Οι εκτός έδρας επιτυχίες της Καλλιθέας και της Νίκης Βόλου, σε Ηλιούπολη και «Καυταντζόγλειο» αντίστοιχα, ξεχώρισαν στην 3η φάση του Κυπέλλου Ελλάδας, κατά την οποία εισήλθαν οι ομάδες της Super League 2. Σε γενικές γραμμές τα φαβορί επιβεβαίωσαν τα προγνωστικά και εύκολα ή δύσκολα πήραν την πρόκριση για την επόμενη φάση.

Στους δύο πιο ενδιαφέροντες αγώνες της 3ης φάσης, η Καλλιθέα νίκησε εκτός έδρας την Ηλιούπολη με 2-1, ενώ στο «Καυταντζόγλειο» η Νίκη Βόλου πήρε σπουδαία πρόκριση επικρατώντας του Ηρακλή με 5-4 στα πέναλτι (0-0 στην κανονική διάρκεια και στην παράταση).

Στους υπόλοιπους αγώνες: Αλλα δύο ζευγάρια κρίθηκαν στα πέναλτι, με τον Αγιο Νικόλαο να παίρνει το κρητικό ντέρμπι με 4-3 έναντι της Επισκοπής (0-0 στην κανονική διάρκεια και στην παράταση) και τον Τηλυκράτη Λευκάδας να αποκλείει τον ΟΦ Ιεράπετρας με 5-4 (1-1 στην κανονική διάρκεια και στην παράταση). Πρόκριση και για την Καλαμάτα, 1-0 την Προοδευτική, καθώς και για τη Βέροια, 2-1 τα Χανιά στην παράταση (1-1 στην κανονική διάρκεια). Τέλος, ο Απόλλων Λάρισας πήρε την πρόκριση χωρίς αγώνα μετά την αποχώρηση του Εργοτέλη από το πρωτάθλημα της SL 2, που είχε ως συνέπεια και την αποβολή του από το Κύπελλο.