα οδηγήσει τον τόπο σε συμφορά. Για τον λόγον αυτόν δεχόμαστε να λυθή το ζήτημα των διώξεων με βάση την αρχή που έθεσεν η Κυβερνητική Αντιπροσωπεία και με την θέσπισιν εγγυήσεων ικανών να περιορίσουν τους κινδύνους που σας έχομεν εκθέσει» (Για τις επιστολές αυτές βλέπε: Εφημερίδα «Ελεύθερη Ελλάδα», 7/2/1945 και Π. Βενάρδου: «Η συμφωνία της Βάρκιζας», σελ. 45-46). Το πώς έγινε αυτή η μεταστροφή το περιέγραψε πολύ αργότερα σε συνέντευξή του ο Μ. Παρτσαλίδης, που, μεταξύ άλλων, είπε: «Είναι αλήθεια ότι ο Τσιριμώκος ήταν αυτός που περισσότερο ήθελε να υποχωρήσουμε. Και να ζητήσουμε εγγυήσεις για να περιοριστεί όσο ήταν δυνατόν ο κίνδυνος να επεκταθούν οι διώξεις. Προσωπικά είχα προτείνει στον Σιάντο όχι να διακοπούν οι διαπραγματεύσεις, αλλά να δηλώσουμε ότι πάνω στο θέμα αυτό, επειδή έχουμε δέσμευση από το ΕΑΜ και την ΚΕ του Κόμματος που αντιπροσωπεύαμε, πρέπει να μας δοθεί η δυνατότητα να συζητήσουμε την άρνηση της κυβέρνησης υπεύθυνα και στην ΚΕ του ΕΑΜ και στην ΚΕ του ΚΚΕ στα Τρίκαλα... Τελικά όμως ο Σιάντος κατέληξε στο ότι μια καθυστέρηση της υπογραφής της συμφωνίας δεν επρόκειτο να μας ωφελήσει... και συμφωνήσαμε ότι θα έπρεπε να κάνουμε την υποχώρηση για να μην τραιναριστεί άλλο η υπόθεση. Κακώς βέβαια...» (Π. Βενάρδου, στο ίδιο, σελ. 98).

Δε χωράει αμφιβολία πως αφού οι ΕΑΜίτες αντιπρόσωποι υποχώρησαν σ' αυτό που είχαν θέσει ως αδιαπραγμάτευτη αρχή, δεν είχαν πλέον κανένα πρόβλημα να πάρουν την κάτω βόλτα υπαναχωρώντας και στις υπόλοιπες διεκδικήσεις τους. Ετσι φτάσαμε στην υπογραφή της Συμφωνίας της Βάρκιζας.